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- PDB-9ege: BSEP Apo Structure in GDN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ege
タイトルBSEP Apo Structure in GDN
要素Bile salt export pump
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BSEP / ABCB11
機能・相同性
機能・相同性情報


canalicular bile acid transmembrane transporter activity / positive regulation of bile acid secretion / Defective ABCB11 causes PFIC2 and BRIC2 / canalicular bile acid transport / intracellular canaliculus / regulation of fatty acid beta-oxidation / xenobiotic export from cell / regulation of bile acid metabolic process / ABC-type bile acid transporter activity / bile acid biosynthetic process ...canalicular bile acid transmembrane transporter activity / positive regulation of bile acid secretion / Defective ABCB11 causes PFIC2 and BRIC2 / canalicular bile acid transport / intracellular canaliculus / regulation of fatty acid beta-oxidation / xenobiotic export from cell / regulation of bile acid metabolic process / ABC-type bile acid transporter activity / bile acid biosynthetic process / xenobiotic transmembrane transport / phospholipid homeostasis / bile acid metabolic process / intercellular canaliculus / bile acid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type xenobiotic transporter activity / bile acid and bile salt transport / lipid homeostasis / carbohydrate transmembrane transporter activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / fatty acid metabolic process / : / recycling endosome / transmembrane transport / response to estrogen / recycling endosome membrane / response to oxidative stress / response to ethanol / endosome / protein ubiquitination / apical plasma membrane / Golgi membrane / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bile salt export pump
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Reddy, B.G. / Gruget, C. / Moore, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: A structural and mechanistic model for BSEP dysfunction in PFIC2 cholestatic disease.
著者: Clémence Gruget / Bharat G Reddy / Jonathan M Moore /
要旨: BSEP (ABCB11) transports bile salts across the canalicular membrane of hepatocytes, where they are incorporated into bile. Biallelic mutations in BSEP can cause Progressive Familial Intrahepatic ...BSEP (ABCB11) transports bile salts across the canalicular membrane of hepatocytes, where they are incorporated into bile. Biallelic mutations in BSEP can cause Progressive Familial Intrahepatic Cholestasis Type 2 (PFIC2), a rare pediatric disease characterized by hepatic bile acid accumulation leading to hepatotoxicity and, ultimately, liver failure. The most frequently occurring PFIC2 disease-causing mutations are missense mutations, which often display a phenotype with decreased protein expression and impaired maturation and trafficking to the canalicular membrane. To characterize the mutational effects on protein thermodynamic stability, we carried out biophysical characterization of 13 distinct PFIC2-associated variants using in-cell thermal shift (CETSA) measurements. These experiments reveal a cluster of residues localized to the NBD2-ICL2 interface, which exhibit severe destabilization relative to wild-type BSEP. A high-resolution (2.8 Å) cryo-EM structure provides a framework for rationalizing the CETSA results, revealing a novel, NBD2-localized mechanism through which the most severe missense patient mutations drive cholestatic disease. These findings suggest potential strategies for identifying mechanism-based small molecule correctors to address BSEP trafficking defects and advance novel therapies for PFIC2 and other cholestatic diseases.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月11日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_admin / em_sample_support / Item: _em_admin.last_update / _em_sample_support.grid_type
改定 1.22025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Experimental preparation / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_sample_support / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_sample_support.grid_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile salt export pump


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5571
ポリマ－146,5571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Bile salt export pump / ATP-binding cassette sub-family B member 11


分子量: 146557.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB11, BSEP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O95342, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BSEP / タイプ: CELL / 詳細: In GDN Detergent / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: HexAuFoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 49.13 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 435000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049762
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52113201
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7721330
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391502
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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