PDB-9ef6: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ef6

タイトル

Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 20045

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / N-myristoyltransferase / NMT / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01 AI155536	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	6R21 AI137815-02	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 20045
著者: Staker, B.L. / Fan, E.

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ef6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ef6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ef6_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	9ef6_validation.cif.gz	67.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9ef6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/9ef6	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CrpaA.18219.a.A10.PS38408

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.455, 88.259, 98.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 50717.109 Da / 分子数: 2 / 変異: del(1-39) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd3_320 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5CV46, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

#1: タンパク質

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

分子量: 50717.109 Da / 分子数: 2 / 変異: del(1-39) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd3_320
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5CV46, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 709分子

#2: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1BHP / (2M)-N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)-2-[2-(piperazin-1-yl)phenyl]-1H-1,3-benzimidazole-4-carboxamide 分子量: 418.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₆OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.05, 26.14% w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 66407 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.06 Å² / CC_1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.164 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.188 / Χ²: 2.005 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 299986

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	4.5	1.261	3287	0.215	0.595	0.662	1.431	1.025	99.9
1.98-2.02	4.5	0.956	3351	0.528	0.831	0.495	1.081	1.07	99.6
2.02-2.06	4.5	0.861	3343	0.592	0.862	0.45	0.977	1.37	99.5
2.06-2.1	4.5	0.681	3304	0.711	0.912	0.358	0.774	1.577	99.3
2.1-2.15	4.6	0.538	3316	0.743	0.923	0.278	0.609	1.307	99.4
2.15-2.2	4.6	0.497	3335	0.802	0.943	0.255	0.561	1.382	99.2
2.2-2.25	4.5	0.51	3293	0.769	0.932	0.266	0.578	2.093	98.5
2.25-2.31	4.6	0.505	3307	0.846	0.957	0.259	0.57	1.638	98.7
2.31-2.38	4.6	0.365	3294	0.898	0.973	0.186	0.412	1.645	98.9
2.38-2.46	4.6	0.325	3334	0.914	0.977	0.166	0.367	1.624	98.3
2.46-2.54	4.6	0.283	3240	0.931	0.982	0.146	0.32	1.784	98.1
2.54-2.65	4.6	0.267	3323	0.934	0.983	0.138	0.302	1.994	98.5
2.65-2.77	4.6	0.231	3249	0.949	0.987	0.12	0.261	2.246	97.5
2.77-2.91	4.6	0.194	3291	0.961	0.99	0.101	0.22	2.362	98.2
2.91-3.1	4.4	0.156	3302	0.967	0.992	0.084	0.178	2.72	98.3
3.1-3.33	4.5	0.125	3341	0.971	0.993	0.068	0.143	2.662	98.8
3.33-3.67	4.4	0.116	3343	0.972	0.993	0.065	0.134	3.224	98.9
3.67-4.2	4.3	0.104	3358	0.972	0.993	0.06	0.121	2.999	99.3
4.2-5.29	4.4	0.095	3366	0.976	0.994	0.054	0.11	2.823	99.4
5.29-50	4.5	0.082	3430	0.982	0.995	0.047	0.096	2.708	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1-4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→46.05 Å / SU ML: 0.1683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.0697
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1915	3234	4.87 %
R_work	0.1672	63112	-
obs	0.1684	66346	98.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7032	0	233	695	7960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	7860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7614	10666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.2228	2977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.266	145	0.2337	2431	X-RAY DIFFRACTION	88.83
1.98-2.01	0.2327	130	0.2163	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.01-2.04	0.257	119	0.2169	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.04-2.08	0.2858	134	0.2247	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.08-2.11	0.2558	136	0.2009	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.11-2.15	0.2506	139	0.1935	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.15-2.2	0.2094	154	0.1866	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.2-2.25	0.1967	142	0.1951	2712	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.25-2.3	0.2322	149	0.1877	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.3-2.35	0.2275	140	0.1798	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.35-2.42	0.1992	157	0.174	2723	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.42-2.49	0.2324	135	0.1722	2734	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.49-2.57	0.1794	143	0.167	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.57-2.66	0.2306	145	0.1683	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.66-2.77	0.1703	136	0.1664	2709	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.77-2.89	0.2044	135	0.1709	2764	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.89-3.05	0.2185	142	0.1749	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.13
3.05-3.24	0.1969	137	0.1564	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.24-3.49	0.1807	144	0.1418	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.49-3.84	0.1519	129	0.1427	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.84-4.39	0.1529	163	0.1343	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.39-5.53	0.1572	142	0.1398	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.33
5.53-46.05	0.1768	138	0.1925	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.45946075917	-0.395577757238	-0.696310816639	1.77500847565	0.0227600582589	2.22347686462	-0.0364912183425	0.0586015767401	-0.170051825106	0.0981857022061	-0.00735847891286	0.0280907419959	0.137830371996	0.0141254549166	0.0322576386751	0.119387593256	-0.0255046910802	-0.0205676360009	0.105106429826	-0.028888777039	0.173612107371	13.7737018366	-2.267267017	40.5607035064
2	1.24331078219	-0.481263654743	-0.1329471645	1.26267810302	0.373027662891	1.63986383791	0.0388041061216	0.116169944922	0.10297262249	-0.153734938205	-0.0343038025222	0.0279475360811	-0.182706737532	-0.156961448559	-0.0103150691816	0.132989669676	-0.00332633696506	-0.00853263099579	0.142907537257	0.0130502363911	0.169277613757	8.14938068841	19.0144917788	38.2360507717
3	5.82389103617	0.11989122938	-2.04710051684	1.28170295202	-1.23874719308	2.63754762891	0.118565673758	0.0636449139266	0.813267076831	-0.159314090833	0.0381326062318	0.129464190075	-0.52838127348	-0.184743303407	-0.114556186151	0.286261451009	-0.0290059760995	-0.0588369608809	0.139107653873	0.0342742179819	0.344215252251	2.93119942928	0.244450628632	-2.27454591143
4	2.69908240485	-0.314863462536	-0.367834366157	1.42980206489	-0.516384100553	1.44405304175	-0.0681536976729	0.198206564804	-0.00220802094427	-0.278430872671	0.027330236144	-0.0478255476471	0.164006325857	0.196243393163	0.0400002344227	0.203765824624	-0.0194087622476	-0.0112060362746	0.142881268345	-0.0162914238778	0.116665019318	13.4875123955	-17.3642794937	-3.50387268024
5	4.06450705299	-1.25065808504	2.7516788107	1.30967226655	-1.48868890753	2.94720442795	0.0439244257456	0.200833940635	0.218631089311	-0.0555480213095	-0.244981138349	-0.192994825659	-0.00584309744164	0.27081955002	0.21641350772	0.160817192016	-0.00367506323228	0.0233523401479	0.193931650438	-0.00889090256799	0.135111186924	18.8408667886	-16.8119313943	21.9163926735
6	4.53388115431	1.48342801905	2.05332563478	1.3433093242	0.163242843051	1.26256390156	0.230456675137	-0.281752415894	-0.334526003504	-0.0684740520331	0.0217681828829	0.0672779922791	0.388745920364	-0.246909972134	-0.286943193952	0.235599270326	-0.0148495941159	0.0075195231259	0.157041377144	0.00921896918064	0.150186463447	2.3588994109	-30.6712285531	21.9860122278
7	1.7604283265	-0.976768392396	0.449094591558	2.21903170403	-1.10243943054	1.90667305033	-0.0322187632855	-0.0604838976611	0.074996789976	-0.0438650160395	0.116439317324	0.250348673337	0.0870386716794	-0.395624025007	-0.06666745742	0.166191185109	-0.0675664690123	-0.0312441771398	0.221967070138	-0.0186912882309	0.232015241111	-7.52882671398	-17.774677521	10.0501454049
8	3.50244654106	0.0169796970605	0.223233185824	2.05091795455	-0.59538564905	2.34726620621	-0.094275901625	-0.10324008266	0.0389022966963	0.0517493405961	0.00956461572814	-0.0103276911871	0.115322721506	0.0727966122348	0.0751318822326	0.155186204839	0.0171887737349	-0.0120073589903	0.117457871866	-0.00455106525992	0.0994433374794	11.0866931634	-25.2139597516	20.334619815
9	3.67686594343	1.69462454524	-0.15295170963	0.862580189601	-0.793726236063	6.61066718421	-0.0166210783931	-0.356421292066	0.0795588164222	0.0137642281746	0.0233295041135	0.0851874289875	-0.153055611911	0.433254701497	-0.0272343688765	0.149831676441	0.023077759745	-0.00088631930333	0.117158850284	-0.0231455610523	0.194612417926	3.8186876165	-9.27674944034	11.4707175572

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 41 through 220 )	A	A	41 - 220	1 - 180
2	2	chain 'A' and (resid 221 through 466 )	A	A	221 - 466	181 - 426
3	3	chain 'B' and (resid 41 through 77 )	B	B	41 - 77	1 - 37
4	4	chain 'B' and (resid 78 through 212 )	B	B	78 - 212	38 - 172
5	5	chain 'B' and (resid 213 through 248 )	B	B	213 - 248	173 - 208
6	6	chain 'B' and (resid 249 through 288 )	B	B	249 - 288	209 - 248
7	7	chain 'B' and (resid 289 through 363 )	B	B	289 - 363	249 - 323
8	8	chain 'B' and (resid 364 through 442 )	B	B	364 - 442	324 - 402
9	9	chain 'B' and (resid 443 through 466 )	B	B	443 - 466	403 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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