PDB-9eb7: Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Ankistrodesmus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eb7

タイトル

Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Ankistrodesmus

要素

Biotin carboxylase

キーワード

LIGASE / Biotin Carboxylase / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin carboxylase / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ankistrodesmus falcatus (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Leonardo, D.A.C. / Vargas, J.A.S. / Mavila, A.M. / Furtado, A.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. / Castro, J.C.

資金援助

Peru, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Biotin Carboxylase from Ankistrodesmus
著者: Leonardo, D.A.C. / Vargas, J.A.S. / Mavila, A.M. / Furtado, A.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. / Castro, J.C.

履歴

登録	2024年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eb7.cif.gz	381.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eb7.ent.gz	309.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eb7_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eb7_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9eb7_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	9eb7_validation.cif.gz	65.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9eb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/9eb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eb8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (7)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Biotin carboxylase

B: Biotin carboxylase

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.453, 105.698, 175.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Biotin carboxylase / Acetyl-coenzyme A carboxylase biotin carboxylase subunit A 分子量: 58371.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ankistrodesmus falcatus (植物) / 遺伝子: accC / プラスミド: pET Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A2U8JGP4, biotin carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M BES - triethanolamine (TEA) buffer, pH 7.5, 36% v/v precipitant mix 5 (30% w/v PEG3000, 40% v/v 1,2,4-butanetriol, 2% w/v NDSB 256), 0.005 M yttrium(III) chloride hexahydrate, 0.005 M ...詳細: 0.1 M BES - triethanolamine (TEA) buffer, pH 7.5, 36% v/v precipitant mix 5 (30% w/v PEG3000, 40% v/v 1,2,4-butanetriol, 2% w/v NDSB 256), 0.005 M yttrium(III) chloride hexahydrate, 0.005 M erbium(III) chloride hexahydrate, 0.005 M terbium(III) chloride hexahydrate, 0.005 M ytterbium(III) chloride hexahydrate

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.15 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M BES - triethanolamine (TEA) buffer, pH 7.5, 36% v/v precipitant mix 5 (30% w/v PEG3000, 40% v/v 1,2,4-butanetriol, 2% w/v NDSB 256), 0.005 M yttrium(III) chloride hexahydrate, 0.005 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→52.85 Å / Num. obs: 106783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 1435859
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 2.518 / Num. measured all: 72061 / Num. unique obs: 5224 / CC_1/2: 0.518 / R_pim(I) all: 0.702 / R_rim(I) all: 2.615 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
GDA		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→51.18 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2157	5424	5.09 %	Randon selection
R_work	0.1808	-	-	-
obs	0.1825	106654	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→51.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7125	0	18	643	7786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.931	9919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.731	1016
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1107
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3645	177	0.3022	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.3085	165	0.291	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.2963	186	0.2848	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.3285	191	0.2665	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2911	194	0.2624	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2977	178	0.2603	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2751	164	0.2662	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2787	200	0.2458	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2537	180	0.2304	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.274	162	0.2161	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2459	176	0.2044	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2323	171	0.1987	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.2461	178	0.202	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.2325	185	0.1971	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.224	183	0.1846	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2132	171	0.189	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.31	0.2352	169	0.1899	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.38	0.2287	171	0.1906	3374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2816	183	0.1886	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.52	0.2491	165	0.1918	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.2358	190	0.1862	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.72	0.2274	171	0.1886	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.84	0.2351	193	0.1849	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.99	0.2182	197	0.1881	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.18	0.2191	162	0.1822	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.42	0.2029	195	0.1759	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.77	0.2054	201	0.1617	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.31	0.1754	178	0.1486	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-5.44	0.1756	203	0.1423	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-51.18	0.162	185	0.1573	3666	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4435	-0.4132	0.2985	1.3645	-0.1633	2.3157	0.0325	-0.25	-0.1718	0.1883	-0.0058	0.3624	0.0799	-0.7908	-0.1242	0.2464	-0.0336	0.0837	0.5866	-0.0432	0.3784	30.8096	51.8172	66.6429
2	0.5042	0.2084	1.0898	0.4761	1.2927	3.9261	0.0231	-0.2139	-0.0747	0.1707	-0.0213	-0.0457	0.0914	-0.0874	-0.0255	0.3267	-0.0294	-0.0025	0.3258	0.0303	0.2986	58.779	54.8614	82.3507
3	0.8931	0.0329	0.2539	1.6992	-0.1301	2.0639	0.0222	-0.0875	0.1354	0.0406	-0.1138	0.0117	-0.4178	-0.176	0.0165	0.2804	0.0241	0.0166	0.2356	-0.044	0.2551	49.7305	64.6572	58.6381
4	1.1535	-0.3406	-0.1687	2.379	0.2795	2.0646	-0.0646	0.1017	0.205	-0.1163	0.0325	-0.0001	-0.4523	-0.0218	-0.0022	0.3068	0.0137	-0.0277	0.1584	0.031	0.2316	58.3612	72.233	28.3793
5	3.0945	0.7077	2.1767	0.115	0.4015	1.5003	0.1615	0.6256	-0.3267	-0.2506	0.2189	-0.0407	0.1226	0.2285	-0.5828	0.4506	0.0442	-0.0212	0.5514	-0.0726	0.3537	53.9162	39.3084	5.6522
6	1.2872	0.0093	1.0516	0.1079	0.3091	3.4045	0.1091	0.1901	-0.0707	-0.1085	-0.0611	0.0521	0.3646	-0.2366	-0.1445	0.3263	0.0326	-0.0098	0.2519	-0.0059	0.3022	49.5332	42.9941	16.6116
7	1.1379	0.1273	0.0477	0.3863	0.1858	1.422	-0.0315	-0.0323	0.0529	-0.0337	-0.0271	0.111	-0.0954	-0.3455	-0.0302	0.189	0.05	-0.0176	0.2341	-0.0067	0.2252	43.1476	55.616	34.8336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 160 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 334 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 335 through 511 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 43 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 161 through 206 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 207 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 312 through 511 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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