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- PDB-9ea9: Crystal structure of BoNT/A-NTNH-HA70 -VHH_F12-VHH_H7-Fab_NTNH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ea9
タイトルCrystal structure of BoNT/A-NTNH-HA70 -VHH_F12-VHH_H7-Fab_NTNH complex
要素
  • (Nanobody ciA- ...) x 2
  • (anti-NTNH Fab) x 4
  • Botulinum neurotoxin type A
  • HA-70
  • HA70/A1
  • Non-toxic nonhemagglutinin type A
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / Botulinum neurotoxin / Progenitor toxin complex (PTC) / TOXIN / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host exocytosis / ganglioside GT1b binding / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity ...symbiont-mediated suppression of host exocytosis / ganglioside GT1b binding / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain ...Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A / Non-toxic nonhemagglutinin type A / HA-70
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
Mus sp. (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Lam, K.H. / Gao, L. / Jin, R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI139087 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI158503 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI163178 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: A nut-and-bolt assembly of the bimodular large progenitor botulinum neurotoxin complex.
著者: Lam, K.H. / Gao, L. / Przykopanski, A. / Chen, B. / Huang, T. / Kruger, M. / Bartels, A.M. / Dorner, M.B. / Perry, K. / Dorner, B.G. / Rummel, A. / Jin, R.
履歴
登録2024年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A
B: Non-toxic nonhemagglutinin type A
C: Nanobody ciA-F12
F: Nanobody ciA-H7
I: HA-70
J: HA-70
D: HA-70
E: HA70/A1
G: HA-70
H: HA-70
K: anti-NTNH Fab
M: anti-NTNH Fab
N: anti-NTNH Fab
L: anti-NTNH Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)790,10835
ポリマ－788,83914
非ポリマー1,26921
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.650, 203.650, 479.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-705-

MG

21E-706-

MG

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ABIJDGHE

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX / Botulinum neurotoxin type A1


分子量: 149479.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bonT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPI0
#2: タンパク質 Non-toxic nonhemagglutinin type A / NTNHA / Botulinum neurotoxin type A non-toxic component


分子量: 138292.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ant, ntnh, ACP52_06665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45914
#5: タンパク質
HA-70 / HA70


分子量: 71450.477 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9
#6: タンパク質 HA70/A1 / HA70


分子量: 71408.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9

-
抗体 , 6種, 6分子 CFKMNL

#3: 抗体 Nanobody ciA-F12


分子量: 13698.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Nanobody ciA-H7


分子量: 12989.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体 anti-NTNH Fab


分子量: 11629.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus sp. (ネズミ)
#8: 抗体 anti-NTNH Fab


分子量: 12743.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus sp. (ネズミ)
#9: 抗体 anti-NTNH Fab


分子量: 9845.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus sp. (ネズミ)
#10: 抗体 anti-NTNH Fab


分子量: 11500.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus sp. (ネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 86分子

#11: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#12: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#13: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1M ammonium sulfate, 0.1M Na acetate pH 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→99.61 Å / Num. obs: 414819 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 4.73
反射 シェル解像度: 2.93→3 Å / Num. unique obs: 47750 / CC1/2: 0.013 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5107精密化
RAPDデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→99.61 Å / SU ML: 0.6447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.16
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3084 1996 0.93 %
Rwork0.2864 213194 -
obs0.2867 215190 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→99.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39093 0 61 65 39219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003139948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.599154238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04576013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00397042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.795914631
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.93-30.45521410.447515031X-RAY DIFFRACTION99.95
3-3.090.44031410.430415088X-RAY DIFFRACTION99.97
3.09-3.180.40731400.414515048X-RAY DIFFRACTION99.93
3.18-3.280.4041420.391615113X-RAY DIFFRACTION99.93
3.28-3.40.39631400.367715059X-RAY DIFFRACTION99.78
3.4-3.530.37081420.339715048X-RAY DIFFRACTION99.8
3.53-3.690.37221420.32715150X-RAY DIFFRACTION99.76
3.69-3.890.35981410.30115120X-RAY DIFFRACTION99.83
3.89-4.130.27371420.264115158X-RAY DIFFRACTION99.9
4.13-4.450.24321430.246715225X-RAY DIFFRACTION99.92
4.45-4.90.30451430.228415275X-RAY DIFFRACTION99.84
4.9-5.610.23091440.223615344X-RAY DIFFRACTION99.91
5.61-7.060.2641460.245615506X-RAY DIFFRACTION99.98
7.06-99.610.22931490.213516029X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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