PDB-9e8p: Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9e8p

タイトル

Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate

要素

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

キーワード

LIGASE / Autophagy / E2 / lipidation / ubiquitin-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Atg12 transferase activity / Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / ubiquitin-like protein transferase activity / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of cilium assembly / glycophagy / regulation of Rac protein signal transduction / nucleophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Ohashi, K. / Otomo, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into the GABARAP-ATG3 Backside Interaction and Apo ATG3 Conformation.
著者: Ohashi, K. / Kroon, G.J. / Otomo, T.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e8p.cif.gz	313.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e8p.ent.gz	215.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/9e8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/9e8p	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (5) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

B: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

D: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

80.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

D: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.388, 97.388, 166.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 / Autophagy-related protein 3 / APG3-like / hApg3 / Protein PC3-96 分子量: 25911.402 Da / 分子数: 2 / 変異: C264K / 由来タイプ: 組換発現詳細: A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at ...詳細: A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at position 264 is covalently linked to the C-terminal glycine of GABARAP via an isopeptide bond.,A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at position 264 is covalently linked to the C-terminal glycine of GABARAP via an isopeptide bond.,A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at position 264 is covalently linked to the C-terminal glycine of GABARAP via an isopeptide bond. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG3, APG3, APG3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NT62, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: タンパク質	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46 分子量: 14054.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A truncated human GABARAP construct, consisting of extra serine and histidine at the N-terminus followed by GABARAP residues 1-116, has its C-terminal glycine covalently linked to the lysine ...詳細: A truncated human GABARAP construct, consisting of extra serine and histidine at the N-terminus followed by GABARAP residues 1-116, has its C-terminal glycine covalently linked to the lysine at position 264 of ATG3 via an isopeptide bond. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 mM Tris pH8.5, 25%(w/v) PEG3550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→38.33 Å / Num. obs: 41972 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 75.8 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.06022 / R_pim(I) all: 0.01975 / Net I/σ(I): 24.97
反射シェル	解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 4400 / CC_1/2: 0.764 / CC star: 0.931 / R_pim(I) all: 0.4076 / % possible all: 99.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→38.33 Å / SU ML: 0.4196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.3686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	3706	8.85 %
R_work	0.2176	38190	-
obs	0.2205	41896	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4846	0	21	9	4876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	5008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4928	6780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0423	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6284	1884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.74	0.4173	137	0.3483	1457	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.74-2.77	0.3428	143	0.3432	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.81	0.3735	139	0.3307	1450	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.81-2.85	0.3543	143	0.3354	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.85-2.9	0.3925	140	0.307	1458	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.9-2.95	0.2986	147	0.315	1493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3	0.387	137	0.3224	1448	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3-3.05	0.3134	146	0.3109	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.11	0.3568	145	0.2964	1446	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.11-3.17	0.297	147	0.2932	1460	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.17-3.24	0.3144	137	0.287	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.24-3.32	0.3442	144	0.2541	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.4	0.3038	147	0.247	1473	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.4-3.49	0.2781	142	0.2436	1451	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.49-3.6	0.2404	141	0.2349	1466	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.6-3.71	0.273	140	0.2314	1495	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.71-3.84	0.2441	141	0.2337	1453	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.84-4	0.2227	140	0.2006	1459	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4-4.18	0.2591	145	0.1926	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.4	0.2064	138	0.1773	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.67	0.1635	145	0.1628	1453	X-RAY DIFFRACTION	99.25
4.68-5.04	0.1765	143	0.1707	1471	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.04-5.54	0.2286	145	0.1772	1471	X-RAY DIFFRACTION	100
5.54-6.34	0.2706	151	0.2093	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
6.34-7.98	0.2217	142	0.2086	1481	X-RAY DIFFRACTION	99.63
7.98-38.33	0.2216	141	0.1766	1424	X-RAY DIFFRACTION	96.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.23372671542	-1.74007569814	-1.50547173437	5.79482876527	-1.09979022079	1.70855879899	-0.00958596555976	0.712766757599	0.279541983367	-0.265572570013	-0.384171590414	-0.786198611423	-0.438640329743	0.712120463798	0.397711277753	0.535558133148	0.0149606679031	-0.108479656271	1.34568531434	0.157398755768	0.798750948677	54.2508790606	80.5234701599	159.578525057
2	4.4478765712	-1.63919999777	-0.924198248238	2.19349084181	0.471015882318	3.92784395891	0.0473850893469	-0.144864010126	-0.715523204585	-0.503515482513	-0.453773648229	-0.500069633007	0.116653009451	1.16685140117	0.386688345963	0.637880773988	0.296594604702	0.0754603052346	1.12392436303	0.0595533227019	0.779712669141	56.7517743428	66.5185350395	161.518227378
3	2.39664382592	-0.612449404991	1.42294608785	3.57412897672	-1.11538181985	5.59258094127	0.121698935641	-0.452262479128	-0.0443223792181	0.378140594406	0.129970800406	0.338532219492	1.25798478045	0.772848057217	-0.103870479287	0.729751368358	0.213358566906	-0.0714042154662	0.85962821766	-0.0331875461529	0.584250515557	45.3550795681	68.3593622955	180.541977059
4	3.58060738532	-0.148814225138	-1.23221832309	4.25645448478	-1.35200281583	7.27196209244	-0.00377766529578	0.429461849175	-0.622753563482	-0.300649415762	-0.0993638589712	0.116832952706	1.22162776213	0.547818810701	0.097262675234	0.539421824679	0.169537284733	-0.0631534612197	0.765572806937	-0.0873327799835	0.657752222274	45.4365134884	68.5465127505	165.573277504
5	5.02359003477	-0.213357857641	0.903105038944	6.07243946686	0.417422488932	2.47144027351	0.87789020073	0.0504894640119	-1.0393412315	0.900123604764	-0.313592938918	0.0392906147719	1.97507025087	-0.411804942547	-0.376992363962	1.02187896635	0.0268513764696	0.0174182014302	0.819765586888	0.165165292626	0.886134048401	39.3103728635	60.4344379956	179.200100131
6	2.22689515043	-1.97391557053	4.61198385914	6.55227578569	-4.61966875701	9.59378344627	-0.215082812745	2.18885727357	-0.472771015411	0.933060982171	-0.521520059253	2.67541357908	-0.647554148872	-2.99299868143	0.550937097031	0.688443097167	0.109384362695	0.0201699338791	1.42917326789	-0.116832884106	1.14428765978	30.9583985692	72.5764342424	170.384081969
7	6.61026255897	-3.78432696297	0.213516512961	3.1904991472	0.142502721838	5.50655941961	0.134981836925	1.70905063096	-2.50086182624	-0.318965756528	-0.808007346607	0.794409356832	1.37377197064	0.756810344202	0.455340796579	0.652515976309	0.143515510916	0.0312556044844	0.722339144451	-0.121321461158	0.6298413743	42.6304140621	62.4808978554	164.345854069
8	5.18961927453	-0.848560999581	-1.45327020634	2.45932882208	-0.764657042633	7.74061101559	0.0878353889856	1.25886392632	1.06668320978	-0.620590972304	-0.434801366531	0.907138135723	-0.83872727551	0.292350533893	0.450150706114	0.55378638406	0.0350392787318	-0.0526832411995	0.767806455533	0.109048502449	0.573306302839	40.9424747309	86.2126366014	160.132892516
9	3.83088435205	-2.84445232466	-0.0676615578368	9.56311400958	0.53638607908	4.62657369206	0.488833479393	0.359654913261	0.141740919319	0.787239155527	-0.761315688909	-1.35504546571	-0.631146374311	2.27164896318	0.0111985405159	0.742977586955	-0.222062804894	-0.195330707035	1.48973670514	0.309963607025	1.16305780239	52.7105932675	90.0560355079	163.049381655
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 27 through 49 )	A	A	27 - 49	1 - 23
2	2	chain 'A' and (resid 50 through 72 )	A	A	50 - 72	24 - 46
3	3	chain 'A' and (resid 73 through 197 )	A	A	73 - 197	47 - 63
4	4	chain 'A' and (resid 198 through 220 )	A	A	198 - 220	64 - 86
5	5	chain 'A' and (resid 221 through 235 )	A	A	221 - 235	87 - 101
6	6	chain 'A' and (resid 236 through 244 )	A	A	236 - 244	102 - 110
7	7	chain 'A' and (resid 245 through 262 )	A	A	245 - 262	111 - 128
8	8	chain 'A' and (resid 263 through 279 )	A	A	263 - 279	129 - 145
9	9	chain 'A' and (resid 280 through 288 )	A	A	280 - 288	146 - 154
10	10	chain 'A' and (resid 289 through 310 )	A	A	289 - 310	155 - 176
11	11	chain 'B' and (resid 27 through 49 )	B	B	27 - 49	1 - 23
12	12	chain 'B' and (resid 50 through 72 )	B	B	50 - 72	24 - 46
13	13	chain 'B' and (resid 73 through 197 )	B	B	73 - 197	47 - 63
14	14	chain 'B' and (resid 198 through 240 )	B	B	198 - 240	64 - 106
15	15	chain 'B' and (resid 241 through 279 )	B	B	241 - 279	107 - 145
16	16	chain 'B' and (resid 280 through 310 )	B	B	280 - 310	146 - 176
17	17	chain 'C' and (resid 2 through 24 )	C	C	2 - 24	1 - 23
18	18	chain 'C' and (resid 25 through 68 )	C	C	25 - 68	24 - 67
19	19	chain 'C' and (resid 69 through 90 )	C	C	69 - 90	68 - 89
20	20	chain 'C' and (resid 91 through 110 )	C	C	91 - 110	90 - 109
21	21	chain 'C' and (resid 111 through 116 )	C	C	111 - 116	110 - 115
22	22	chain 'D' and (resid 2 through 24 )	D	D	2 - 24	1 - 23
23	23	chain 'D' and (resid 25 through 90 )	D	D	25 - 90	24 - 89
24	24	chain 'D' and (resid 91 through 116 )	D	D	91 - 116	90 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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