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- PDB-9e6t: BCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e6t
タイトルBCL11A ZF4-6 in Complex with a DNA Sequence Observed in the Human Globin Locus Containing Motif TGCCCA
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 11A
  • DNA Strand I
  • DNA Strand II
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA BINDING / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / GLOBIN LOCUS / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting ...negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / regulation of dendrite development / negative regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting / cellular response to L-glutamate / ALK mutants bind TKIs / paraspeckles / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / B-cell lymphoma/leukemia 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Multimeric transcription factor BCL11A utilizes two zinc-finger tandem arrays to bind clustered short sequence motifs.
著者: Horton, J.R. / Yu, M. / Zhou, J. / Tran, M. / Anakal, R.R. / Lu, Y. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Huang, Y. / Zhang, X. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
I: DNA Strand I
J: DNA Strand II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,38211
ポリマ－36,9274
非ポリマー4557
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, expected 1:1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.230, 59.230, 247.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 B-cell lymphoma/leukemia 11A / BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration ...BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration site 9 protein homolog / EVI-9 / Zinc finger protein 856


分子量: 12472.312 Da / 分子数: 2 / 断片: Zinc finger domains 4-6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL11A, CTIP1, EVI9, KIAA1809, ZNF856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GoldPlus / 参照: UniProt: Q9H165

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#2: DNA鎖 DNA Strand I


分子量: 5615.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA Strand II


分子量: 6367.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 26分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15 % w/v PEG 1000, 30 % v/v PEG 300, 0.1 M Bis-Tris Propane 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→33.82 Å / Num. obs: 20789 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 67.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.78→2.82 Å / 冗長度: 27.3 % / Num. unique obs: 1057 / CC1/2: 0.429 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.78→33.82 Å / SU ML: 0.4619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.68
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2806 1055 5.07 %
Rwork0.2462 19734 -
obs0.2479 20789 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→33.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 784 10 19 2083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00292194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49053128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.5441860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.90.36841330.39482360X-RAY DIFFRACTION93.93
2.9-3.050.37591660.35582480X-RAY DIFFRACTION99.7
3.05-3.250.39871250.35282428X-RAY DIFFRACTION96.09
3.25-3.490.33411320.29712409X-RAY DIFFRACTION95.03
3.5-3.850.291430.27372451X-RAY DIFFRACTION98.93
3.85-4.40.24761050.21582555X-RAY DIFFRACTION99.63
4.4-5.540.2471290.21152522X-RAY DIFFRACTION99.7
5.55-33.820.22531220.18442529X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07645468716-3.437411999732.875483187837.572922594361.674275895819.48172219680.7131170085291.155552769790.996419498447-0.785502201371-0.297519701973-2.04235409145-0.2988618353981.40475656301-0.06415600843920.968696440274-0.1711271273330.3736395680041.79854296032-0.0443084820780.95121490123316.287937263726.284473023714.1192009221
25.590443609463.280979759723.039511415915.461219027943.408914248799.1971812723-0.157672420762-0.257102961268-0.659626315257-1.449647348430.34906105533-0.302448889815-0.7061505963770.440661910742-0.187990629641.084880538670.1691608712150.09539991513070.921364796637-0.2342831687050.6995792172294.8421055296316.458780092510.0193384049
37.908579581066.149440316566.884914191364.753188185975.676871367398.00894240553-0.2906616771480.704173069351.75437272172-0.743806545056-0.6536435633431.884693484450.716992040657-1.060307556930.9136701509291.21979120178-0.0251815736337-0.2057054636421.19977597156-0.2506102424940.756460187954-9.7161246606717.44665360496.0963890378
44.600573485464.752773278150.9080782150347.468720517380.6836314331917.966723507780.5040325957591.0934465835-0.7004347551160.597193302354-0.676696161365-0.176966604639-0.286419628068-0.7488050660740.1226476732011.16842800901-0.220068339273-0.0912488563210.909854431781-0.3832804233190.850353871339-10.9645167988.9470178744-7.00117213947
57.704726308492.460308199821.751701256624.01069217973-3.213743672425.710165671910.07750508146810.0722914352486-0.1540527322350.4972571416360.195481529174-0.1514900638490.4308819197360.767577437067-0.3874824774280.689364659360.09433337873350.03963589579260.374490263074-0.06826024530750.506387080971-8.222325618516.52485905939.0414120532
63.017137745692.528276722310.4431203779476.56521119294-3.286630858615.214960143570.609027932629-0.2056381748870.5108422972960.489618060246-0.2109647741910.411723220491-0.2234080173220.938933344259-0.3403858574620.601293760267-0.0466713249660.1404492865530.440885927445-0.1592155409810.352197459465-7.3569746114933.975531630330.7383766219
78.65908751327-5.61517753649-0.6515741264454.66330086216-2.271278492692.032891649640.815457987119-0.3245220040940.677474784984-0.265674644184-0.744245389101-1.97433930889-0.7049839084711.78598076202-0.4107439620710.9896272956-0.380008772558-0.0611979277850.920798251056-0.06181682132410.7674820872441.2570794363647.130469800422.1968133553
86.72705521051-3.08309833997-0.09949841397126.732221939375.153497276825.160862649910.02419236019461.64548906594-0.752714483110.277798619095-0.2639996415010.6073673198550.7484888059260.07046476791070.0831055090480.899743266961-0.0938742469580.2105183233020.7463446978290.07275488285810.404877346166-8.5950778097143.157190981915.7438075781
94.978159041347.034192356122.797297782452.051662350334.020864480031.560728996710.933383199153-0.242123486577-1.748220424250.785194388981-0.88637178172-1.20489951209-0.25841053225-0.202622802403-0.4071678899840.9648119030060.2020130078140.1090828610611.3123035554-0.09024864060930.3526566687821.3267399574327.725857769142.6068052392
108.12358551783.901674187135.590618977647.489545916977.494496048287.983964176390.8388603763020.3978682088870.3463058711520.353199815998-0.3700629059850.03811670195030.8694770512691.73783037273-0.501458666421.285954249560.009541453001130.08141134247541.01543647583-0.1800436859570.4416669311674.796350054822.404529652125.1271602157
113.20237024518-1.32625659278-1.774162980652.455828274630.4370652893931.413666907290.291899847750.901848779502-0.2597350135-0.5714950903150.714464600074-0.2657751627610.3093627244851.03446853905-0.5676231169261.23518158850.1071176670450.09777516871961.41227231158-0.3001593189080.44706945171-1.4412201219627.87544304323.73559828446
123.576028567433.921550591752.823150500866.304952466184.996674929343.78571700062-0.2703891601730.9839051744760.683978495424-0.008055128792230.3334367529780.2303963024120.8245896262450.581618677815-0.1598613301411.4428388605-0.0008966917372080.05441547374141.38155482123-0.1457472553890.492698115717-1.333260058826.05398628522.46205960861
135.91522946985-2.51854214510.2030776580776.08742388609-2.687669604251.209880307190.326800875289-0.820084254599-0.0709702987873-0.0961792055661-0.154290335545-0.335412624561-0.2341875696290.763228621501-0.03881700610790.9342873426090.02750884452180.03730776612550.949759791243-0.07071171924040.4324242840732.3917632259224.213241723334.2896016485
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 742 through 753 )AA742 - 7531 - 12
22chain 'A' and (resid 754 through 781 )AA754 - 78113 - 40
33chain 'A' and (resid 782 through 797 )AA782 - 79741 - 56
44chain 'A' and (resid 798 through 827 )AA798 - 82757 - 86
55chain 'B' and (resid 742 through 765 )BB742 - 7651 - 24
66chain 'B' and (resid 766 through 792 )BB766 - 79225 - 51
77chain 'B' and (resid 793 through 802 )BB793 - 80252 - 61
88chain 'B' and (resid 803 through 825 )BB803 - 82562 - 84
99chain 'I' and (resid 1 through 5 )IC1 - 5
1010chain 'I' and (resid 6 through 10 )IC6 - 10
1111chain 'I' and (resid 11 through 19 )IC11 - 19
1212chain 'J' and (resid 1 through 10 )JD1 - 10
1313chain 'J' and (resid 11 through 20 )JD11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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