PDB-9eb8: Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Ankistrodesmus in Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eb8

タイトル

Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Ankistrodesmus in Complex with ADP

要素

Biotin carboxylase

キーワード

LIGASE / Biotin Carbixylase / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin carboxylase / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ankistrodesmus falcatus (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Leonardo, D.A.C. / Vargas, J.A.S. / Mavila, A.M. / Furtado, A.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. / Castro, J.C.

資金援助

Peru, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Ankistrodesmus
著者: Leonardo, D.A.C. / Vargas, J.A.S. / Mavila, A.M. / Furtado, A.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. / Castro, J.C.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eb8.cif.gz	563.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eb8.ent.gz	457.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eb8_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eb8_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9eb8_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	9eb8_validation.cif.gz	98.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9eb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9eb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eb7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (7)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Biotin carboxylase

B: Biotin carboxylase

C: Biotin carboxylase

ヘテロ分子

178 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Biotin carboxylase

ヘテロ分子

A: Biotin carboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Biotin carboxylase

C: Biotin carboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.777, 95.362, 95.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-868- HOH
2	1	A-892- HOH
3	1	A-905- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Biotin carboxylase / Acetyl-coenzyme A carboxylase biotin carboxylase subunit A 分子量: 58371.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ankistrodesmus falcatus (植物) / 遺伝子: accC / プラスミド: pET Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A2U8JGP4, biotin carboxylase

#1: タンパク質

Biotin carboxylase / Acetyl-coenzyme A carboxylase biotin carboxylase subunit A

分子量: 58371.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Ankistrodesmus falcatus (植物) / 遺伝子: accC / プラスミド: pET Duet / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A2U8JGP4, biotin carboxylase

-
非ポリマー , 5種, 1124分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97714 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97714 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.68 Å / Num. obs: 124358 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.913 / R_merge(I) obs: 0.302 / R_pim(I) all: 0.147 / R_rim(I) all: 0.337 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 620270
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.359 / Num. measured all: 28468 / Num. unique obs: 6126 / CC_1/2: 0.443 / R_pim(I) all: 0.69 / R_rim(I) all: 1.53 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→47.68 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	6326	5.09 %	Radom selection
R_work	0.1777	-	-	-
obs	0.1797	124187	99.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10640	0	147	1107	11894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10993
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	14942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.767	4044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1974

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3083	201	0.2541	3917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.2574	201	0.2359	3972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2594	198	0.2379	3881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-1.99	0.2825	224	0.2298	3960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.3037	225	0.2272	3921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2626	203	0.2199	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2721	187	0.213	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2481	221	0.2024	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.222	198	0.1941	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2417	229	0.1962	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2427	219	0.1906	3892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2418	218	0.1856	3921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.229	212	0.1781	3917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.237	195	0.1817	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2281	213	0.1799	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.245	195	0.1804	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.233	213	0.1778	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2275	187	0.1812	3958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.214	205	0.1824	3926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.2312	196	0.1764	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.2009	196	0.1782	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2154	220	0.1812	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.2093	230	0.1875	3898	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.25	0.2314	241	0.1895	3893	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.45	0.1979	231	0.1788	3870	X-RAY DIFFRACTION	99
3.45-3.72	0.2084	216	0.1638	3878	X-RAY DIFFRACTION	98
3.72-4.09	0.2044	177	0.1549	3925	X-RAY DIFFRACTION	98
4.09-4.68	0.1767	221	0.1354	3881	X-RAY DIFFRACTION	98
4.68-5.9	0.1931	240	0.1611	3953	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9-47.68	0.1696	214	0.1599	4029	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6753	0.5413	0.0597	2.0085	-0.041	1.6673	0.0402	0.3193	0.0347	-0.2585	-0.0735	0.2014	0.0082	-0.156	0.0166	0.1939	0.0522	-0.0473	0.2379	-0.0139	0.1231	-6.2805	-7.8936	23.6457
2	1.4406	-0.4257	-0.2424	0.639	0.1799	0.6807	0.1478	0.2273	0.2598	-0.1837	-0.0507	-0.1354	-0.1766	-0.0216	-0.0898	0.2343	0.0267	0.0692	0.1951	0.0726	0.2278	17.2593	7.4559	22.7295
3	1.0124	0.1842	-0.2611	1.1973	0.0181	0.6036	0.044	-0.0106	0.0383	0.031	-0.0511	-0.1245	-0.0694	0.0045	0.0265	0.1251	0.0056	0.0039	0.1323	0.0066	0.128	8.7299	-4.1326	41.9626
4	2.6804	-0.2184	0.3747	0.7668	-0.1127	0.808	0.0276	-0.1024	-0.2357	0.1023	0.0256	0.0577	0.0553	-0.049	-0.0528	0.1484	0.0144	0.0137	0.1095	0.0084	0.1281	23.2551	-40.0089	39.7146
5	2.1586	-0.2011	-1.4607	2.7994	-0.8919	1.466	0.2281	-0.0933	0.4162	0.3638	-0.2093	0.1246	-0.4916	0.015	-0.0003	0.3571	-0.0524	-0.0635	0.2518	-0.064	0.3607	41.0126	-17.1353	47.9333
6	0.5925	-0.1661	0.0448	0.539	-0.2035	1.0683	0.0399	-0.0083	0.0106	-0.0207	-0.0285	-0.0765	-0.0326	0.0828	-0.0057	0.1537	0.0039	0.004	0.142	-0.0241	0.2015	35.2768	-32.0328	25.2064
7	0.8757	-0.18	-0.2507	1.918	0.1807	0.7153	-0.0179	0.1253	0.035	-0.2668	0.0536	-0.0229	-0.1868	-0.0451	-0.0302	0.1947	0.0061	-0.0039	0.1756	0.0034	0.0949	27.7933	-40.821	-13.0952
8	1.6326	0.3028	0.1744	1.0186	0.6387	1.7349	-0.0022	0.0125	-0.1439	-0.0075	-0.0025	0.0264	0.147	-0.1799	-0.0078	0.1457	-0.0042	0.0171	0.1225	-0.0218	0.1679	24.2596	-62.8295	-9.2628
9	1.2835	0.1358	-0.4565	0.9714	0.2147	0.736	0.0216	-0.1808	-0.0415	-0.0048	-0.0164	0.0041	-0.0049	-0.0461	-0.0048	0.1427	0.0093	-0.0283	0.2111	-0.0068	0.1264	20.075	-48.5304	6.9309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 289 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 290 through 466 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 141 through 192 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 193 through 466 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid -1 through 140 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 141 through 289 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 290 through 464 )

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)