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- PDB-9e7d: Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31C mutant in complex with F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e7d
タイトルCrystal structure of HIV-1 RRE SLII A31C mutant in complex with Fab BL3-6
要素
  • BL3-6 Fab heavy chain
  • BL3-6 Fab light chain
  • Rev response element SLIIc
キーワードRNA / HIV-1 / Replication / Fab / Chaperone / Rev response element
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Ojha, M. / Koirala, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentNA 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31C mutant in complex with Fab BL3-6
著者: Ojha, M. / Koirala, D.
履歴
登録2024年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Rev response element SLIIc
C: Rev response element SLIIc
H: BL3-6 Fab heavy chain
L: BL3-6 Fab light chain
A: BL3-6 Fab heavy chain
B: BL3-6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7996
ポリマ－142,7996
非ポリマー00
水00
1
R: Rev response element SLIIc
H: BL3-6 Fab heavy chain
L: BL3-6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3993
ポリマ－71,3993
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Rev response element SLIIc
A: BL3-6 Fab heavy chain
B: BL3-6 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3993
ポリマ－71,3993
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.874, 75.871, 83.516
Angle α, β, γ (deg.)63.170, 71.850, 77.750
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "H"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "L"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1AE3 - 2283 - 228
d_2ens_1HC3 - 2283 - 228
d_1ens_2BF1 - 2151 - 215
d_2ens_2LD1 - 2151 - 215

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.409132154952, -0.766828256111, -0.494555664627), (-0.759280382524, -0.014492169742, 0.650602242334), (-0.50606736755, 0.64168871164, -0.576308438993)0.77247497553, 5.0010526351, -93.8715718076
2given(-0.402747452378, -0.768307489933, -0.497491799447), (-0.76244438248, -0.0191210189516, 0.646771173027), (-0.506431686634, 0.639795270026, -0.578090788047)1.07667050583, 5.04059729437, -93.9232117145

-
要素

#1: RNA鎖 Rev response element SLIIc


分子量: 23237.883 Da / 分子数: 2 / 変異: A31C / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: GenBank: 902798
#2: 抗体 BL3-6 Fab heavy chain


分子量: 24766.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 BL3-6 Fab light chain


分子量: 23394.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate, 20% PEG 3,350, pH 6.2 / PH範囲: 6.0-6.5 / Temp details: Liquid nitrogen

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→34.2 Å / Num. obs: 21022 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.779 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 3.106→3.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.446 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3048 / CC1/2: 0.319 / Rpim(I) all: 0.934 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→34.2 Å / SU ML: 0.497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.7362
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 962 4.8 %
Rwork0.2458 19098 -
obs0.2497 20060 73.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→34.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6654 3082 0 0 9736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009710254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.364414620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06311758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01151326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.80174156
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.45655202216
ens_2d_2FBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.415650505042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.11-3.270.37271420.30022764290674.84
3.27-3.470.37921510.3081287876.96
3.47-3.480.643810.2733422.44
3.81-4.120.36621250.2702257287.71
4.12-4.710.35521740.2382347893.93
4.71-5.930.29041780.228369399.28
5.93-34.20.27991910.2043367999.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.441220378750.8320952768790.3743557123270.687296538083-0.272950713891.225251739320.0924318695509-0.653866646931-1.11042535126-0.05296217712680.0200585202746-0.4428020883020.3689228875780.168966309440.3060957074990.869590691648-0.3093588332750.05149339689360.8080781784650.5216020592251.58921746496-44.8640847505-1.37030158183-5.96588740412
21.24980970457-0.815575963494-0.7077780969231.422183043931.45246674711.50531605381-0.0755777747178-0.709752609391-1.313938698390.214786431485-0.03791748442160.07507565866790.01059629603050.2570209052810.21846593911.29066617004-0.185250971680.4512788325161.056346249750.2674320439932.12474805256-25.1293349085-14.4671374665-11.2075813932
31.04369195753-0.207749932995-0.8239630541640.06546888268670.1706381540790.650569436693-0.35751464001-1.06645161256-1.502095886070.4498948952770.06053364324790.2977996134230.116919662228-0.03604428301970.1372513807631.197939074430.1909286020290.5823101441721.021599628050.6851229662862.21832239773-35.3272944567-22.0814510425-3.13483648771
41.987165892750.2194107141640.491859054660.07930301955160.2425343153210.8271256222210.122396524976-0.874907904026-1.27172390164-0.129413723885-0.2265101882880.2959412956050.679629345348-0.257802388204-0.01276396591290.14483015548-0.4605610962680.2599911197320.4425195674690.6229542086851.40799390631-26.79443496993.4876996384-0.571700631269
51.17350905213-0.235091880495-0.6391857843290.04900363709790.1169885949630.3790946617440.1397352742840.4079876861860.629145299136-0.378801149634-0.128323464003-0.446851311240.2019919766090.377111576641-0.1884660570921.87003171052-0.03955014508230.6510479728021.676034878260.3292018415352.52000881651-16.161104041778.665079162-46.3290955358
61.36299404356-0.698973507298-0.649213826890.4615341539870.237224595370.5989554769890.1718438721760.261745572041.43686710219-0.08390358384630.283548702031-0.841079631954-0.6674080364410.783357593317-0.005869177117121.20532360398-0.3609887340160.06674432495631.019813513930.4340796151341.1593298926-32.144776860281.5991654373-42.9546427633
74.9565978370.725451704117-0.8927703037233.34458598723-2.651989807292.125181688020.0498696313943-0.2780745786370.343127775198-0.1444342767270.3178747339650.317683820919-0.2966181880170.335548134132-0.4951428714070.0180336809418-0.008404259212360.1605111656070.06195901058430.286871983210.6650238137325.6955206504219.7674297522-25.8643555953
83.141243456240.712216194605-1.262677335071.412990374050.2942972674611.841054344820.0751122855959-0.420066380311-0.1449205400220.111661370277-0.04624231010070.0835020294901-0.03787777766140.1487655204930.01394420209220.141756852567-0.201599086428-0.1037455492270.263877060780.3785632157070.5037788210873.6087492366417.3531350788-14.1502199456
91.33896959134-0.7245389644270.08639460814240.8006285704980.1040514745570.644832626447-0.01981666783060.183737256909-0.118778159482-0.131189048163-0.2141337083370.169745820925-0.00984123310523-0.0539424394597-0.161165325213-0.2277842821770.110212916590.0791242889295-0.06687317975160.121191823810.417678090717-6.9817443526415.9999875817-22.7421530061
102.13714095336-0.2756142851160.1628475161280.8535409803130.6871356675272.041894278060.0869247742880.0523580502684-0.3202936735110.0148517083345-0.0716316090908-0.1572329402620.1406074775470.271271364754-0.1015988439080.01187172061790.077390542648-0.09930710013660.1176232360190.06711379979730.5806253554441.9005274151210.7394561745-21.0910792875
113.74549479237-1.07877564501-0.1355017493713.00316237331.705033126374.03458221110.1100563007-0.0204452585186-0.355160454345-0.5671238498720.1833010378250.06232151731120.3635092335720.0249814614582-0.1821300596280.311186161094-0.1485095883120.02485887495140.06324023559550.1773163930020.466106501151-2.3579226435317.5399533454-28.9696891934
127.201095397162.37823446509-3.588680009454.89284660388-1.553711153244.33548843370.103878915999-0.59608490481-0.1133203534280.370431440697-0.1166122027110.122725124826-0.1055792538920.158787093933-0.1493093757060.05393936658260.1033031649390.1575572357320.2142062169490.3121575570630.347157105329-7.6557194989724.4051421931-9.76277581786
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1414chain 'H' and (resid 137 through 157 )HC137 - 157135 - 155
1515chain 'H' and (resid 158 through 200 )HC158 - 200156 - 198
1616chain 'H' and (resid 201 through 228 )HC201 - 228199 - 226
1717chain 'L' and (resid 1 through 26 )LD1 - 261 - 26
1818chain 'L' and (resid 27 through 114 )LD27 - 11427 - 114
1919chain 'L' and (resid 115 through 189 )LD115 - 189115 - 189
2020chain 'L' and (resid 190 through 215 )LD190 - 215190 - 215
2121chain 'A' and (resid 3 through 20 )AE3 - 201 - 18
2222chain 'A' and (resid 21 through 36 )AE21 - 3619 - 34
2323chain 'A' and (resid 37 through 67 )AE37 - 6735 - 65
2424chain 'A' and (resid 68 through 86 )AE68 - 8666 - 84
2525chain 'A' and (resid 87 through 102 )AE87 - 10285 - 100
2626chain 'A' and (resid 103 through 115 )AE103 - 115101 - 113
2727chain 'A' and (resid 116 through 136 )AE116 - 136114 - 134
2828chain 'A' and (resid 137 through 157 )AE137 - 157135 - 155
2929chain 'A' and (resid 158 through 200 )AE158 - 200156 - 198
3030chain 'A' and (resid 201 through 228 )AE201 - 228199 - 226
3131chain 'B' and (resid 1 through 26 )BF1 - 261 - 26
3232chain 'B' and (resid 27 through 114 )BF27 - 11427 - 114
3333chain 'B' and (resid 115 through 189 )BF115 - 189115 - 189
3434chain 'B' and (resid 190 through 215 )BF190 - 215190 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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