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- PDB-9ebo: Peptide 2 (GLP-1 (ACPC18)) bound to GLP-1R/Gs complex (conformer 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ebo
タイトルPeptide 2 (GLP-1 (ACPC18)) bound to GLP-1R/Gs complex (conformer 1)
要素
  • (Glucagon-like peptide ...) x 2
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Nanobody35
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein / agonist / backbone / GLP-1 / glucagon
機能・相同性
機能・相同性情報


Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / glucagon receptor binding / glucagon-like peptide 1 receptor activity / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lactate biosynthetic process / glucagon receptor activity / : / positive regulation of blood pressure / hormone secretion ...Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / glucagon receptor binding / glucagon-like peptide 1 receptor activity / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lactate biosynthetic process / glucagon receptor activity / : / positive regulation of blood pressure / hormone secretion / post-translational protein targeting to membrane, translocation / negative regulation of execution phase of apoptosis / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / response to psychosocial stress / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / lipid biosynthetic process / regulation of heart contraction / positive regulation of calcium ion import / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / hair follicle placode formation / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of insulin secretion / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / response to activity / gluconeogenesis / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / hormone activity / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet aggregation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / cognition / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / sensory perception of smell / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / transmembrane signaling receptor activity / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / G protein activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Glucagon / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : ...Glucagon / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-glucagon / Glucagon-like peptide 1 receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Cary, B.P. / Hager, M.V. / Mariam, Z. / Morris, R.K. / Belousoff, M.J. / Deganutti, G. / Wootten, D. / Sexton, P.M. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, オーストラリア, 10件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM056414 米国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1154434 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1155302 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)IC200100052 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1184726 オーストラリア
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1747503 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008349 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008505 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM151985 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Prolonged signaling of backbone-modified glucagon-like peptide- analogues with diverse receptor trafficking.
著者: Brian P Cary / Marlies V Hager / Zamara Mariam / Rylie K Morris / Matthew J Belousoff / Giuseppe Deganutti / Patrick M Sexton / Denise Wootten / Samuel H Gellman /
要旨: Signal duration and subcellular location are emerging as important facets of G protein-coupled receptor (GPCR) function. The glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R), a clinically relevant class B1 ...Signal duration and subcellular location are emerging as important facets of G protein-coupled receptor (GPCR) function. The glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R), a clinically relevant class B1 GPCR, stimulates production of the second messenger cyclic adenosine monophosphate (cAMP) upon activation by the native hormone, GLP-1. cAMP production continues after the hormone-receptor complex has been internalized via endocytosis. Here, we report GLP-1 analogues that induce prolonged signaling relative to GLP-1. A single β-amino acid substitution at position 18, with the residue derived from (,)--2-aminocyclopentanecarboxylic acid (ACPC), enhances signaling duration with retention of receptor endocytosis. Pairing ACPC at position 18 with a second substitution, α-aminoisobutyric acid (Aib) at position 16, abrogates endocytosis, but prolonged signaling is maintained. Prolonged signaling is sensitive to the structure of the β residue at position 18. Cryoelectron microscopy structures of two GLP-1 analogues bound to the GLP-1R:Gs complex suggest substantial alterations to bound peptide structure and dynamics compared to the GLP-1:GLP-1R:Gs complex. These structural findings strengthen an emerging view that agonist dynamics in the receptor-bound state influence signaling profiles. Our results advance understanding of the structural underpinnings of receptor activation and introduce tools for exploring the impact of spatiotemporal signaling profiles following GLP-1R activation.
履歴
登録2024年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody35
P: Glucagon-like peptide 1(7-36)
R: Glucagon-like peptide 1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,4336
ポリマ－163,4336
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 45683.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63092
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37413.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 6375.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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Glucagon-like peptide ... , 2種, 2分子 PR

#5: タンパク質・ペプチド Glucagon-like peptide 1(7-36) / GLP-1(7-36)


分子量: 3326.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P01272
#6: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R


分子量: 56748.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP1R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43220

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抗体 , 1種, 1分子 N

#4: 抗体 Nanobody35


分子量: 13885.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hetero-6-mer of peptide 2 (GLP-1 (ACPC-18)) bound to GLP-1R/G-alpha-S complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 4.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 7.39 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5908

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.7.6粒子像選択
2EPU2.12画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2.0３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2506249
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 187621 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6x18

6x18


Accession code: 6x18 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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