PDB-9efc: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9efc

タイトル

Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 complexed with TO-588

要素

Hdac6 protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / potassium ion binding / alkali metal ion binding / ion binding / cation binding / metal ion binding / catalytic activity / hydrolase activity / deacetylase activity / protein deacetylase activity / acting on a protein / acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / in linear amides / tubulin deacetylase activity / zinc ion binding / transition metal ion binding

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Erdogan, F. / Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.

資金援助

カナダ, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2014-05767	カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	MOP-130424	カナダ
Canada Research Chairs	950-232042	カナダ
Ontario Research Fund	34876	カナダ
Canada Foundation for Innovation	33536	カナダ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bisected Cap Group Modifications Provides Basis for Improved Pharmacokinetics of HDAC Inhibitors
著者: Olaoye, O. / Erdogan, F. / Gunning, P.T.

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9efc.cif.gz	304 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9efc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9efc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9efc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9efrC 9efxC 9egfC 9eguC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hdac6 protein

B: Hdac6 protein

ヘテロ分子

80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hdac6 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hdac6 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.080, 92.110, 96.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hdac6 protein / Histone Deacetylase 6 分子量: 39812.051 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain 2 (UNP residues 289-646) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YT55
#2: 化合物	ChemComp-A1BHY / N-hydroxy-4-({(methanesulfonyl)[(pyridin-3-yl)methyl]amino}methyl)benzamide 分子量: 335.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇N₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 783 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25% PEG 400, 0.2M MgCl2, 0.1M Na Caco. 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→66.61 Å / Num. obs: 172572 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.26→1.348 Å / Num. unique obs: 6051 / CC_1/2: 0.283

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.26→66.61 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.1881	-	-
obs	-	172473	95.39 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→66.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5532	0	52	783	6367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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