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- PDB-9eg6: Crystal structure of the human Cavin1 HR1 HT/II mutant domain bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eg6
タイトルCrystal structure of the human Cavin1 HR1 HT/II mutant domain bound to nanobody B7
要素
  • Caveolae-associated protein 1
  • Nanobody B7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Caveolae / Cavin1 / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA primary transcript binding / positive regulation of cell motility / RNA Polymerase I Transcription Termination / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / rRNA transcription / protein secretion / RHOA GTPase cycle ...rRNA primary transcript binding / positive regulation of cell motility / RNA Polymerase I Transcription Termination / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / rRNA transcription / protein secretion / RHOA GTPase cycle / caveola / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cavin family / PTRF/SDPR family
類似検索 - ドメイン・相同性
Caveolae-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Collins, B.M. / Gao, Y.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2025
タイトル: Nanobodies against Cavin1 reveal structural flexibility and regulated interactions of its N-terminal coiled-coil domain.
著者: Gao, Y. / Tillu, V.A. / Wu, Y. / Rae, J. / Hall, T.E. / Chen, K.E. / Weeratunga, S. / Guo, Q. / Livingstone, E. / Tham, W.H. / Parton, R.G. / Collins, B.M.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caveolae-associated protein 1
B: Nanobody B7
C: Caveolae-associated protein 1
D: Nanobody B7
E: Caveolae-associated protein 1
F: Nanobody B7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6836
ポリマ－78,6836
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.315, 59.243, 133.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.477, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 60 through 98)
d_2ens_1chain "C"
d_3ens_1(chain "E" and resid 60 through 98)
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1LEULEULEULEUAA60 - 9822 - 60
d_2ens_1LEULEULEULEUCC60 - 9822 - 60
d_3ens_1LEULEULEULEUEE60 - 9822 - 60
d_1ens_2GLNGLNSERSERBB2 - 1161 - 115
d_2ens_2GLNGLNSERSERDD2 - 1161 - 115
d_3ens_2GLNGLNSERSERFF2 - 1161 - 115

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.498088390574, -0.867107273731, 0.00573855529539), (0.867124216936, -0.498090683042, 0.00112421984211), (0.00188350172439, 0.00553600111867, 0.99998290241)11.8911934308, -7.06309301276, -0.0750366036677
2given(-0.496294968228, 0.868112803584, 0.00845368350557), (-0.868149799549, -0.496299217507, -0.00173558165949), (0.00268887584861, -0.00820042408537, 0.999962760802)11.9599084177, 7.0137951702, 0.0850389211316
3given(-0.498245358246, -0.86702427848, 0.00452366135378), (0.867035639652, -0.498243578862, 0.00159238710139), (0.000873246944821, 0.00471557509724, 0.99998850033)11.9428682763, -7.07119245807, -0.0505398059343
4given(-0.503104363694, 0.864132573265, 0.0126844414028), (-0.864224368009, -0.503074839922, -0.00565218342484), (0.00149698752072, -0.0138058415003, 0.999903574235)11.9214570417, 7.02784181677, 0.0628089600405

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要素

#1: タンパク質 Caveolae-associated protein 1 / Cavin-1 / Polymerase I and transcript release factor


分子量: 12706.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAVIN1, PTRF, FKSG13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NZI2
#2: 抗体 Nanobody B7


分子量: 13520.991 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG 3350 and 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48 Å / Num. obs: 13349 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 59.38 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2402 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.502 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→44.23 Å / SU ML: 0.414 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.5282
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 721 5.43 %
Rwork0.2581 12559 -
obs0.2597 13280 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 105.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3597 0 0 0 3597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00673642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86964922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6091343
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.129745118387
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.365970733942
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.116027331418
ens_2d_3BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.111149760434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.450.42651540.35932479X-RAY DIFFRACTION99.36
3.45-3.790.32741330.31972479X-RAY DIFFRACTION98.94
3.79-4.340.25491500.24462478X-RAY DIFFRACTION99.06
4.34-5.470.21741420.19992529X-RAY DIFFRACTION99.55
5.47-44.230.27951420.23812594X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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