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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9e6n | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Rad51 nucleoprotein filament bound to Hed1 | ||||||
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![]() | RECOMBINATION/DNA / Rad51 / Hed1 / DNA repair / Homologous recombination / Recombinase / RECOMBINATION / RECOMBINATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of DNA recombinase mediator complex assembly / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of mitotic recombination / heteroduplex formation / meiotic joint molecule formation / mitochondrial chromosome / mitotic recombination-dependent replication fork processing / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / synaptonemal complex assembly ...negative regulation of DNA recombinase mediator complex assembly / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of mitotic recombination / heteroduplex formation / meiotic joint molecule formation / mitochondrial chromosome / mitotic recombination-dependent replication fork processing / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / synaptonemal complex assembly / DNA strand invasion / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mitochondrial DNA repair / nuclear chromosome / enzyme inhibitor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / condensed nuclear chromosome / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / mitochondrial matrix / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
![]() | Shin, Y. / Greene, E.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of yeast Rad51 nucleoprotein filament bound to Hed1 著者: Shin, Y. / Greene, E.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 298.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 47573MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34930.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RAD51, YER095W / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3931.598 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 5430.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: yeast Rad51 nucleoprotein filament bound to Hed1peptide タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.21 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 876496 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.8 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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