PDB-9e7g: Crystal structure of HIV-1 RRE SLII G34C mutant in complex with F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9e7g

タイトル

Crystal structure of HIV-1 RRE SLII G34C mutant in complex with Fab BL3-6

要素

BL3-6 Fab heavy chain
BL3-6 Fab light chain
Rev Response Element SLII

キーワード

RNA / HIV-1 / Replication / Fab / Chaperone / Rev response element

機能・相同性

: / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Ojha, M. / Koirala, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HIV-1 RRE SLII G34C mutant in complex with Fab BL3-6
著者: Ojha, M. / Koirala, D.

履歴

登録	2024年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e7g.cif.gz	318.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e7g.ent.gz	215.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/9e7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/9e7g	HTTPS FTP

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登録構造単位

H: BL3-6 Fab heavy chain

L: BL3-6 Fab light chain

R: Rev Response Element SLII

71.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.785, 106.630, 187.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: 抗体	BL3-6 Fab heavy chain 分子量: 24766.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	BL3-6 Fab light chain 分子量: 23394.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖	Rev Response Element SLII 分子量: 23221.883 Da / 分子数: 1 / Mutation: G34C / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: GenBank: 902798
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane pH 8.8, 16% PEG 3350 and 0.3% Ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→46.83 Å / Num. obs: 35117 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 84.16 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / R_merge(I) obs: 1.671 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 889 / CC_1/2: 0.795 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→38.77 Å / SU ML: 0.5048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.627
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	3502	9.97 %
R_work	0.1897	31615	-
obs	0.1941	35117	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 144.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→38.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3327	1540	0	0	4867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	5126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.152	7308
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.3216	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.04	0.5615	133	0.4476	1181	X-RAY DIFFRACTION	94.67
3.04-3.08	0.406	143	0.3918	1287	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.08-3.13	0.4463	140	0.3708	1234	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.13-3.17	0.3309	142	0.3357	1273	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.17-3.23	0.3005	144	0.2881	1248	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.23-3.28	0.3195	140	0.2685	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.28-3.34	0.3007	143	0.2357	1313	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.34-3.41	0.2855	143	0.2533	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.41-3.48	0.2367	135	0.231	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.14
3.48-3.55	0.3044	143	0.2401	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.55-3.63	0.2679	137	0.2364	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.63-3.72	0.2415	132	0.2096	1261	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.72-3.82	0.2279	145	0.202	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.82-3.94	0.2561	144	0.194	1276	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.94-4.06	0.2275	145	0.1792	1263	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.06-4.21	0.2348	139	0.1775	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.21-4.38	0.1992	137	0.1541	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.38-4.58	0.2015	144	0.1587	1285	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.58-4.82	0.2196	145	0.1445	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.82-5.12	0.2058	137	0.154	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.12-5.51	0.1968	134	0.1595	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-6.06	0.2378	136	0.187	1275	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.07-6.94	0.2177	145	0.1914	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.94-8.72	0.2158	140	0.1825	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
8.73-38.77	0.1833	136	0.1382	1286	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.60373440639	1.55684198791	0.157760545842	8.12580279537	5.12755973441	3.27754347845	0.834059598865	1.35124466807	1.04246445609	2.18200791813	-2.50205018651	-1.74837621802	0.113649984874	2.82871901696	1.34997147725	2.76561901625	0.0163284127614	0.139470623976	1.57538161115	0.234009989962	1.35720559907	27.3581056945	10.6306448884	-13.8193106813
2	3.46782828276	2.04758573715	3.3804953437	7.45047343	0.349303303533	9.45036638857	-0.469438417951	0.632816476967	1.14709494807	0.278926404866	0.0664931014419	5.34372078009	-0.528075639398	-3.31280561798	0.51939945222	3.79880783518	0.311232846795	-0.932098173203	2.98316186493	-0.341918209235	5.12437892926	-2.75349188054	20.0788490594	-24.5181241051
3	3.27055066202	0.669090947023	3.75252303175	4.50402778078	1.24399951693	4.90260419186	-0.698120624619	1.19608201131	0.194902340243	-1.65337563669	0.411747681203	2.03521198865	0.28662782192	0.5137153801	0.21350506642	3.13678993578	-0.1938819256	-0.248367713336	2.04040556805	-0.248232249928	2.42122025506	15.0853103012	19.4783587378	-23.7576307037
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18	3.04146885113	0.294885243755	-2.77060484277	3.43289078278	-0.117382019608	5.65731933677	0.167146236768	-1.23457001399	0.0898316359948	0.726196366952	-0.0589430836454	-0.5313558633	0.124188931913	0.576258125676	-0.160033630727	1.05331384493	-0.151478447207	-0.0975717820155	1.7782580369	-0.333811842201	1.1406391609	26.698455456	64.5905546754	58.8760289584

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'R' and (resid 1 through 10 )	R	C	1 - 10
2	2	chain 'R' and (resid 11 through 25 )	R	C	11 - 25
3	3	chain 'R' and (resid 26 through 40 )	R	C	26 - 40
4	4	chain 'R' and (resid 41 through 60 )	R	C	41 - 60
5	5	chain 'R' and (resid 61 through 72 )	R	C	61 - 72
6	6	chain 'H' and (resid 3 through 20 )	H	A	3 - 20	1 - 18
7	7	chain 'H' and (resid 21 through 42 )	H	A	21 - 42	19 - 40
8	8	chain 'H' and (resid 43 through 54 )	H	A	43 - 54	41 - 52
9	9	chain 'H' and (resid 55 through 67 )	H	A	55 - 67	53 - 65
10	10	chain 'H' and (resid 68 through 86 )	H	A	68 - 86	66 - 84
11	11	chain 'H' and (resid 87 through 102 )	H	A	87 - 102	85 - 100
12	12	chain 'H' and (resid 103 through 136 )	H	A	103 - 136	101 - 134
13	13	chain 'H' and (resid 137 through 177 )	H	A	137 - 177	135 - 175
14	14	chain 'H' and (resid 178 through 205 )	H	A	178 - 205	176 - 203
15	15	chain 'H' and (resid 206 through 228 )	H	A	206 - 228	204 - 226
16	16	chain 'L' and (resid 1 through 76 )	L	B	1 - 76	1 - 76
17	17	chain 'L' and (resid 77 through 129 )	L	B	77 - 129	77 - 129
18	18	chain 'L' and (resid 130 through 215 )	L	B	130 - 215	130 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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