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- PDB-9e2c: Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X R326H mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e2c
タイトルCrystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X R326H mutant
要素Isoform 2 of ATP-dependent RNA helicase DDX3X
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DEAD-box RNA helicase / liquid-liquid phase separation
機能・相同性
機能・相同性情報


CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of mitochondrial translation / gamete generation ...CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of mitochondrial translation / gamete generation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / NLRP3 inflammasome complex / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / gamma-tubulin binding / P granule / cellular response to osmotic stress / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / transcription factor binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cell leading edge / lipid homeostasis / positive regulation of translational initiation / ribosomal small subunit binding / positive regulation of interferon-alpha production / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / translation initiation factor binding / signaling adaptor activity / stress granule assembly / DNA helicase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of translation / protein serine/threonine kinase activator activity / cytosolic ribosome assembly / chromosome segregation / translational initiation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cell growth / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / cellular response to virus / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / RNA stem-loop binding / Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / lamellipodium / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cell differentiation / RNA helicase activity / negative regulation of translation / intracellular signal transduction / RNA helicase / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / negative regulation of gene expression / innate immune response / mRNA binding / GTPase activity / Neutrophil degranulation / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DDX3X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Prado, P.F.V. / Oliveira, J.F. / Nascimento, A.F.Z.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2022/12010-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)407904/2023-9 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DDX3X is a chloride-sensitive DEAD-box RNA helicase
著者: Rosa e Silva, I. / Prado, P.F.V. / Benevenutti, F.Z. / Oliveira, R.R. / Passos, A.R. / Canateli, C. / Messias, I.G. / Trindade, D.M. / Bortot, L.O. / Sforca, M.L. / Nascimento, A.F.Z. / ...著者: Rosa e Silva, I. / Prado, P.F.V. / Benevenutti, F.Z. / Oliveira, R.R. / Passos, A.R. / Canateli, C. / Messias, I.G. / Trindade, D.M. / Bortot, L.O. / Sforca, M.L. / Nascimento, A.F.Z. / Mercaldi, G.F. / Fonseca, M.C. / de Oliveira, P.S.L. / Carvalho, M. / Smetana, J.H.C. / Krepischi, A.C.V. / Franchini, K.G. / Oliveira, J.F.
履歴
登録2024年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of ATP-dependent RNA helicase DDX3X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1642
ポリマ－56,0721
非ポリマー921
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.347, 99.101, 105.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of ATP-dependent RNA helicase DDX3X / CAP-Rf / DEAD box protein 3 / X-chromosomal / DEAD box / X isoform / DBX / Helicase-like protein 2 / HLP2


分子量: 56072.367 Da / 分子数: 1 / 変異: R326H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX3X, DBX, DDX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O00571, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350, 0.2 M Lithium sulfate, 0.01 M Strontium(II) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.51 Å / Num. obs: 27821 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 55.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.1137 / Net I/σ(I): 15.61
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2700 / CC1/2: 0.665 / Rrim(I) all: 2.273 / % possible all: 99.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSBUILT=20210323データ削減
XDSBUILT=20210323データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→46.51 Å / SU ML: 0.4083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 1392 5.01 %
Rwork0.2123 26417 -
obs0.214 27810 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 0 6 71 3454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49164660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.471470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.4781350.44922542X-RAY DIFFRACTION98.67
2.38-2.480.36071370.34482606X-RAY DIFFRACTION99.96
2.48-2.590.34471370.28462612X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.730.33191380.26932611X-RAY DIFFRACTION99.96
2.73-2.90.3091380.25462623X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.120.29461380.26912627X-RAY DIFFRACTION99.93
3.12-3.430.27341400.22492654X-RAY DIFFRACTION99.96
3.43-3.930.25341390.21262645X-RAY DIFFRACTION99.61
3.93-4.950.18131410.15812679X-RAY DIFFRACTION99.96
4.95-46.510.19971490.17742818X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.04542133331-0.666182336697-0.06597159031213.286873790850.06945274634093.121536822674.84654511794E-50.00539463635929-0.366963842465-0.215554734432-0.002844128093510.3080129691450.492555725393-0.1450297800270.01741761742050.55877242082-0.0223446161248-0.03611899815810.3847017377250.03358116573440.383585883816-33.78135304662.47246847829.22822866998
24.557024713841.90876202053-1.518543980198.224397176940.1191512931486.116971987450.009470485337850.1597025683630.168477352361-0.290202168028-0.1556853054890.191438754267-0.1653376382770.1330534523040.1211482005640.6303916156650.0613843103098-0.07012122292530.451285162788-0.05414524021580.353098212656-8.938142858097.99051091246-17.4176393196
38.949367213480.4501878975412.289487971496.829076027473.672827751076.91664571186-0.169556092402-1.121194888421.883467746090.819836073182-0.07283204813240.0860682188571-1.09623189851-0.2574082230610.2901838584481.020772698520.06468057052270.03134363418410.847611206632-0.1684130407110.931349066159-10.219750706221.3440068595-3.71077085517
43.3794459765-0.658596935094-0.8639340032888.966949789371.040271017255.31624878746-0.298823499134-0.161833262011-0.1500270491270.2643873928280.2567303984580.03661329388570.610125634229-0.1396367316540.07094127908920.5253664423370.01515715986470.001153889530290.4385324140780.01787583000450.245358832951-10.95634554980.0917110979834-12.5378190275
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 134:406)134 - 4061 - 259
22(chain A and resid 407:471)407 - 471260 - 324
33(chain A and resid 472:485)472 - 485325 - 338
44(chain A and resid 486:577)486 - 574339 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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