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万見
- PDB-9e3y: Backbone Modification in the Fungal Defensin Plectasin: D- and Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e3y
タイトルBackbone Modification in the Fungal Defensin Plectasin: D- and Calpha-methyl-residues in the turns
要素Fungal defensin plectasin variant NZ2114
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / plectasin derivative / defensin / antibiotic / proteomimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Arthropod defensin / Invertebrate defensins family profile. / Defensin, invertebrate/fungal / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fungal defensin plectasin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Harmon, T.W. / Song, J. / Gulewicz, A.J. / Di, Y.P. / Horne, W.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149220 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Mimicry of the Antimicrobial Defensin Plectasin by Analogues with Engineered Backbone Composition.
著者: Harmon, T.W. / Song, J. / Gulewicz, A.J. / Di, Y.P. / Horne, W.S.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fungal defensin plectasin variant NZ2114


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4731
ポリマ－4,4731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Fungal defensin plectasin variant NZ2114


分子量: 4473.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
参照: UniProt: Q53I06
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H COSY
131isotropic12D DQF-COSY
141isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.48 mM Heterogeneous-backbone analogue of plectasin variant NZ2114: Iva7, Pro23, D-Pro24, D-Pro33, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 0.11 mM DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.48 mMHeterogeneous-backbone analogue of plectasin variant NZ2114: Iva7, Pro23, D-Pro24, D-Pro33natural abundance1
20 mMsodium acetate[U-2H]1
0.11 mMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.8 pH* / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leeデータ解析
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leepeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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