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万見
- PDB-9ebp: Structure of the Bacillus subtilis yjdF riboswitch complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ebp
タイトルStructure of the Bacillus subtilis yjdF riboswitch complexed with lumichrome in the presence of iridium hexammine
要素RNA (81-MER)
キーワードRNA / riboswitch / aptamer / lumichrome / iridium hexammine / yjdF / azaaromatic
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / LUMICHROME / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Batey, R.T. / Spradlin, S.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 152029 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Bacillus subtilis yjdF riboswitch complexed with lumichrome in the presence of iridium hexammine
著者: Batey, R.T. / Spradlin, S.F.
履歴
登録2024年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (81-MER)
M: RNA (81-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,85414
ポリマ－52,4252
非ポリマー3,42812
水37821
1
A: RNA (81-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2218
ポリマ－26,2131
非ポリマー2,0097
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
M: RNA (81-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6326
ポリマ－26,2131
非ポリマー1,4205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.572, 65.817, 81.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (81-MER)


分子量: 26212.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-LUM / LUMICHROME / 7,8-DIMETHYLALLOXAZINE / 6,7-DIMETHYLALLOXAZINE


分子量: 242.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% MPD, 3 mM spermine, 50 mM Na-cacodylate pH 7.0, 20 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.1055 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1055 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 16987 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.025 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 43.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 12.4 % / Num. unique obs: 1635 / CC1/2: 0.815 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.347 / Rsym value: 1.211 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→45.989 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2898 3126 9.93 %
Rwork0.2475 --
obs0.2519 16987 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3476 106 21 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1596270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8691922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74220.58661310.51841195X-RAY DIFFRACTION93
2.7422-2.78720.52181340.48481265X-RAY DIFFRACTION99
2.7872-2.83520.50651450.46921305X-RAY DIFFRACTION99
2.8352-2.88680.63011460.41531312X-RAY DIFFRACTION100
2.8868-2.94230.43831410.37951293X-RAY DIFFRACTION100
2.9423-3.00230.32391460.3291313X-RAY DIFFRACTION100
3.0023-3.06760.40071370.31151271X-RAY DIFFRACTION100
3.0676-3.13890.32721430.29441299X-RAY DIFFRACTION99
3.1389-3.21740.31611430.28441261X-RAY DIFFRACTION99
3.2174-3.30440.30951390.26651309X-RAY DIFFRACTION99
3.3044-3.40160.30811390.25131304X-RAY DIFFRACTION99
3.4016-3.51140.30091410.23951271X-RAY DIFFRACTION99
3.5114-3.63680.24341470.22691309X-RAY DIFFRACTION100
3.6368-3.78240.231390.20671283X-RAY DIFFRACTION100
3.7824-3.95440.26591450.19741297X-RAY DIFFRACTION100
3.9544-4.16280.23461430.19741316X-RAY DIFFRACTION100
4.1628-4.42340.25331420.20021290X-RAY DIFFRACTION100
4.4234-4.76460.20761440.20981319X-RAY DIFFRACTION100
4.7646-5.24350.21451470.21451276X-RAY DIFFRACTION100
5.2435-6.00080.25351450.22331289X-RAY DIFFRACTION100
6.0008-7.55490.27121460.24171305X-RAY DIFFRACTION100
7.5549-45.9890.34411430.25011268X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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