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- PDB-9efg: VIP3Cb1 Toxin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9efg
タイトルVIP3Cb1 Toxin structure
要素VIP3Cb1 Toxin
キーワードTOXIN / Tetramer / Lepidopteran
生物種Paenibacillus popilliae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Rau, M.J. / Rydel, T. / Zheng, M. / White, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Appl Environ Microbiol / 年: 2025
タイトル: Vip3C proteins from spp. for controlling lepidopteran crop pests.
著者: Todd Ciche / William Moar / Aqeel Ahmad / David Bowen / Catherine Chay / Arlene Howe / Uma Kesanapalli / Jennifer Lutke / Gregory Bean / Jason Milligan / Michael Pleau / Yong Yin / Waseem ...著者: Todd Ciche / William Moar / Aqeel Ahmad / David Bowen / Catherine Chay / Arlene Howe / Uma Kesanapalli / Jennifer Lutke / Gregory Bean / Jason Milligan / Michael Pleau / Yong Yin / Waseem Akbar / Marty Heppler / Cara Griffith / Kimberly Morrell / Katherine Dunkmann / Heather Anderson / Jeffrey Ahrens / Pacifica Sommers / E Sethe Burgie / Fred Zinnel / Meiying Zheng / James Fitzpatrick / Michael Rau / Timothy Rydel / Tommi White / David Kerns / James Roberts /
要旨: New proteins are needed to control insects not controlled with (Bt) crops, and those evolving resistance to Bt crops. These proteins are increasingly being reported from non-Bt organisms to control ...New proteins are needed to control insects not controlled with (Bt) crops, and those evolving resistance to Bt crops. These proteins are increasingly being reported from non-Bt organisms to control Bt-resistant insects. However, these proteins mostly control the corn rootworm, spp. (Coleoptera), whereas most Bt-resistant insects are lepidopteran. We hypothesized that diversifying our search for proteins into non-Bt organisms, such as those related to used to control Japanese beetle , could yield proteins with new insecticidal activities against Lepidoptera. Here, we identified Vip3Cb1 and Vip3Cc1 with broad lepidopteran activity, the first Vip3 proteins discovered from strains in the containing clade. Vip3Cb1 protected plants against cotton bollworm, and tobacco budworm and fall armyworm, , and Southwestern corn borer, , in cotton and maize, respectively, like commercial Vip3Aa. Distinct from Vip3Aa, Vip3Cb1 also protected maize against European corn borer, , the primary maize pest in the United States, with recent reports of resistance to Bt proteins. Consistent with previous reports, insects resistant to Vip3Aa were cross-resistant to Vip3Cb1. Cryo-electron microscopy demonstrated that Vip3Cb1 formed a pore-shaped tetramer upon proteolytic activation, in agreement with the pore-forming mechanism of action of Vip3Aa. Thus, diversifying the search beyond Bt has led to the discovery of the first Vip3 proteins from spp. with different activity spectra from Vip3Aa, providing additional tools to control pests, including those currently resistant to Bt Cry proteins.IMPORTANCENew insecticidal proteins are needed for controlling insect pests that can devastate crop yield if left uncontrolled. Diversifying our search for new insecticidal proteins in spp. resulted in the discovery of Vip3Cb1 and Vip3Cc1 insecticidal proteins active against lepidopteran crop pests. Structure and cross-resistance studies indicate overlap in the mechanism of action between Vip3Cb1 and commercial Vip3Aa. However, new activities, such as controlling European corn borer, make these proteins important new tools in the insect control toolbox.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIP3Cb1 Toxin
B: VIP3Cb1 Toxin
C: VIP3Cb1 Toxin
D: VIP3Cb1 Toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,9465
ポリマ－369,9224
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
VIP3Cb1 Toxin


分子量: 92480.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus popilliae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Paenibacillus popilliae (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH8.0, 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 2mM DTT
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 13.37 sec. / 電子線照射量: 53.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5644

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2758038
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219620 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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