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- PDB-9e70: Human XRN1 with Adenosine-3',5'-Bisphosphate (pAp) Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9.0E+70
タイトルHuman XRN1 with Adenosine-3',5'-Bisphosphate (pAp) Bound
要素5'-3' exoribonuclease 1
キーワードHYDROLASE / Exonuclease / XRN1 / pAp / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to puromycin / cellular response to cycloheximide / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-3' RNA exonuclease activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / histone mRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / nuclear mRNA surveillance / G-quadruplex DNA binding / rRNA catabolic process ...cellular response to puromycin / cellular response to cycloheximide / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / 5'-3' RNA exonuclease activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / histone mRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / nuclear mRNA surveillance / G-quadruplex DNA binding / rRNA catabolic process / telomerase RNA binding / response to testosterone / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / G-quadruplex RNA binding / negative regulation of translation / neuronal cell body / dendrite / RNA binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-3' exoribonuclease 1 / Xrn1, D1 domain / Exoribonuclease Xrn1, D2/D3 domain / 5'-3' exoribonuclease 1, SH3-like domain / : / : / Xrn1 SH3-like domain / Exoribonuclease Xrn1 D1 domain / Exoribonuclease Xrn1 D2/D3 domain / Xrn1, N-terminal ...5'-3' exoribonuclease 1 / Xrn1, D1 domain / Exoribonuclease Xrn1, D2/D3 domain / 5'-3' exoribonuclease 1, SH3-like domain / : / : / Xrn1 SH3-like domain / Exoribonuclease Xrn1 D1 domain / Exoribonuclease Xrn1 D2/D3 domain / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 5'-3' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lockbaum, G.J. / Lynes, M.M. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Boriack-Sjodin, P.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Characterization of exoribonuclease XRN1 as a cancer target and identification of adenosine-3',5'-bisphosphate as a potent enzyme inhibitor.
著者: Lockbaum, G.J. / Lynes, M.M. / Shen, S.A. / Liu, J. / Holt, N. / Nayak, S.P. / Knockenhauer, K.E. / Yao, S. / Sickmier, E.A. / Raman, A. / Wu, J. / Case, A. / Shehaj, L. / Buker, S.M. / ...著者: Lockbaum, G.J. / Lynes, M.M. / Shen, S.A. / Liu, J. / Holt, N. / Nayak, S.P. / Knockenhauer, K.E. / Yao, S. / Sickmier, E.A. / Raman, A. / Wu, J. / Case, A. / Shehaj, L. / Buker, S.M. / Grigoriu, S. / Ribich, S. / Blakemore, S.J. / Sparling, B.A. / Duncan, K.W. / Copeland, R.A. / Silver, S.J. / Boriack-Sjodin, P.A.
履歴
登録2024年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exoribonuclease 1
B: 5'-3' exoribonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,81423
ポリマ－156,2032
非ポリマー1,61021
水13,025723
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.91, 63.97, 363.15
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5'-3' exoribonuclease 1 / Strand-exchange protein 1 homolog


分子量: 78101.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRN1, SEP1 / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8IZH2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

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非ポリマー , 6種, 744分子

#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.2 M Potassium fluoride, pH 7.3, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.051 Å / Num. obs: 84285 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5788 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48.051 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.088 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 4332 5.14 %
Rwork0.1866 79953 -
all0.189 --
obs-84285 99.983 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.002 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.013 Å20 Å2
3---0.015 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9252 0 101 723 10076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0129744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.84813179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54751124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.197560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.366101664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.57410499
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.24509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.26477
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2280.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2070.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.044.1714433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7047.4575533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5454.715311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2368.3947631
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.63745.83915167
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.1-2.1540.2943350.25957880.2661230.9380.9541000.229
2.154-2.2130.2972970.23656730.23959700.9390.9611000.205
2.213-2.2770.2752940.22255240.22458180.9460.9661000.189
2.277-2.3470.2512600.20953900.21156500.9580.971000.179
2.347-2.4240.2732800.20652060.20954860.9530.9711000.176
2.424-2.5090.2682420.21250630.21553050.9550.9711000.179
2.509-2.6030.2572760.19648560.19951330.9560.97499.98050.167
2.603-2.7090.2892410.20147150.20549560.9490.9731000.172
2.709-2.8290.2752530.20445120.20747650.9510.9731000.179
2.829-2.9670.2722280.19543190.19945470.9520.9751000.173
2.967-3.1270.2312070.18741490.18943560.9630.9771000.168
3.127-3.3160.2332330.18738950.18941280.9630.9781000.172
3.316-3.5430.2112120.18437180.18639310.9710.98199.97460.176
3.543-3.8260.2311790.17934530.18136320.9660.9831000.175
3.826-4.1880.1781660.15431830.15533490.9780.9861000.154
4.188-4.6780.1941650.1529040.15230690.9770.9861000.154
4.678-5.3930.1921420.14925620.15127040.9780.9861000.155
5.393-6.5840.221400.19222130.19423530.9760.9831000.197
6.584-9.2260.1971130.18317550.18418680.9790.9831000.192
9.226-48.0510.153690.19110750.18811450.9860.97399.91270.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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