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- PDB-9e8p: Crystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e8p
タイトルCrystal Structure of GABARAP-ATG3 conjugate
要素
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
  • Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
キーワードLIGASE / Autophagy / E2 / lipidation / ubiquitin-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg12 transferase activity / Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / ubiquitin-like protein transferase activity / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / glycophagy / regulation of cilium assembly / regulation of Rac protein signal transduction / nucleophagy ...Atg12 transferase activity / Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / ubiquitin-like protein transferase activity / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / glycophagy / regulation of cilium assembly / regulation of Rac protein signal transduction / nucleophagy / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / GABA receptor binding / autophagy of mitochondrion / phosphatidylethanolamine binding / phagophore assembly site / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / protein targeting to membrane / microtubule associated complex / negative regulation of phagocytosis / Macroautophagy / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / smooth endoplasmic reticulum / autophagosome membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / beta-tubulin binding / protein targeting / mitophagy / sperm midpiece / autophagosome / GABA-ergic synapse / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / chemical synaptic transmission / microtubule / lysosome / protein ubiquitination / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ohashi, K. / Otomo, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM092740 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2025
タイトル: Structural Insights into the GABARAP-ATG3 Backside Interaction and Apo ATG3 Conformation.
著者: Ohashi, K. / Kroon, G.J. / Otomo, T.
履歴
登録2024年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
B: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
D: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2759
ポリマ-79,9314
非ポリマー3445
1629
1
A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
C: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1865
ポリマ-39,9662
非ポリマー2203
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
D: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0904
ポリマ-39,9662
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.388, 97.388, 166.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 / Autophagy-related protein 3 / APG3-like / hApg3 / Protein PC3-96


分子量: 25911.402 Da / 分子数: 2 / 変異: C264K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at ...詳細: A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at position 264 is covalently linked to the C-terminal glycine of GABARAP via an isopeptide bond.,A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at position 264 is covalently linked to the C-terminal glycine of GABARAP via an isopeptide bond.,A truncated human ATG3 construct, consisting of an extra glycine at the N-terminus, followed by ATG3 residues 26-91, 148-181, and 191-314, with a point mutation of C264K. The lysine at position 264 is covalently linked to the C-terminal glycine of GABARAP via an isopeptide bond.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG3, APG3, APG3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NT62, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein / GABA(A) receptor-associated protein / MM46


分子量: 14054.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A truncated human GABARAP construct, consisting of extra serine and histidine at the N-terminus followed by GABARAP residues 1-116, has its C-terminal glycine covalently linked to the lysine ...詳細: A truncated human GABARAP construct, consisting of extra serine and histidine at the N-terminus followed by GABARAP residues 1-116, has its C-terminal glycine covalently linked to the lysine at position 264 of ATG3 via an isopeptide bond.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAP, FLC3B, HT004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95166
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 mM Tris pH8.5, 25%(w/v) PEG3550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.33 Å / Num. obs: 41972 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 75.8 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06022 / Rpim(I) all: 0.01975 / Net I/σ(I): 24.97
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 4400 / CC1/2: 0.764 / CC star: 0.931 / Rpim(I) all: 0.4076 / % possible all: 99.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→38.33 Å / SU ML: 0.4196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.3686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 3706 8.85 %
Rwork0.2176 38190 -
obs0.2205 41896 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4846 0 21 9 4876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49286780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.62841884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.740.41731370.34831457X-RAY DIFFRACTION99.25
2.74-2.770.34281430.34321468X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.810.37351390.33071450X-RAY DIFFRACTION99.19
2.81-2.850.35431430.33541491X-RAY DIFFRACTION99.82
2.85-2.90.39251400.3071458X-RAY DIFFRACTION99.81
2.9-2.950.29861470.3151493X-RAY DIFFRACTION100
2.95-30.3871370.32241448X-RAY DIFFRACTION99.87
3-3.050.31341460.31091521X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.110.35681450.29641446X-RAY DIFFRACTION99.87
3.11-3.170.2971470.29321460X-RAY DIFFRACTION99.81
3.17-3.240.31441370.2871489X-RAY DIFFRACTION99.88
3.24-3.320.34421440.25411467X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.40.30381470.2471473X-RAY DIFFRACTION99.94
3.4-3.490.27811420.24361451X-RAY DIFFRACTION98.39
3.49-3.60.24041410.23491466X-RAY DIFFRACTION99.81
3.6-3.710.2731400.23141495X-RAY DIFFRACTION99.88
3.71-3.840.24411410.23371453X-RAY DIFFRACTION99.62
3.84-40.22271400.20061459X-RAY DIFFRACTION99.75
4-4.180.25911450.19261486X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.40.20641380.17731499X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.670.16351450.16281453X-RAY DIFFRACTION99.25
4.68-5.040.17651430.17071471X-RAY DIFFRACTION99.88
5.04-5.540.22861450.17721471X-RAY DIFFRACTION100
5.54-6.340.27061510.20931460X-RAY DIFFRACTION100
6.34-7.980.22171420.20861481X-RAY DIFFRACTION99.63
7.98-38.330.22161410.17661424X-RAY DIFFRACTION96.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23372671542-1.74007569814-1.505471734375.79482876527-1.099790220791.70855879899-0.009585965559760.7127667575990.279541983367-0.265572570013-0.384171590414-0.786198611423-0.4386403297430.7121204637980.3977112777530.5355581331480.0149606679031-0.1084796562711.345685314340.1573987557680.79875094867754.250879060680.5234701599159.578525057
24.4478765712-1.63919999777-0.9241982482382.193490841810.4710158823183.927843958910.0473850893469-0.144864010126-0.715523204585-0.503515482513-0.453773648229-0.5000696330070.1166530094511.166851401170.3866883459630.6378807739880.2965946047020.07546030523461.123924363030.05955332270190.77971266914156.751774342866.5185350395161.518227378
32.39664382592-0.6124494049911.422946087853.57412897672-1.115381819855.592580941270.121698935641-0.452262479128-0.04432237921810.3781405944060.1299708004060.3385322194921.257984780450.772848057217-0.1038704792870.7297513683580.213358566906-0.07140421546620.85962821766-0.03318754615290.58425051555745.355079568168.3593622955180.541977059
43.58060738532-0.148814225138-1.232218323094.25645448478-1.352002815837.27196209244-0.003777665295780.429461849175-0.622753563482-0.300649415762-0.09936385897120.1168329527061.221627762130.5478188107010.0972626752340.5394218246790.169537284733-0.06315346121970.765572806937-0.08733277998350.65775222227445.436513488468.5465127505165.573277504
55.02359003477-0.2133578576410.9031050389446.072439466860.4174224889322.471440273510.877890200730.0504894640119-1.03934123150.900123604764-0.3135929389180.03929061477191.97507025087-0.411804942547-0.3769923639621.021878966350.02685137646960.01741820143020.8197655868880.1651652926260.88613404840139.310372863560.4344379956179.200100131
62.22689515043-1.973915570534.611983859146.55227578569-4.619668757019.59378344627-0.2150828127452.18885727357-0.4727710154110.933060982171-0.5215200592532.67541357908-0.647554148872-2.992998681430.5509370970310.6884430971670.1093843626950.02016993387911.42917326789-0.1168328841061.1442876597830.958398569272.5764342424170.384081969
76.61026255897-3.784326962970.2135165129613.19049914720.1425027218385.506559419610.1349818369251.70905063096-2.50086182624-0.318965756528-0.8080073466070.7944093568321.373771970640.7568103442020.4553407965790.6525159763090.1435155109160.03125560448440.722339144451-0.1213214611580.629841374342.630414062162.4808978554164.345854069
85.18961927453-0.848560999581-1.453270206342.45932882208-0.7646570426337.740611015590.08783538898561.258863926321.06668320978-0.620590972304-0.4348013665310.907138135723-0.838727275510.2923505338930.4501507061140.553786384060.0350392787318-0.05268324119950.7678064555330.1090485024490.57330630283940.942474730986.2126366014160.132892516
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103.30732757373-2.04219038325-0.3409580467667.58670615494-1.953632684586.04450374869-0.5089804304680.2513110295150.6341466027941.241274105560.151741306909-0.471012751273-0.5211523579590.5124848912870.143868546110.4715567892090.0581187902766-0.1049036283830.7349697182750.04004495774150.60949343331845.854239169578.7620008866172.857262757
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 49 )AA27 - 491 - 23
22chain 'A' and (resid 50 through 72 )AA50 - 7224 - 46
33chain 'A' and (resid 73 through 197 )AA73 - 19747 - 63
44chain 'A' and (resid 198 through 220 )AA198 - 22064 - 86
55chain 'A' and (resid 221 through 235 )AA221 - 23587 - 101
66chain 'A' and (resid 236 through 244 )AA236 - 244102 - 110
77chain 'A' and (resid 245 through 262 )AA245 - 262111 - 128
88chain 'A' and (resid 263 through 279 )AA263 - 279129 - 145
99chain 'A' and (resid 280 through 288 )AA280 - 288146 - 154
1010chain 'A' and (resid 289 through 310 )AA289 - 310155 - 176
1111chain 'B' and (resid 27 through 49 )BB27 - 491 - 23
1212chain 'B' and (resid 50 through 72 )BB50 - 7224 - 46
1313chain 'B' and (resid 73 through 197 )BB73 - 19747 - 63
1414chain 'B' and (resid 198 through 240 )BB198 - 24064 - 106
1515chain 'B' and (resid 241 through 279 )BB241 - 279107 - 145
1616chain 'B' and (resid 280 through 310 )BB280 - 310146 - 176
1717chain 'C' and (resid 2 through 24 )CC2 - 241 - 23
1818chain 'C' and (resid 25 through 68 )CC25 - 6824 - 67
1919chain 'C' and (resid 69 through 90 )CC69 - 9068 - 89
2020chain 'C' and (resid 91 through 110 )CC91 - 11090 - 109
2121chain 'C' and (resid 111 through 116 )CC111 - 116110 - 115
2222chain 'D' and (resid 2 through 24 )DD2 - 241 - 23
2323chain 'D' and (resid 25 through 90 )DD25 - 9024 - 89
2424chain 'D' and (resid 91 through 116 )DD91 - 11690 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る