PDB-9eex: STEP (PTPN5) at high resolution with citrate bound in active site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eex

タイトル

STEP (PTPN5) at high resolution with citrate bound in active site

要素

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5

キーワード

HYDROLASE / STEP / PTPN5 / allostery / Citrate

機能・相同性

機能・相同性情報

Interleukin-37 signaling / protein dephosphorylation / phosphotyrosine residue binding / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / cell junction / endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Guerrero, L. / Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Keedy, D.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Three STEPs forward: A trio of unexpected structures of PTPN5.
著者: Guerrero, L. / Ebrahim, A. / Riley, B.T. / Kim, S.H. / Bishop, A.C. / Wu, J. / Han, Y.N. / Tautz, L. / Keedy, D.A.

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eex.cif.gz	248.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eex.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/9eex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/9eex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eeyC 9eezC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/M39EEX / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.105, 64.154, 136.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5 / Neural-specific protein-tyrosine phosphatase / Striatum-enriched protein-tyrosine phosphatase / STEP 分子量: 35204.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54829, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
2	2.69	54.31
1

結晶化

温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.65
詳細: 30% PEG 3350, 120 mM lithium citrate, 100 mM bis-tris pH 5.65

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→58.03 Å / Num. obs: 93644 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.41 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 4.132 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4593 / CC_1/2: 0.364 / R_pim(I) all: 1.217 / R_rim(I) all: 4.313 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2	3.7.1	データ削減
DIALS	3.7.1-gfb34cbf01-release	データスケーリング
PHASER	2.8.2 (svn 8393)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→37.03 Å / SU ML: 0.1295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.2876
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1533	4679	5 %
R_work	0.1306	88809	-
obs	0.1318	93488	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→37.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2281	0	13	320	2614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	2611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9635	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0786	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0091	480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4116	1019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.2843	141	0.2594	2928	X-RAY DIFFRACTION	97.71
1.28-1.3	0.2477	174	0.2337	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.3-1.31	0.238	158	0.2235	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.31-1.33	0.2709	173	0.2126	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.33-1.35	0.2461	152	0.2095	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.35-1.37	0.224	148	0.1967	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.37-1.39	0.2014	142	0.1782	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.39-1.41	0.204	144	0.1603	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.41-1.43	0.2223	150	0.1557	2971	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.43-1.45	0.1852	159	0.1514	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.45-1.48	0.1836	163	0.1515	2928	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.48-1.51	0.1741	171	0.1393	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.51-1.53	0.1616	139	0.1195	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.53-1.57	0.1285	173	0.1088	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.57-1.6	0.1549	154	0.1046	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.6-1.64	0.1364	165	0.1066	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.64-1.68	0.1479	155	0.1105	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.68-1.72	0.1338	156	0.1013	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.72-1.77	0.1344	149	0.0992	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.77-1.83	0.1349	163	0.1004	2970	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.83-1.9	0.139	156	0.1052	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.1338	165	0.1094	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.06	0.1295	140	0.1068	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.06-2.17	0.1244	147	0.1056	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.17-2.31	0.1336	153	0.1089	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.31-2.48	0.1223	148	0.1125	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.73	0.14	152	0.1222	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-3.13	0.1615	160	0.1385	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.94	0.1472	175	0.1334	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.94-37.03	0.1637	154	0.1508	3231	X-RAY DIFFRACTION	99.71

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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