PDB-9ea4: Structure of Citrobacter BubCD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ea4

タイトル

Structure of Citrobacter BubCD

要素

Citrobacter BubCD

キーワード

LIGASE / ubiquitin / E1 / E2

生物種

Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic basis for protein conjugation in a diverged bacterial ubiquitination pathway
著者: Ye, Q. / Gong, M. / Cai, J. / Chambers, L.R. / Zhou, H. / Suhandynata, R. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2024年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ea4.cif.gz	328.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ea4.ent.gz	222.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ea4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ea4_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ea4_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	9ea4_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	9ea4_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9ea4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/9ea4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ea5C 9ea8C 9eaeC 9eavC C: 同じ文献を引用 (文献)
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1141 / データの種類: diffraction image data 詳細: Raw diffraction data uploaded to the SBGrid Data Bank under dataset number 1141

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Citrobacter BubCD

ヘテロ分子

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Citrobacter BubCD

ヘテロ分子

A: Citrobacter BubCD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.498, 78.498, 159.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-677- HOH
2	1	A-1032- HOH
3	1	A-1080- HOH

#1: タンパク質	Citrobacter BubCD 分子量: 50960.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter sp. RHBSTW-00271 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 0.2 M K/Na tartrate, 10% Isopropanol, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.25 Å / Num. obs: 53524 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 22.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 1.423 / Num. unique obs: 3126 / CC_1/2: 0.618 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→39.25 Å / SU ML: 0.1737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.7301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1849	2730	5.11 %
R_work	0.1588	50705	-
obs	0.1602	53435	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3468	0	2	533	4003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	3531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8473	4780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0107	622
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8893	1305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.2674	123	0.2285	2504	X-RAY DIFFRACTION	98.24
1.83-1.86	0.2367	105	0.2001	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.86-1.9	0.2295	113	0.2052	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.9-1.94	0.2545	141	0.2064	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.2432	140	0.1851	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.98-2.03	0.2129	159	0.1653	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.2089	149	0.1637	2501	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.08-2.13	0.1662	116	0.1527	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.13-2.2	0.1906	121	0.1589	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.2-2.27	0.1958	115	0.1504	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.35	0.1864	151	0.1513	2493	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.35-2.44	0.1921	152	0.1513	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.44-2.55	0.1689	141	0.1466	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.69	0.1814	140	0.1481	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.86	0.1968	131	0.1572	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-3.08	0.2005	150	0.1513	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.39	0.1675	155	0.1513	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.88	0.1533	150	0.1394	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.88	0.1436	146	0.1376	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.88-39.25	0.2167	132	0.1915	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.31650203684	0.64622822853	0.392421206228	1.88153943338	0.169961357837	2.0152323787	0.0243766593912	-0.380130097773	-0.0136780932767	0.242632865643	-0.0827438086187	-0.0428177080516	0.00825074240193	0.0377589485683	0.0429848560493	0.14168498669	0.0107352906214	-0.00893804198587	0.227524395	0.0176619990364	0.137649432582	25.338	-3.71	9.054
2	1.15747466364	-0.172841152441	0.507400645482	1.17200802347	-0.018286577913	1.22435529181	-0.0159427410903	0.136130449491	0.0617645716297	-0.136648799151	-0.0282128876556	-0.0821402288219	-0.0354398062519	0.190688069682	0.0213053746226	0.113491555226	-0.0094978117889	0.0124458752306	0.143288260404	0.00932363349573	0.122369563233	18.561	-3.568	-23.034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:172 )	A	1 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 173:455 )	A	173 - 455

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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