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万見
- PDB-9e3k: Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e3k
タイトルCryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
要素
  • (Pertussis toxin subunit ...) x 4
  • Islet-activating protein S2
  • PERT-199 HC
  • PERT-199 LC
キーワードTOXIN/Immune System / PTx / mAb / Whooping / TOXIN / TOXIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Aerolysin/Pertussis toxin domain ...Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Enterotoxin / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet-activating protein S2 / Pertussis toxin subunit 3 / Pertussis toxin subunit 5 / Pertussis toxin subunit 4 / Pertussis toxin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Binshtein, E. / Crowe, J.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
著者: Binshtein, E. / Crowe, J.E.
履歴
登録2024年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pertussis toxin subunit 1
B: Islet-activating protein S2
C: Pertussis toxin subunit 3
D: Pertussis toxin subunit 4
E: Pertussis toxin subunit 4
F: Pertussis toxin subunit 5
H: PERT-199 HC
K: PERT-199 LC
L: PERT-199 LC
J: PERT-199 HC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,78110
ポリマ－178,78110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Pertussis toxin subunit ... , 4種, 5分子 ACDEF

#1: タンパク質 Pertussis toxin subunit 1


分子量: 30005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxA / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: T1SR96
#3: タンパク質 Pertussis toxin subunit 3 / PTX S3 / Islet-activating protein S3 / IAP S3


分子量: 25012.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxC, BP3787 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04979
#4: タンパク質 Pertussis toxin subunit 4 / PTX S4 / Islet-activating protein S4 / IAP S4


分子量: 16566.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxD, BP3785 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P0A3R5
#5: タンパク質 Pertussis toxin subunit 5 / PTX S5 / Islet-activating protein S5 / IAP S5


分子量: 14513.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxE, BP3786 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04981

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質 Islet-activating protein S2


分子量: 24856.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: ptxB, NCTC10911_00247 / 発現宿主: Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: A0A0E8DFW5

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抗体 , 2種, 4分子 HJKL

#6: 抗体 PERT-199 HC


分子量: 14149.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 PERT-199 LC


分子量: 11479.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16142
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 508875 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00410248
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62713915
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7131465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431534
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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