[日本語] English
万見
- PDB-9e6a: Pseudomonas putida KT2440 IclR-type transcription factor (PP_2609) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e6a
タイトルPseudomonas putida KT2440 IclR-type transcription factor (PP_2609)
要素Transcriptional regulator, IclR family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor / IclR / gene regulation / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoadipate transcriptional regulator, PcaR/PcaU/PobR / helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF-like domain superfamily ...Beta-ketoadipate transcriptional regulator, PcaR/PcaU/PobR / helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / HYDROCINNAMIC ACID / Transcriptional regulator, IclR family
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Kadriu, E.K. / Prezioso, S.M. / Christendat, D.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2015-06747 カナダ
引用ジャーナル: Microbiol Res / 年: 2025
タイトル: The interplay between glucose and aromatic compound regulation by two IclR-type transcription factors, LigR1 and LigR2, in Pseudomonas putida KT2440.
著者: Kadriu, E. / Qin, S. / Prezioso, S.M. / Christendat, D.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, IclR family
B: Transcriptional regulator, IclR family
C: Transcriptional regulator, IclR family
D: Transcriptional regulator, IclR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,84511
ポリマ－116,2634
非ポリマー5837
水9,692538
1
A: Transcriptional regulator, IclR family
C: Transcriptional regulator, IclR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4986
ポリマ－58,1312
非ポリマー3664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator, IclR family
D: Transcriptional regulator, IclR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3475
ポリマ－58,1312
非ポリマー2163
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area22320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.598, 69.440, 95.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, IclR family


分子量: 29065.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: PP_2609 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88JP0
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-HCI / HYDROCINNAMIC ACID / 3PP / 3-PHENYLPROPIONIC ACID


分子量: 150.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8, 0.2M Li2SO4, 0.02M Ammonium Acetate, 8% w/v PEG3350, Arabidopsis thaliana root exudates

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→93.5 Å / Num. obs: 66102 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.03 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.108→2.115 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 680 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 0.554 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→38.09 Å / SU ML: 0.2691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2521 3276 4.96 %
Rwork0.1955 62803 -
obs0.1982 66079 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→38.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7854 0 37 538 8429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00768038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.910610903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05311244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01011409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.95421131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.140.33281230.25312756X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.170.33921440.24612739X-RAY DIFFRACTION99.9
2.17-2.210.30271360.242689X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.250.31471430.22492713X-RAY DIFFRACTION99.93
2.25-2.290.28141600.23082712X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.330.29981670.2152693X-RAY DIFFRACTION99.86
2.33-2.380.28711580.21742701X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.430.31591210.21892747X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.490.28411400.22662719X-RAY DIFFRACTION99.93
2.49-2.550.2911300.22012752X-RAY DIFFRACTION99.86
2.55-2.620.32011460.21952709X-RAY DIFFRACTION99.79
2.62-2.70.26671550.21532739X-RAY DIFFRACTION99.83
2.7-2.780.28131590.20942690X-RAY DIFFRACTION99.89
2.78-2.880.25731480.20882741X-RAY DIFFRACTION99.66
2.88-30.28641380.20732729X-RAY DIFFRACTION99.69
3-3.130.27491490.21182711X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.30.29121270.19932780X-RAY DIFFRACTION99.55
3.3-3.510.22291380.19442711X-RAY DIFFRACTION99.23
3.51-3.780.23391410.19122726X-RAY DIFFRACTION99.38
3.78-4.160.21261450.1642741X-RAY DIFFRACTION98.87
4.16-4.760.20221420.15772742X-RAY DIFFRACTION99.41
4.76-5.990.22171430.18542761X-RAY DIFFRACTION99.05
5.99-38.090.2141230.17262802X-RAY DIFFRACTION97.53

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る