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- PDB-9ef8: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ef8
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 20084
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / N-myristoyltransferase / NMT / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI155536 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)6R21 AI137815-02 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 20084
著者: Staker, B.L. / Fan, E.
履歴
登録2024年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3487
ポリマ－50,7171
非ポリマー1,6316
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.961, 68.664, 149.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 50717.109 Da / 分子数: 1 / 変異: del(1-39) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd3_320
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5CV46
#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1BHR / 2-[1-(1,4-diazepan-1-yl)naphthalen-2-yl]-N-(4,5-dimethyl-1,3-thiazol-2-yl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide


分子量: 511.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H29N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.05, 24.77% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23935 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.33 Å2 / CC1/2: 0.968 / CC star: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.142 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 90999
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.70.57511270.5360.8350.350.6780.69296.2
2.24-2.283.60.63611800.4920.8120.4030.7580.65798.7
2.28-2.323.80.59611400.5850.8590.3640.7020.64799.2
2.32-2.373.90.54912020.5630.8490.340.6490.71199.8
2.37-2.423.90.53211610.6220.8760.3290.6280.741100
2.42-2.4840.49712090.7020.9080.3030.5850.758100
2.48-2.543.90.43911760.7730.9340.2690.5180.784100
2.54-2.6140.40811940.7510.9260.2460.4790.866100
2.61-2.693.90.38111780.7760.9350.2350.450.821100
2.69-2.773.90.34611930.8140.9470.210.4070.99999.8
2.77-2.873.90.30511990.8440.9570.1860.3591.07499.9
2.87-2.993.90.25612090.8910.9710.1550.3011.191100
2.99-3.123.80.21311960.9240.980.1320.2521.30299.8
3.12-3.293.80.16211920.9470.9860.0980.1911.39199.8
3.29-3.493.70.13812140.9590.9890.0840.1621.61899.8
3.49-3.763.70.11811970.9690.9920.0730.141.80398.5
3.76-4.143.70.09612120.9860.9970.0580.1131.87799.4
4.14-4.743.80.07212060.990.9980.0430.0841.7398.4
4.74-5.973.70.06612490.9920.9980.0390.0771.42299.2
5.97-503.50.06513010.9920.9980.0410.0781.79695.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→43.07 Å / SU ML: 0.2291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.0104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1183 4.95 %
Rwork0.18 22702 -
obs0.1825 23885 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3523 0 104 354 3981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76385235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.12131438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.310.26441260.2072644X-RAY DIFFRACTION93.61
2.31-2.430.25391490.19922807X-RAY DIFFRACTION99.7
2.43-2.580.28651810.19972802X-RAY DIFFRACTION99.97
2.58-2.780.27781330.19352858X-RAY DIFFRACTION99.97
2.78-3.060.25271450.19142857X-RAY DIFFRACTION99.9
3.06-3.50.21231400.17062876X-RAY DIFFRACTION99.87
3.5-4.410.19811550.15082861X-RAY DIFFRACTION98.95
4.41-43.070.20671540.1812997X-RAY DIFFRACTION97.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.209820612190.09518438326170.1554831339081.603851301310.1296663653062.05620955339-0.000234257361615-0.024728297018-0.108408707864-0.0168630114280.009912541822450.08748062090840.204688975954-0.0905707297928-0.01002272314620.124659163745-0.007597792262770.01301672035210.2243657124810.008968321152080.146984838257-17.27295669-13.394334617720.0432347375
20.605225353283-0.06665811279230.2290734549680.848786110536-0.659776548271.3646024491-0.0215017756688-0.07969101867080.01978817648610.07229877865810.0232103567316-0.0144605195006-0.0614147856559-0.00287585070365-0.008202807906170.1244322361170.00348567770480.008308755404420.274984690122-0.01998994039480.137240332915-10.93034946418.5085634415120.7390846641
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 40 through 220 )40 - 2201 - 181
22chain 'A' and (resid 221 through 466 )221 - 466182 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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