PDB-9e7c: TRK-fused Gene (TFG) PB1 Domain D60A/D62R Variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9e7c

タイトル

TRK-fused Gene (TFG) PB1 Domain D60A/D62R Variant

要素

Protein TFG

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type I/II PB1 domain / octamer / ubiquitin like beta-grasp fold / globular

機能・相同性

機能・相同性情報

COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.906 Å

データ登録者

Schuh, A.L. / Bhattacharyya, B. / Keck, J.L. / Audhya, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM134865	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	NS124165	米国

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Multiple roles for TFG ring complexes in neuronal cargo trafficking.
著者: Zhang, Z. / Lettman, M.M. / Schuh, A.L. / Bhattacharyya, B. / Randolph, P. / Nandakumar, T. / Kulkarni, I. / Roach, A. / Alvin, J.R. / Gengler, D. / Stagg, S.M. / Keck, J.L. / Audhya, A.

履歴

登録	2024年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e7c.cif.gz	33.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e7c.ent.gz	20.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/9e7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/9e7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (2) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein TFG

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.018, 32.488, 29.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein TFG / TRK-fused gene protein 分子量: 11404.229 Da / 分子数: 1 / 変異: D60A, D62R / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first 9 N-terminal amino acids of TFG as well as the GST protein purification tag were not well resolved in the diffraction data and therefore not included in the final structure. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFG / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92734
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 203 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.906→51.73 Å / Num. obs: 7690 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.1 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.076 / R_sym value: 0.071 / Χ²: 0.873 / Net I/av σ(I): 26.9 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.91-1.94	6.1	0.536	342	0.89	0.97	0.224	0.582	0.54	94
1.94-1.98	5.9	0.411	368	0.948	0.987	0.177	0.449	0.569	96.1
1.98-2.02	6.6	0.351	379	0.956	0.989	0.144	0.381	0.562	98.4
2.02-2.06	6.9	0.341	368	0.963	0.99	0.138	0.369	0.611	99.2
2.06-2.1	7.1	0.273	402	0.979	0.995	0.11	0.294	0.58	99.8
2.1-2.15	7.3	0.242	371	0.985	0.996	0.095	0.26	0.609	100
2.15-2.2	7.5	0.209	390	0.983	0.996	0.082	0.225	0.684	100
2.2-2.26	7.4	0.171	386	0.989	0.997	0.067	0.184	0.66	100
2.26-2.33	7.6	0.155	383	0.99	0.997	0.06	0.166	0.679	100
2.33-2.41	7.5	0.135	382	0.994	0.999	0.053	0.145	0.702	100
2.41-2.49	7.5	0.12	387	0.996	0.999	0.047	0.129	0.684	100
2.49-2.59	7.5	0.109	388	0.995	0.999	0.042	0.117	0.723	100
2.59-2.71	7.5	0.094	392	0.996	0.999	0.037	0.101	0.761	100
2.71-2.85	7.5	0.077	374	0.998	0.999	0.03	0.083	0.838	100
2.85-3.03	7.5	0.078	387	0.996	0.999	0.03	0.084	1.038	100
3.03-3.27	7.5	0.068	396	0.998	0.999	0.027	0.073	1.438	100
3.27-3.59	7.5	0.069	393	0.997	0.999	0.027	0.074	1.9	100
3.59-4.11	7.5	0.059	387	0.998	0.999	0.023	0.064	1.59	100
4.11-5.18	7.4	0.038	402	0.999	1	0.015	0.041	0.993	100
5.18-50	7	0.031	413	0.999	1	0.013	0.033	0.965	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.906→51.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.496 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25406	352	4.6 %	RANDOM
R_work	0.21369	-	-	-
obs	0.21555	7337	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.708 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.83 Å²	0 Å²	-0.67 Å²
2-	-	2.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.906→51.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	707	0	0	51	758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	723
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.342	1.996	974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.749	3	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.918	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.044	23.636	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.902	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.96	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.876	3.144	352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.866	3.136	351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.019	4.687	440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.018	4.695	441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.896	3.7	371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.889	3.698	371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.039	5.355	534
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.606	25.074	796
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.505	24.878	777
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.906→1.955 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	19	-
R_work	0.244	492	-
obs	-	-	91.74 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)