PDB-9eae: Structure of Citrobacter BubCD(D104A)-BubB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eae

タイトル

Structure of Citrobacter BubCD(D104A)-BubB

要素

Citrobacter BubB
Citrobacter BubCD

キーワード

LIGASE / ubiquitin / E1 / DUB / E2

生物種

Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic basis for protein conjugation in a diverged bacterial ubiquitination pathway
著者: Ye, Q. / Gong, M. / Cai, J. / Chambers, L.R. / Zhou, H. / Suhandynata, R. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2024年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eae.cif.gz	710.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eae.ent.gz	502.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eae_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eae_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	9eae_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	9eae_validation.cif.gz	56.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9eae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9eae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ea4C 9ea5C 9ea8C 9eavC C: 同じ文献を引用 (文献)
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1144 / データの種類: diffraction image data 詳細: Raw diffraction data uploaded to the SBGrid Data Bank under dataset number 1144

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Citrobacter BubCD

B: Citrobacter BubCD

C: Citrobacter BubB

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.350, 135.350, 172.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Citrobacter BubCD 分子量: 50916.672 Da / 分子数: 2 / 変異: D104A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Citrobacter BubB 分子量: 15423.288 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 230-364 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.526→106.554 Å / Num. obs: 54407 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 66.39 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.526→2.569 Å / R_merge(I) obs: 1.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2638 / CC_1/2: 0.757

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.53→49.35 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.2407
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2711	2778	5.11 %
R_work	0.2464	51596	-
obs	0.2476	54374	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8108	0	2	156	8266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	8264
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5205	11201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0433	1267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0115	1460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1673	3055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.53-2.57	0.4333	112	0.4161	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.57-2.62	0.3923	152	0.403	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.62-2.67	0.3987	155	0.3537	2507	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.67-2.72	0.3482	146	0.337	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.78	0.3565	137	0.3166	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.78-2.84	0.33	124	0.3146	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.92	0.2949	130	0.3093	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.92-2.99	0.3283	131	0.3166	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.99-3.08	0.3147	141	0.3157	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.08-3.18	0.3939	149	0.3435	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.18-3.3	0.3469	124	0.3045	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.43	0.3223	132	0.2665	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.58	0.2732	144	0.2534	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.77	0.2707	133	0.2507	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.01	0.2409	144	0.2271	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.01-4.32	0.2161	146	0.1994	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.75	0.199	145	0.1827	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.75-5.44	0.2217	152	0.1903	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.44-6.85	0.2597	137	0.2411	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
6.85-49.35	0.2746	144	0.2284	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.60724711226	-0.127051816806	0.475519236076	5.06967512294	-2.04523223498	4.48251777677	0.0595933364319	0.19869111166	0.409868419336	0.0156351655836	-0.0460785374751	0.220966920168	-0.206710246715	-0.0842381892102	0.00534022490904	0.579175737338	0.105801235557	-0.156411963848	0.509368100868	0.0221953235886	0.727891607597	44.199	-6.303	-27.436
2	1.48452259878	0.0303680744918	-0.586505460583	1.76838614446	-0.624272446439	2.3487166953	0.0432715467373	0.0445718440746	-0.145645965557	0.0442524800491	-0.0747115553912	-0.146081123297	0.053710343331	0.180761092037	0.0464193298567	0.517072227381	0.0547233741487	-0.147685580265	0.483548823575	-0.0717232944878	0.565819273139	46.136	-36.341	-11.24
3	3.31778343988	-0.589658258478	0.188871757631	2.33746216948	-1.87489589051	2.49454106479	0.666456599202	-0.798956622905	-1.3281192925	0.410084708567	-0.298048402106	-0.0167217010106	0.426315858886	-0.0140812435182	-0.239941892726	1.18550690809	-0.2739878375	-0.535028874665	0.680478962204	0.364614643978	1.15701767104	39.368	-61.839	35.245
4	2.08013013333	0.0710751550497	0.122133324898	2.25091569582	0.141615103127	0.844962815749	0.188637112884	-0.168934973406	-0.0912088389797	0.529088286392	-0.0765972496856	-0.00770609161397	0.102865595473	-0.0742577783407	-0.0891845553869	0.702086004267	-0.0121035241985	-0.0727790451333	0.509266275744	-0.0393723986177	0.464147486578	31.034	-35.509	15.389
5	3.13471409197	0.53972309244	-0.642701604837	2.21665803957	-0.19313618899	3.67915384838	-0.259009659274	0.486873991983	-0.664662621047	-0.372865845522	0.175748141547	0.0221375453635	0.318926363145	-0.0193046499716	0.098337406746	0.551104874005	-0.0514458872447	-0.0138328740429	0.566303611426	-0.19463513388	0.714737069644	68.815	-47.586	-35.467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:172 )	A	1 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 173:456 )	A	173 - 456
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 2:172 )	B	2 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 173:456 )	B	173 - 456
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 234:361 )	C	234 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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