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- PDB-9edl: Crystal structure of Francisella tularensis DsbA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9edl
タイトルCrystal structure of Francisella tularensis DsbA1
要素Conserved hypothetical lipoprotein
キーワードOXIDOREDUCTASE / DsbA / Thioredoxin-like protein / Francisella tularensis
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thioredoxin-like superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Conserved hypothetical lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Penning, S. / Heras, B. / Paxman, J.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210100673 オーストラリア
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2024
タイトル: Unveiling the versatility of the thioredoxin framework: Insights from the structural examination of Francisella tularensis DsbA1.
著者: Penning, S. / Hong, Y. / Cunliffe, T. / Hor, L. / Totsika, M. / Paxman, J.J. / Heras, B.
履歴
登録2024年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical lipoprotein
B: Conserved hypothetical lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2059
ポリマ－51,7062
非ポリマー4997
水4,792266
1
A: Conserved hypothetical lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1565
ポリマ－25,8531
非ポリマー3024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Conserved hypothetical lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0494
ポリマ－25,8531
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.744, 57.275, 168.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical lipoprotein


分子量: 25853.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (バクテリア)
遺伝子: FTT_0507 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 (C43) / 参照: UniProt: Q5NHF0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.58), 0.01 mM ZnCl2 and 20% PEG 3350 (v/v), and protein at 58 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.39 Å / Num. obs: 31035 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Num. unique obs: 3729 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.778 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→42.2 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1560 5.04 %
Rwork0.1836 --
obs0.1857 30927 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 13 266 3739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7031326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006635
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.030.28431150.26142423X-RAY DIFFRACTION92
2.03-2.10.32661290.24012656X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.180.23571520.21292658X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.280.25311290.2022621X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.40.26021640.20242650X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.550.24111500.18862661X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.750.26091350.19622691X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.030.25491390.1972675X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.460.20851250.18262724X-RAY DIFFRACTION100
3.46-4.360.19551500.14982755X-RAY DIFFRACTION100
4.36-100.19581720.1682853X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.319 Å / Origin y: -8.1251 Å / Origin z: 22.4748 Å
111213212223313233
T0.1402 Å20.0143 Å2-0.0032 Å2-0.181 Å2-0.0159 Å2--0.1785 Å2
L0.1112 °20.1125 °2-0.0877 °2-1.1981 °2-0.8335 °2--1.245 °2
S0.0204 Å °0.0048 Å °-0.0039 Å °-0.1521 Å °-0.0333 Å °-0.0091 Å °0.0669 Å °0.0249 Å °0.0075 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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