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Yorodumi- PDB-9e2b: Structure of a solute binding protein from Desulfonauticus sp. bo... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9e2b | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of a solute binding protein from Desulfonauticus sp. bound to L-tryptophan | |||||||||
Components | ABC-type transporter, periplasmic subunit family 3 | |||||||||
Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Solute binding protein / tryptophan / amino acid binding protein | |||||||||
| Function / homology | Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Desulfonauticus sp. 38_4375 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Rahman, M. / Frkic, R.L. / Smith, O.B. / Jackson, C.J. | |||||||||
| Funding support | Australia, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structure of a solute binding protein from Desulfonauticus sp. bound to L-tryptophan Authors: Rahman, M. / Frkic, R.L. / Smith, O.B. / Jackson, C.J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 9e2b.cif.gz | 629.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9e2b.ent.gz | 519.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9e2b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9e2b_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9e2b_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 9e2b_validation.xml.gz | 74.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 9e2b_validation.cif.gz | 98.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/9e2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/9e2b | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 30652.303 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Desulfonauticus sp. 38_4375 (bacteria) / Gene: XD41_0486 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 924 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-TRP / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PG4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 27% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 4.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 3, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→39.14 Å / Num. obs: 153832 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 568516 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.254 / Num. measured all: 28491 / Num. unique obs: 7559 / CC1/2: 0.484 / Rpim(I) all: 0.746 / Rrim(I) all: 1.461 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→39.14 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.24 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→39.14 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Desulfonauticus sp. 38_4375 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 2items
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