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- PDB-9eat: High-Resolution Structure of Escherichia coli Carbonic Anhydrase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eat
タイトルHigh-Resolution Structure of Escherichia coli Carbonic Anhydrase 2 in Space Group P4(2)2(1)2
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / Zinc-dependent metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / protein homotetramerization / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Rankin, M.R. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F31CA265082 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Serendipitous high-resolution structure of Escherichia coli carbonic anhydrase 2.
著者: Rankin, M.R. / Smith, J.L.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1962
ポリマ－25,1311
非ポリマー651
水4,216234
1
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7858
ポリマ－100,5234
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area15550 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area33050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.524, 67.524, 85.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

21A-553-

HOH

31A-614-

HOH

41A-623-

HOH

51A-626-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase 2


分子量: 25130.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Native / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61517, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM lithium sulfate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月21日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→47.77 Å / Num. obs: 69116 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 6.41 % / Biso Wilson estimate: 14.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.43→1.48 Å / 冗長度: 3.58 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6625 / CC1/2: 0.415 / Rrim(I) all: 1.106 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→47.75 Å / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.2324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1674 3740 5.41 %
Rwork0.1562 65375 -
obs0.1568 69115 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1698 0 1 234 1933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00881757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04162391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0778269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3979648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43-1.450.35041330.3242294X-RAY DIFFRACTION93.85
1.45-1.470.30411360.30822343X-RAY DIFFRACTION95.68
1.47-1.490.29771350.28162338X-RAY DIFFRACTION97.63
1.49-1.510.24291330.25212429X-RAY DIFFRACTION99.03
1.51-1.530.18131390.22162397X-RAY DIFFRACTION99.69
1.53-1.550.21871350.18542452X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.580.19151410.17882430X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.610.17141420.17162447X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.640.18061430.16462407X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.670.18011390.15772429X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.70.18871390.15842454X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.740.21651340.15822444X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.780.16981430.15212431X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.820.15481370.1622444X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.870.18751400.1682427X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.930.15731430.14722437X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.990.21021340.14262445X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.060.19241410.14622404X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.140.15631390.14632419X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.240.17061390.13742465X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.360.14621350.13742424X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.510.16091400.14282458X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.70.15861420.14822418X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.970.15011400.15132429X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.40.12741440.14272432X-RAY DIFFRACTION100
3.4-4.290.1431390.13792427X-RAY DIFFRACTION100
4.29-47.750.16021350.15222451X-RAY DIFFRACTION99.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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