[日本語] English
万見
- PDB-9e8z: 4-component structure of retron Ec83 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e8z
タイトル4-component structure of retron Ec83
要素
  • DNA (79-MER), msDNA
  • RNA (38-MER)
  • Retron Ec83 probable ATPase
  • Retron Ec83 putative HNH endonuclease
  • Retron Ec83 reverse transcriptase
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / ATPase / HNH-Endonuclease / Retron / msDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA synthesis involved in DNA repair / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / endonuclease activity / defense response to virus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Retron Ec78 putative HNH endonuclease-like / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / AAA domain, group 15 / AAA ATPase domain / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities ...: / Retron Ec78 putative HNH endonuclease-like / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / AAA domain, group 15 / AAA ATPase domain / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Retron Ec83 putative HNH endonuclease / Retron Ec83 reverse transcriptase / Retron Ec83 probable ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Rish, A.D. / Wang, C. / Fu, T.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GR128399 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F31AI181575-01 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Disassembly activates Retron-Septu for antiphage defense.
著者: Chen Wang / Anthony D Rish / Emily G Armbruster / Jiale Xie / Anna B Loveland / Zhangfei Shen / Bradley Gu / Andrei A Korostelev / Joe Pogliano / Tian-Min Fu /
要旨: Retrons are antiphage defense systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA) and hold promises for genome engineering. However, the mechanisms of defense remain unclear. The Retron-Septu ...Retrons are antiphage defense systems that produce multicopy single-stranded DNA (msDNA) and hold promises for genome engineering. However, the mechanisms of defense remain unclear. The Retron-Septu system uniquely integrates retron and Septu antiphage defenses. Cryo-electron microscopy structures reveal asymmetric nucleoprotein complexes comprising a reverse transcriptase (RT), msDNA (a hybrid of msdDNA and msrRNA), and two PtuAB copies. msdDNA and msrRNA are essential for assembling this complex, with msrRNA adopting a conserved lariat-like structure that regulates reverse transcription. Notably, the assembled Retron-Septu complex is inactive, with msdDNA occupying the PtuA DNA-binding site. Activation occurs upon disassembly, releasing PtuAB, which degrades single-stranded DNA to restrict phage replication. This "arrest-and-release" mechanism underscores the dynamic regulatory roles of msDNA, advancing our understanding of antiphage defense strategies.
履歴
登録2024年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Retron Ec83 probable ATPase
E: Retron Ec83 putative HNH endonuclease
H: Retron Ec83 reverse transcriptase
I: DNA (79-MER), msDNA
J: RNA (38-MER)
A: Retron Ec83 probable ATPase
B: Retron Ec83 putative HNH endonuclease
D: Retron Ec83 probable ATPase
F: Retron Ec83 probable ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,97913
ポリマ－380,9949
非ポリマー9854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 7分子 CADFEBH

#1: タンパク質
Retron Ec83 probable ATPase


分子量: 61767.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ATPase / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Ga0124318_11282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47527
#2: タンパク質 Retron Ec83 putative HNH endonuclease / TIGR02646 family protein


分子量: 30233.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HNH-endonuclease / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Ga0124318_11283 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DV93
#3: タンパク質 Retron Ec83 reverse transcriptase / RT


分子量: 35794.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RT / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ret, Ga0124318_11281 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47526, RNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 / RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#4: DNA鎖 DNA (79-MER), msDNA


分子量: 25559.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: msDNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 42499
#5: RNA鎖 RNA (38-MER)


分子量: 12102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complete Ec83 retron complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80872 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.47 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00325342
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61534876
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.4364465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0414015
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054066

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る