PDB-9ea5: Structure of Citrobacter BubCD D104A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ea5

タイトル

Structure of Citrobacter BubCD D104A mutant

要素

Citrobacter BubCD

キーワード

LIGASE / ubiquitin / E1 / DUB

機能・相同性

ACETIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic basis for protein conjugation in a diverged bacterial ubiquitination pathway
著者: Ye, Q. / Gong, M. / Cai, J. / Chambers, L.R. / Zhou, H. / Suhandynata, R. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2024年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ea5.cif.gz	609.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ea5.ent.gz	420 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ea5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ea5_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ea5_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	9ea5_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	9ea5_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9ea5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9ea5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ea4C 9ea8C 9eaeC 9eavC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1142 / データの種類: diffraction image data 詳細: Raw diffraction data uploaded to the SBGrid Data Bank under dataset number 1142

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Citrobacter BubCD

B: Citrobacter BubCD

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.868, 73.064, 98.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.725, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Citrobacter BubCD 分子量: 50916.672 Da / 分子数: 2 / 変異: D104A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 M sodium acetate, 10% Isopropanol, 28% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.29 Å / Num. obs: 59172 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.02 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.893 / Num. unique obs: 4350 / CC_1/2: 0.783

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→39.29 Å / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.2457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	2805	4.74 %
R_work	0.1722	56312	-
obs	0.1738	59117	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6762	0	14	673	7449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	6893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5713	9329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8238	2548

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.2565	138	0.246	2761	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.03-2.07	0.2628	120	0.2096	2830	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.07-2.11	0.2754	146	0.2115	2717	X-RAY DIFFRACTION	96.76
2.11-2.15	0.2843	131	0.2029	2820	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.15-2.2	0.2643	130	0.2036	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.2-2.25	0.2425	125	0.193	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.25-2.31	0.2342	123	0.1883	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.31-2.37	0.1988	122	0.1814	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.37-2.44	0.2241	128	0.1824	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.44-2.52	0.2095	133	0.1766	2811	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-2.61	0.2444	158	0.1846	2710	X-RAY DIFFRACTION	96.89
2.61-2.71	0.2122	145	0.1825	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.71-2.84	0.2288	138	0.1871	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.84-2.99	0.2369	157	0.1946	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.99-3.17	0.2108	167	0.1838	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.17-3.42	0.2031	163	0.1686	2750	X-RAY DIFFRACTION	97.46
3.42-3.76	0.1801	150	0.154	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.76-4.31	0.1774	131	0.1367	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.24
4.31-5.42	0.1379	148	0.1317	2817	X-RAY DIFFRACTION	98.18
5.42-39.29	0.208	152	0.1714	2899	X-RAY DIFFRACTION	98.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6732165845	-0.638674032382	1.11994069363	1.66032921935	-0.061744281388	2.0503059443	0.0740350076535	0.133396287654	-0.167882493452	-0.00486300629401	0.0330562643087	0.216668241049	0.139886835472	-0.150976607734	-0.111742619677	0.175628461649	-0.0360186686714	0.00908929592136	0.206427997267	0.0231359528472	0.227666284957	10.376	14.704	-3.636
2	1.13247894115	-0.316104504479	0.448519004628	1.03643638059	-0.377249712073	1.34066746519	-0.00478495188961	0.0480297500503	0.0649279046772	0.0235617742901	-0.0209799003817	-0.103946906973	-0.00658182114985	0.142300630275	3.05738957125	0.156188520093	-0.0081671206891	0.0128241765651	0.129436956309	-0.00726717210462	0.145905797691	40.416	11.587	8.982
3	2.34227018629	0.326858139578	0.748452878763	1.73363052817	-0.358972621059	1.67198460695	-0.0592878735185	-0.202045985724	0.0583493748046	0.0879383577489	0.00296275887433	-0.31918908669	0.0111031511714	0.0657276081468	0.0495461348218	0.181982055448	0.0351407308733	0.00458966414463	0.263444490668	-0.0557860020066	0.296545365737	74.439	17.085	49.994
4	1.20816348208	0.142202486146	0.354500901513	1.15425415259	0.237493039728	1.18088392761	-0.0287094386366	-0.16559460975	0.0668820220598	-0.0126506760632	0.0158978979465	0.104204163207	-0.0472021188635	-0.0856291122808	0.002072620502	0.16117479933	0.0105437854651	0.00904852676627	0.182899512851	-0.00164110408948	0.137338865985	44.329	12.913	37.415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:172 )	A	1 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 173:456 )	A	173 - 456
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 3:172 )	B	3 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 173:456 )	B	173 - 456

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関連情報:EMDBヘッダ

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