PDB-9ebl: Crystal structure of the hERbeta LBD complexed with androstenedio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ebl

タイトル

Crystal structure of the hERbeta LBD complexed with androstenediol and SRC 2-2 peptide (crystal form 1)

要素

Estrogen receptor beta
Nuclear receptor coactivator 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / nuclear receptor / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor antagonist activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor activity / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts ...receptor antagonist activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor activity / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / transcription regulator inhibitor activity / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / ESR-mediated signaling / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / circadian regulation of gene expression / cellular response to estradiol stimulus / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / negative regulation of cell growth / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / : / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / Extra-nuclear estrogen signaling / protein dimerization activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Pederick, J.L. / Bruning, J.B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the hERalpha LBD complexed with androstenediol and SRC 2-2 peptide
著者: Pederick, J.L. / Bruning, J.B.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9ebl.ent.gz	303.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ebl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ebl_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ebl_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9ebl_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	9ebl_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9ebl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9ebl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ebgC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (27)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (20)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (6)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (7)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (2)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (2)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Estrogen receptor beta

B: Estrogen receptor beta

C: Nuclear receptor coactivator 2

D: Nuclear receptor coactivator 2

E: Estrogen receptor beta

F: Estrogen receptor beta

G: Nuclear receptor coactivator 2

H: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

115 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Estrogen receptor beta

B: Estrogen receptor beta

C: Nuclear receptor coactivator 2

D: Nuclear receptor coactivator 2

E: Estrogen receptor beta

F: Estrogen receptor beta

G: Nuclear receptor coactivator 2

H: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

A: Estrogen receptor beta

B: Estrogen receptor beta

C: Nuclear receptor coactivator 2

D: Nuclear receptor coactivator 2

E: Estrogen receptor beta

F: Estrogen receptor beta

G: Nuclear receptor coactivator 2

H: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
231 kDa, 16 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.940, 213.735, 52.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Estrogen receptor beta / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2 分子量: 26994.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2 分子量: 1579.866 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物	ChemComp-B81 / (3alpha,8alpha,17beta)-androst-5-ene-3,17-diol / 5-Androstenediol 分子量: 290.440 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium HEPES pH 7.5, 22% w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→39.46 Å / Num. obs: 52733 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.205 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 371225
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.506 / Num. measured all: 33365 / Num. unique obs: 4599 / CC_1/2: 0.371 / R_pim(I) all: 0.597 / R_rim(I) all: 1.622 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→39.46 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2765	2659	5.05 %
R_work	0.2344	-	-
obs	0.2366	52632	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6997	0	84	126	7207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.544	9796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.053	970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.4043	148	0.3735	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.3934	134	0.3456	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.33	0.3645	135	0.3234	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.3534	140	0.3194	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.3697	145	0.3119	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.3348	127	0.3031	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.56	0.3401	143	0.2967	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.64	0.3239	142	0.2885	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.72	0.3276	138	0.2909	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.82	0.3263	132	0.2772	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.93	0.3215	149	0.2754	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.07	0.3007	136	0.2551	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.23	0.3346	140	0.2581	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.43	0.2767	137	0.232	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.7	0.2672	145	0.2134	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.07	0.2329	143	0.1943	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.66	0.2322	155	0.1759	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.86	0.2208	138	0.1933	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.86-39.46	0.2161	132	0.184	2661	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3692	-0.0415	-0.1221	2.9568	-0.4899	0.1599	0.5378	-0.0072	0.7986	-0.061	-0.0945	0.1788	-0.416	0.0571	-0.3894	0.959	-0.012	0.4953	0.3416	0.0692	1.1602	13.2185	20.2436	6.6073
2	0.0316	0.1423	-0.0252	1.3028	-0.2353	0.0448	0.2615	-0.2051	-0.2309	0.9261	-0.2585	-0.6656	0.0025	0.0151	-0.0387	1.6965	-0.4361	0.0046	0.9589	-0.3161	1.431	31.9241	18.4359	30.5227
3	1.8283	-1.7348	-0.7994	2.3338	0.4404	1.0512	0.0429	-0.3524	0.287	0.1594	0.2177	0.4446	-0.408	0.0495	0.0185	0.9084	-0.0218	0.5884	0.2407	-0.216	0.9468	14.2373	14.247	16.1455
4	0.0769	-0.0089	-0.2573	0.0987	0.1204	0.9461	0.6122	-0.5679	0.0335	0.5936	-0.2007	-0.7125	-0.6749	1.0182	-0.4028	0.842	-0.3845	0.0883	1.1248	-0.4172	1.2193	32.6248	11.0156	22.9204
5	3.3844	0.4712	0.9238	3.489	-0.9418	8.9465	0.2722	-0.1464	0.29	-0.0992	0.3346	-0.4198	-0.1401	0.7233	-0.5356	0.4183	-0.0157	0.2246	0.3769	-0.0704	0.6656	27.5051	5.0447	12.7115
6	2.7485	-1.2217	0.4807	2.3844	1.2184	1.1977	0.0995	0.175	0.2796	-0.2871	0.1825	0.2525	-0.1151	0.0689	-0.312	0.8055	-0.0196	0.2907	0.2175	0.0637	0.6608	13.3252	9.1621	4.5022
7	2.6929	-0.1111	0.055	2.6104	-0.7711	1.2654	0.1771	0.032	0.385	-0.4053	-0.0089	0.2104	-0.0273	-0.0637	-0.0365	0.7786	-0.013	0.2212	0.1892	0.0233	0.5678	14.4562	3.605	6.0752
8	2.0099	-0.6543	-0.8798	3.5884	0.0362	0.4035	0.1493	-1.2335	0.8612	0.8241	0.3845	-0.0109	-0.2373	0.0122	-0.4518	0.9913	0.0093	0.3281	0.766	-0.1933	0.6776	12.8304	13.0452	30.8402
9	3.547	0.0879	-0.8112	0.3239	-0.2984	0.4252	-0.0425	0.496	-0.2389	-0.2566	0.0486	0.3725	0.3202	-0.6514	-0.0611	0.4379	-0.0173	0.0513	0.3723	-0.0684	0.2417	19.137	-21.2447	-4.8593
10	0.8393	-0.3733	0.0789	1.9528	0.1411	0.7624	0.0284	-0.0618	-0.2689	0.3229	-0.0565	0.2016	0.0334	-0.0138	-0.1404	-0.0452	-0.0445	-0.1918	0.2858	0.0636	0.1043	12.5646	-24.5002	20.7681
11	5.9304	0.9611	-0.0654	1.9955	0.1026	2.1149	0.1111	-0.025	0.4828	0.033	-0.0289	0.1818	-0.0881	-0.0132	-0.0532	0.2317	0.0106	0.0932	0.1242	0.0675	0.236	16.1627	-16.8592	12.5243
12	1.7094	-1.4257	-1.7794	4.3191	0.5468	2.7308	-0.1262	-0.5162	0.3422	0.6609	0.1449	0.6794	-0.0174	-0.3838	0.0397	0.4049	0.0585	0.1943	0.3928	-0.0315	0.5814	0.2617	-16.319	26.76
13	2.2463	-0.3125	0.2685	2.2764	0.8195	5.1471	-0.0389	-0.152	0.5522	0.2761	0.0562	0.3095	-0.417	-0.4055	-0.0848	0.3338	0.0546	0.2092	0.2626	-0.066	0.5606	2.4848	-9.7328	15.5098
14	0.967	-0.9839	-0.3519	1.2594	-0.2296	1.4752	-0.2544	-0.0691	0.2854	-0.0089	0.0545	-0.0439	-0.1888	0.2494	0.1194	0.0348	0.008	-0.2271	0.3908	0.0863	0.0347	16.0088	-12.0711	4.657
15	3.2588	0.1999	4.4384	1.8642	0.2317	6.0497	-0.0262	0.8933	0.1669	-0.3249	-0.1218	-0.1558	0.1042	0.6785	0.1445	0.5164	0.0678	0.168	0.2959	0.0654	0.3025	18.4541	-10.221	-4.3684
16	2.769	0.2706	1.1938	3.4648	-1.3073	7.0091	0.0679	-0.1389	0.4905	0.186	-0.175	0.1954	-1.0422	-0.2192	0.1015	0.3707	-0.0183	0.1498	0.1745	-0.0483	0.3218	11.4605	-6.1727	12.6753
17	2.5405	0.3912	-1.915	0.6997	1.2801	5.4295	-0.1067	-0.2275	-0.3611	0.6174	0.1027	-0.1223	0.5609	0.1667	0.0206	0.815	0.0672	0.1377	0.624	0.244	0.3933	17.2519	-19.1438	34.2311
18	2.4214	0.7713	-0.8093	4.0771	2.854	4.2963	0.3033	-0.2329	-0.4742	0.2752	0.0683	-0.1985	0.8651	0.2766	-0.437	0.2219	0.0416	-0.1002	0.3907	0.058	0.1426	24.4315	-18.6122	24.8945
19	0.0433	-0.1808	-0.1488	0.8507	0.9133	1.4095	-0.0845	-0.1526	0.1775	0.154	0.1132	0.015	-0.2644	-0.139	-0.0032	0.772	0.0698	0.4343	0.4523	-0.1246	1.2944	1.2056	19.8832	23.7776
20	2.8493	0.9795	0.5891	1.7843	2.7976	4.774	-0.377	-0.435	0.6092	0.2549	0.1614	-0.5017	-0.164	0.4967	0.3377	0.2444	0.0313	-0.1422	0.4758	0.2473	0.5452	31.4515	-24.3283	16.5558
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24	1.5317	-1.3558	-0.0566	3.5582	-0.6028	0.5207	0.0719	0.0903	0.7584	-0.3135	-0.1456	0.8462	-0.609	-0.4506	0.0618	0.9354	0.1467	-0.0946	0.3997	-0.148	1.4794	-12.0355	-69.4268	8.1059
25	1.0886	0.5647	0.6796	3.1245	1.3716	2.575	-0.2373	-0.0719	-0.0547	0.2069	-0.0207	-0.0197	-0.2338	-0.1922	0.1359	0.8592	0.0778	0.3255	0.1508	0.0395	0.7533	6.9721	-72.9134	9.2177
26	0.1314	0.524	-0.2611	2.4227	-1.4522	1.0277	-0.1366	0.0156	0.1013	0.3115	0.0355	-0.6523	-0.0001	0.1351	0.0808	0.7351	0.1034	0.3444	0.453	0.1125	1.6466	24.0756	-75.4522	5.9565
27	2.9182	-1.0508	-3.1328	1.6972	1.4465	4.2033	0.1212	-0.1441	-0.0749	0.5104	0.3583	-0.6332	-0.4248	0.195	-0.4159	0.8556	-0.0139	0.143	0.3156	0.1104	0.9599	17.7348	-68.5441	14.2405
28	0.9983	-0.028	0.29	1.944	0.1951	2.2009	-0.1001	-0.2781	0.0622	0.7912	-0.3016	0.8183	0.1002	-0.1834	0.338	0.9379	-0.0824	0.3852	0.3102	-0.0457	0.9401	-1.9467	-66.703	20.6707
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30	5.6502	0.9703	-3.6163	0.4216	-1.0084	2.9021	0.0455	0.9697	-0.4024	-0.8049	0.2334	-0.2354	0.4249	-0.1633	-0.3058	1.4515	-0.0467	0.0133	0.5061	-0.0884	0.601	7.5152	-72.5062	-7.7657
31	2.472	-1.0676	2.5156	2.8308	-3.3592	5.2629	0.0973	-0.4063	0.2948	0.0615	0.195	0.0964	-0.8249	-0.8923	-0.2669	0.6604	0.0015	0.1528	0.3176	-0.0545	0.1591	11.2082	-40.6425	30.3775
32	1.8096	0.223	0.4923	2.4023	0.1598	1.9814	-0.0608	0.1972	0.1902	-0.5071	0.0266	-0.2678	-0.0236	0.1088	0.024	0.7245	0.023	0.186	0.2208	0.0456	0.4258	13.4975	-36.4071	4.1479
33	2.5377	0.2457	0.3983	2.7383	0.5692	2.2641	0.0396	0.0584	-0.1778	-0.0329	-0.1166	-0.0708	0.361	0.1882	0.0509	0.5411	0.0199	0.1074	0.1539	0.0482	0.3652	12.0122	-44.0226	12.6112
34	2.7686	2.1634	1.5286	5.8654	1.7403	3.8226	-0.0026	0.4296	0.2598	-1.0024	-0.0158	0.3223	-0.0858	-0.1183	0.0401	0.8552	0.0332	0.0136	0.2451	0.0654	0.4257	2.0089	-41.1742	-5.3394
35	2.2552	0.3397	0.3605	3.9648	-1.0888	2.6154	-0.0911	-0.0656	-0.0495	0.1184	0.1153	0.5929	0.207	-0.2212	-0.0211	0.5442	0.0351	0.1091	0.2197	0.0347	0.3676	3.1518	-47.2628	13.4457
36	4.525	0.1677	-1.8136	3.7674	0.1654	3.4584	-0.403	-0.8588	-0.4294	0.8819	-0.0699	0.2819	0.1071	0.2096	0.3976	1.0305	0.057	0.2448	0.3381	0.0532	0.3982	5.8096	-50.5405	29.6497
37	2.6709	-0.4947	-1.11	2.3347	0.3445	4.2428	-0.0737	-0.0581	-0.0778	-0.1871	0.0286	0.6405	0.6574	-0.1224	0.0248	0.8316	0.0493	0.2408	0.2149	0.0284	0.4956	5.7489	-53.4861	10.8494
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39	1.9878	-1.0971	-1.1882	1.6464	0.927	2.917	0.2052	0.0382	0.3164	-0.3493	0.1192	-0.4583	-0.0029	0.5136	-0.3066	0.8721	0.1617	0.3681	0.2741	0.0204	0.4438	24.0966	-43.9136	3.6022
40	5.6209	4.5111	-5.9802	5.1806	-6.7802	9.7919	-0.0335	0.7008	1.2226	-0.5361	0.2493	-0.2465	-0.9084	0.0067	-0.1944	0.9406	0.18	-0.3798	0.5783	-0.2218	1.0204	-8.5643	-75.3393	-3.9326
41	1.4163	-2.4989	-2.5308	4.7252	4.929	5.6469	-0.159	0.2094	-1.3844	-0.3083	-0.0543	-0.458	0.7082	0.3534	0.1581	0.4762	-0.0491	-0.0001	0.3274	-0.0289	0.7683	29.2003	-40.7851	13.385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 264 through 284 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 285 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 359 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 360 through 372 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 373 through 389 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 390 through 424 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 425 through 481 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 482 through 496 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 262 through 275 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 276 through 315 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 316 through 359 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 360 through 372 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 373 through 389 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 390 through 421 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 422 through 447 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 448 through 481 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 482 through 488 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 489 through 497 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 3 through 9 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 2 through 12 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 264 through 274 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 275 through 290 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 291 through 314 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 315 through 323 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 324 through 360 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 361 through 372 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 373 through 389 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 390 through 447 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 448 through 481 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 482 through 496 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 262 through 275 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 276 through 315 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 316 through 359 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 360 through 372 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 373 through 425 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 426 through 447 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 448 through 481 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 482 through 488 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 489 through 495 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 3 through 11 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 2 through 12 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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