PDB-9dzs: Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dzs

タイトル

Acanthamoeba Polyphaga Mimivirus R699

要素

R699

キーワード

VIRAL PROTEIN / R699

機能・相同性

: / PLOD GT domain / procollagen-lysine 5-dioxygenase activity / : / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein R699

機能・相同性情報

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Richards, S.J. / Buhlheller, C. / Kim, J.S. / Chen, T. / Wu, J. / Guo, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of collagen glucosyltransferase function and its serendipitous role in kojibiose synthesis.
著者: Kim, J.S. / Chen, Z. / Espinosa Garcia, S.A. / Buhlheller, C. / Zhang, B. / Richards, S.J. / Chen, T. / Wu, J. / Bruntz, R.C. / Gilliam, M.E. / Yamauchi, M. / Liang, B. / Guo, H.

履歴

登録	2024年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年12月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dzs.cif.gz	118.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dzs.ent.gz	84.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/9dzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/9dzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dytC 9e92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: R699

ヘテロ分子

54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.041, 71.481, 72.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 123.178, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	R699 分子量: 53317.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_R699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UNV6
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein/cofactor mix: 12mg/ml R699, 10mM MnCl2, 10mM UDP glucose, 50% glycerol. Mother liquor: 0.18 M Ammonium chloride, 18% (w/v) PEG 3350, 4% v/v 1-Propanol. The ratio of mix and mother liquor was at 1:1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→60.79 Å / Num. obs: 349711 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 18358 / CC_1/2: 0.921 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS	3.8.0	データ収集
xia2	3.8.0	データ削減
Aimless	0.7.8	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→57.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.539 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	2462	4.86 %
R_work	0.1706	48194	-
all	0.172	-	-
obs	-	50656	99.166 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.44 Å²	0 Å²	-1.188 Å²
2-	-	-0.387 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.808 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→57.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3605	0	38	291	3934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.826	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.877	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.079	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.17	10	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.805	10	190
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.892	1.815	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.979	3.254	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.883	2.079	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.593	3.677	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.216	23.111	5837

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.255	233	0.241	3475	0.242	3760	0.934	0.933	98.617	0.223
1.795-1.845	0.231	179	0.216	3452	0.216	3638	0.948	0.951	99.8076	0.198
1.845-1.898	0.204	180	0.195	3392	0.195	3581	0.96	0.964	99.7487	0.181
1.898-1.956	0.228	146	0.184	3321	0.186	3474	0.961	0.971	99.7985	0.168
1.956-2.02	0.209	158	0.174	3183	0.175	3354	0.971	0.975	99.6124	0.162
2.02-2.091	0.221	177	0.173	3043	0.176	3255	0.968	0.978	98.9247	0.164
2.091-2.17	0.189	140	0.177	2928	0.177	3118	0.971	0.979	98.3964	0.168
2.17-2.258	0.212	139	0.173	2792	0.175	3016	0.97	0.981	97.1817	0.165
2.258-2.359	0.217	129	0.171	2766	0.173	2898	0.967	0.981	99.8965	0.166
2.359-2.474	0.207	86	0.173	2675	0.174	2763	0.971	0.98	99.9276	0.169
2.474-2.607	0.228	99	0.161	2530	0.163	2636	0.973	0.983	99.7344	0.16
2.607-2.765	0.198	104	0.159	2395	0.161	2507	0.973	0.985	99.6809	0.159
2.765-2.955	0.161	81	0.16	2243	0.16	2329	0.98	0.984	99.7853	0.166
2.955-3.192	0.202	152	0.156	1986	0.159	2206	0.973	0.985	96.9175	0.166
3.192-3.495	0.196	132	0.152	1876	0.155	2009	0.975	0.986	99.9502	0.165
3.495-3.906	0.178	76	0.15	1747	0.151	1824	0.98	0.987	99.9452	0.166
3.906-4.507	0.162	105	0.151	1507	0.152	1623	0.985	0.987	99.3222	0.172
4.507-5.511	0.15	68	0.162	1290	0.161	1369	0.988	0.986	99.1965	0.189
5.511-7.759	0.218	54	0.234	997	0.233	1079	0.982	0.978	97.405	0.275
7.759-57.98	0.191	24	0.199	596	0.199	625	0.984	0.98	99.2	0.236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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