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- PDB-9efp: Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9efp
タイトルCrystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex with phosphatidylcholine
要素SEC14 cytosolic factor
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Sec14 PITP Sec14p
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / Golgi to vacuole transport / ascospore formation / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid transport ...negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / phosphatidylinositol transfer activity / Golgi vesicle budding / Golgi to vacuole transport / ascospore formation / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi membrane / Golgi apparatus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-POV / SEC14 cytosolic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Green, S.M. / Laganowsky, A. / Krieger, I. / Singh, P.K. / Sacchettini, J. / Igumenova, T.I. / Bankaitis, V.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Welch FoundationA-2194-20240404 米国
Robert A. Welch FoundationBE-0017 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R35 GM131804 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH RO1 GM108998 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex with phosphatidylcholine
著者: Green, S.M. / Laganowsky, A. / Krieger, I. / Singh, P.K. / Sacchettini, J. / Igumenova, T.I. / Bankaitis, V.A.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC14 cytosolic factor
B: SEC14 cytosolic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,12210
ポリマ－70,0382
非ポリマー2,0858
水5,278293
1
A: SEC14 cytosolic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9334
ポリマ－35,0191
非ポリマー9143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SEC14 cytosolic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1896
ポリマ－35,0191
非ポリマー1,1715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.400, 74.400, 195.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SEC14 cytosolic factor / Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein / PI/PC TP


分子量: 35018.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC14, PIT1, YMR079W, YM9582.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Phage resistant BL21-DE3 / 参照: UniProt: P24280

-
非ポリマー , 5種, 301分子

#2: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 30-40% v/v PEG 400, pH 5.5-pH 6.5 / PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→45.86 Å / Num. obs: 56267 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.985 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 5.92
反射 シェル解像度: 1.83→1.893 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 5567 / CC1/2: 0.606 / Rrim(I) all: 0.568 / % possible all: 99.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→45.86 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 2820 5.01 %
Rwork0.1721 53447 -
obs0.1859 56267 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→45.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4673 0 149 293 5115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02426656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3184735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.860.32791410.28612681X-RAY DIFFRACTION94.94
1.86-1.90.29831380.28112607X-RAY DIFFRACTION94.97
1.9-1.930.31921370.27722613X-RAY DIFFRACTION95.02
1.93-1.970.24951390.26532640X-RAY DIFFRACTION95
1.97-2.010.28551410.26852684X-RAY DIFFRACTION94.98
2.01-2.060.25131380.24832615X-RAY DIFFRACTION94.99
2.06-2.110.28361400.25122652X-RAY DIFFRACTION94.88
2.11-2.170.2831380.24422632X-RAY DIFFRACTION94.88
2.17-2.230.27551400.23942650X-RAY DIFFRACTION94.85
2.23-2.310.25631390.23412656X-RAY DIFFRACTION94.92
2.31-2.390.25951410.22922673X-RAY DIFFRACTION94.82
2.39-2.480.24211400.22912654X-RAY DIFFRACTION94.82
2.48-2.60.26151400.22342658X-RAY DIFFRACTION94.83
2.6-2.730.24541400.2142667X-RAY DIFFRACTION94.84
2.73-2.90.23231400.21282663X-RAY DIFFRACTION94.67
2.9-3.130.26651420.19632705X-RAY DIFFRACTION94.61
3.13-3.440.19161410.17082677X-RAY DIFFRACTION94.49
3.44-3.940.20171430.14592714X-RAY DIFFRACTION94.4
3.94-4.960.14871450.11162746X-RAY DIFFRACTION94.23
4.97-45.860.15431510.13142866X-RAY DIFFRACTION93.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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