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- PDB-9egr: Crystal structure of oxidised E.coli DsbA in complex with allene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9egr
タイトルCrystal structure of oxidised E.coli DsbA in complex with allene
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidoreductase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Balaji, G.R. / Tasdan, Y. / Ilyichova, O.V. / Akhtar, N. / Scanlon, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of oxidised E.coli DsbA in complex with allene
著者: Balaji, G.R. / Scanlon, M.J. / Ilyichova, O.V. / Tasdan, Y. / Akhtar, N.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5613
ポリマ－46,2592
非ポリマー3021
水9,710539
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1291
ポリマ－23,1291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4322
ポリマ－23,1291
非ポリマー3021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.451, 65.114, 93.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.861, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)

-
要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 23129.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dsbA, Z5392, ECs4783 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG5
#2: 化合物 ChemComp-A1BH7 / methyl 4-{3-[(5-methyl-1,2-oxazole-3-carbonyl)amino]phenyl}butanoate


分子量: 302.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % / 解説: Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% (w/v) PEG4000, 14% (v/v) glycerol, 0.035 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→37.64 Å / Num. obs: 57277 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 18.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / Num. unique obs: 177 / CC1/2: 0.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→37.64 Å / SU ML: 0.2142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.9021
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 2799 4.9 %
Rwork0.1898 54317 -
obs0.1913 57116 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→37.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 22 539 3487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00643076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78194175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.00011114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.650.32761310.29562676X-RAY DIFFRACTION98.46
1.65-1.680.2791430.26512723X-RAY DIFFRACTION98.56
1.68-1.710.32411420.24512706X-RAY DIFFRACTION98.75
1.71-1.750.26011370.24192679X-RAY DIFFRACTION98.84
1.75-1.780.26261080.22662700X-RAY DIFFRACTION98.91
1.78-1.820.24861410.21912704X-RAY DIFFRACTION98.96
1.82-1.870.25951340.21772745X-RAY DIFFRACTION99.07
1.87-1.920.35191310.28152684X-RAY DIFFRACTION98.39
1.92-1.980.2731180.24632702X-RAY DIFFRACTION97.85
1.98-2.040.23191250.20972750X-RAY DIFFRACTION99.17
2.04-2.110.22871310.20552675X-RAY DIFFRACTION98.18
2.11-2.20.22191580.19082692X-RAY DIFFRACTION98.41
2.2-2.30.25481560.23142618X-RAY DIFFRACTION96.42
2.3-2.420.21361500.18332741X-RAY DIFFRACTION99.83
2.42-2.570.22431490.18822735X-RAY DIFFRACTION99.76
2.57-2.770.22141430.18592758X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-3.050.20871510.18162736X-RAY DIFFRACTION99.9
3.05-3.490.21481590.17422743X-RAY DIFFRACTION99.83
3.49-4.40.17711520.14672713X-RAY DIFFRACTION98.15
4.4-37.640.16271400.15262837X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.495629348666 Å / Origin y: -5.67798645966 Å / Origin z: 22.3954048482 Å
111213212223313233
T0.134756902997 Å20.00161601312158 Å2-0.00603691336148 Å2-0.137227054584 Å20.00333968582798 Å2--0.126436141821 Å2
L0.43171122415 °20.078328648274 °20.0230019678538 °2-0.500873744132 °20.294646411826 °2--0.597380075035 °2
S0.0330220713824 Å °0.0252069077269 Å °0.0175379683646 Å °-0.0502452118933 Å °-0.0130133781894 Å °-0.0233117015672 Å °-0.0257066012407 Å °-0.0106304631205 Å °-0.0187627188056 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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