PDB-9dzo: Structure of ALAS bound to succinyl-CoA from S. cerevisiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dzo

タイトル

Structure of ALAS bound to succinyl-CoA from S. cerevisiae

要素

(5-aminolevulinate synthase, ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / heme biosynthesis / 5-aminolevulinic acid / pyridoxal 5-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of organelle assembly / Heme biosynthesis / 5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.691 Å

データ登録者

Tran, J.U. / Brown, B.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ALAS bound to succinyl-CoA from S. cerevisiae
著者: Tran, J.U. / Brown, B.L.

履歴

登録	2024年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dzo.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dzo.ent.gz	933.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9dzo_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dzo_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9dzo_validation.xml.gz	123.5 KB	表示
CIF形式データ	9dzo_validation.cif.gz	157 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/9dzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/9dzo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

D: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

A: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

E: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

B: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

F: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

330 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

D: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 2 ポリマー
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2

A: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

B: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

F: 5-aminolevulinate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.595, 114.241, 119.307
Angle α, β, γ (deg.)	116.403, 97.507, 91.839
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	C	A	69 - 548	12 - 491
2	1	1	GLN	GLN	D	B	69 - 548	12 - 491
3	2	2	ILE	ILE	C	A	69 - 546	12 - 489
4	2	2	ILE	ILE	A	C	69 - 546	12 - 489
5	3	3	GLN	GLN	C	A	69 - 548	12 - 491
6	3	3	GLN	GLN	E	D	69 - 548	12 - 491
7	4	4	GLN	GLN	C	A	69 - 548	12 - 491
8	4	4	GLN	GLN	B	E	69 - 548	12 - 491
9	5	5	ILE	ILE	C	A	69 - 546	12 - 489
10	5	5	ILE	ILE	F	F	69 - 546	12 - 489
11	6	6	GLY	GLY	D	B	69 - 545	12 - 488
12	6	6	GLY	GLY	A	C	69 - 545	12 - 488
13	7	7	GLN	GLN	D	B	69 - 548	12 - 491
14	7	7	GLN	GLN	E	D	69 - 548	12 - 491
15	8	8	GLN	GLN	D	B	69 - 548	12 - 491
16	8	8	GLN	GLN	B	E	69 - 548	12 - 491
17	9	9	GLY	GLY	D	B	69 - 545	12 - 488
18	9	9	GLY	GLY	F	F	69 - 545	12 - 488
19	10	10	GLY	GLY	A	C	69 - 545	12 - 488
20	10	10	GLY	GLY	E	D	69 - 545	12 - 488
21	11	11	GLY	GLY	A	C	69 - 545	12 - 488
22	11	11	GLY	GLY	B	E	69 - 545	12 - 488
23	12	12	GLY	GLY	A	C	69 - 545	12 - 488
24	12	12	GLY	GLY	F	F	69 - 545	12 - 488
25	13	13	GLN	GLN	E	D	69 - 548	12 - 491
26	13	13	GLN	GLN	B	E	69 - 548	12 - 491
27	14	14	GLY	GLY	E	D	69 - 545	12 - 488
28	14	14	GLY	GLY	F	F	69 - 545	12 - 488
29	15	15	GLY	GLY	B	E	69 - 545	12 - 488
30	15	15	GLY	GLY	F	F	69 - 545	12 - 488

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

-
5-aminolevulinate synthase, ... , 2種, 6分子 CDAEBF

#1: タンパク質	5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase 分子量: 53970.113 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase
#2: タンパク質	5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase 分子量: 54198.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase

#1: タンパク質

5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase

分子量: 53970.113 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase

#2: タンパク質

5-aminolevulinate synthase, mitochondrial / 5-aminolevulinic acid synthase / Delta-ALA synthase / Delta-aminolevulinate synthase

分子量: 54198.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HEM1, CYD1, YDR232W, YD9934.16 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09950, 5-aminolevulinate synthase

-
非ポリマー , 4種, 640分子

#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SCA / SUCCINYL-COENZYME A 分子量: 867.607 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₉P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 22.5% v/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→48.77 Å / Num. obs: 77425 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_rim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.69→2.84 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 12443 / CC_1/2: 0.507 / R_rim(I) all: 1.151 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0431 (refmacat 0.4.105)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.691→48.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 29.754 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2267	3847	4.969 %	RANDOM
R_work	0.1801	73578	-	-
all	0.182	-	-	-
obs	-	77425	98.673 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.965 Å²	-0.043 Å²	-0.133 Å²
2-	-	0.669 Å²	-0.007 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.691→48.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22230	0	356	629	23215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	23060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	21754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.812	31285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.489	1.763	50173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.896	5	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.339	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.301	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.281	10	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.87	10	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	3513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	26868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	20291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	11366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	11978
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.065	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.761	2.693	11452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.76	2.693	11452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.82	4.84	14301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.82	4.84	14302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.897	3.092	11608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.881	3.091	11607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.512	5.603	16984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.512	5.604	16985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.994	27.108	25710
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.98	27.109	25669
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.072	0.05	15102
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.066	0.05	15154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.069	0.05	15105
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.069	0.05	15163
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.064	0.05	15139
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.068	0.05	15458
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.064	0.05	15565
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.064	0.05	15630
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.064	0.05	15460
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.067	0.05	15470
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.059	0.05	15524
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.062	0.05	15500
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.062	0.05	15554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.062	0.05	15402
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.059	0.05	15488

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07246	0.05009
1	2	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07246	0.05009
2	3	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06556	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06556	0.05009
3	5	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06876	0.05009
3	6	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06876	0.05009
4	7	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06878	0.05009
4	8	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06878	0.05009
5	9	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06394	0.0501
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06394	0.0501
6	11	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06759	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06759	0.05009
7	13	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06388	0.0501
7	14	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06388	0.0501
8	15	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06366	0.0501
8	16	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06366	0.0501
9	17	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06403	0.0501
9	18	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06403	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06701	0.05009
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06701	0.05009
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05906	0.05009
11	22	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05906	0.05009
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06191	0.0501
12	24	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06191	0.0501
13	25	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06195	0.0501
13	26	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06195	0.0501
14	27	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06197	0.05009
14	28	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06197	0.05009
15	29	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05879	0.05009
15	30	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05879	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.691-2.76	0.351	246	0.31	5430	0.311	5811	0.931	0.941	97.6768	0.31
2.76-2.836	0.321	263	0.288	5243	0.29	5598	0.934	0.949	98.3566	0.286
2.836-2.917	0.295	270	0.274	5181	0.275	5528	0.947	0.954	98.6071	0.272
2.917-3.007	0.281	259	0.248	4998	0.25	5335	0.951	0.962	98.538	0.241
3.007-3.105	0.292	223	0.235	4830	0.237	5135	0.952	0.965	98.4031	0.225
3.105-3.214	0.276	224	0.221	4739	0.224	5031	0.952	0.97	98.6484	0.213
3.214-3.334	0.23	226	0.196	4521	0.197	4811	0.966	0.976	98.6697	0.185
3.334-3.47	0.247	250	0.197	4316	0.2	4623	0.961	0.977	98.767	0.186
3.47-3.623	0.222	204	0.177	4217	0.179	4473	0.969	0.983	98.8375	0.169
3.623-3.799	0.237	200	0.172	4022	0.175	4267	0.964	0.984	98.9454	0.163
3.799-4.003	0.21	239	0.157	3763	0.16	4049	0.975	0.988	98.8392	0.15
4.003-4.244	0.188	213	0.142	3585	0.144	3831	0.98	0.99	99.1386	0.136
4.244-4.535	0.163	168	0.119	3391	0.121	3596	0.984	0.992	98.9711	0.115
4.535-4.895	0.159	143	0.107	3151	0.109	3338	0.985	0.993	98.6818	0.104
4.895-5.357	0.19	155	0.142	2895	0.144	3080	0.98	0.99	99.026	0.14
5.357-5.98	0.232	166	0.175	2625	0.178	2818	0.972	0.986	99.0419	0.171
5.98-6.888	0.221	161	0.163	2276	0.167	2463	0.975	0.987	98.9444	0.161
6.888-8.394	0.188	103	0.148	1974	0.15	2089	0.98	0.987	99.4256	0.151
8.394-11.699	0.18	63	0.142	1566	0.143	1638	0.978	0.988	99.4505	0.151
11.699-48.769	0.248	71	0.235	855	0.236	937	0.972	0.968	98.826	0.251

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9121	0.2854	0.5548	2.7711	0.5941	2.0944	0.1392	0.0306	-0.1118	0.1018	-0.0603	-0.331	-0.1138	0.3274	-0.0788	0.1893	-0.0043	0.0781	0.0741	0.04	0.1348	-15.9997	90.4837	9.8868
2	0.8232	0.3773	-0.1087	1.6044	-0.4089	2.2263	-0.0582	-0.066	0.0033	0.3297	0.0234	0.1767	-0.0296	-0.1288	0.0348	0.1696	0.0211	0.0932	0.0193	-0.0125	0.1307	-32.6172	81.9878	26.0094
3	3.7749	-0.3699	0.0347	1.0486	-0.1918	1.0357	-0.045	-0.2698	-0.0354	0.1318	0.035	-0.1934	0.1146	0.1664	0.01	0.2241	0.0529	0.0461	0.0524	-0.0009	0.1431	-12.2609	67.9848	15.8424
4	1.9632	-2.5351	-1.3833	5.7051	-0.3059	3.3573	0.2291	0.0614	-0.1431	-0.1366	-0.3267	0.5702	-0.4302	-0.3809	0.0976	0.4	0.0186	0.0608	0.698	-0.1381	0.6942	-47.4204	87.3085	14.3742
5	4.8575	-4.4036	3.746	8.8063	-4.6613	4.7756	-0.2353	0.2274	0.5158	0.5966	0.2828	0.4549	-0.9667	-0.3199	-0.0474	0.4573	0.0786	0.1495	0.4107	0.0014	0.4089	-44.4829	97.8461	35.4081
6	0.9442	0.2209	0.3363	1.3576	0.2123	1.745	-0.0291	-0.0963	0.1397	0.218	-0.0337	0.0007	-0.1234	-0.0397	0.0629	0.2246	0.0181	0.009	0.0168	0.0148	0.1604	-23.152	106.7337	16.5481
7	0.9067	0.269	0.6405	2.5664	-0.1844	2.3245	-0.0441	-0.0596	0.2573	0.1796	-0.149	-0.1364	-0.3325	0.2375	0.1931	0.2265	-0.0406	-0.0182	0.0575	0.0206	0.1821	-14.4908	112.3579	13.8685
8	3.228	-0.4079	-0.7683	1.3099	0.7295	1.5606	-0.086	-0.3253	0.298	0.3223	-0.0929	0.3145	-0.2866	-0.2904	0.179	0.3985	0.0895	-0.0018	0.1598	-0.0193	0.3548	-40.8202	121.5274	12.6047
9	2.4793	-1.1722	0.8354	4.7856	-1.0287	1.9155	-0.0997	-0.0457	0.0611	-0.0604	-0.0618	-0.0069	-0.1567	0.1981	0.1614	0.2142	-0.1379	0.0077	0.1763	0.0512	0.1981	-14.8841	116.2202	3.7065
10	2.4416	3.3011	-2.1785	13.8318	-6.8847	5.7195	-0.1159	0.2385	0.1485	-0.8109	-0.0911	-0.3471	0.246	0.3485	0.207	0.323	0.0576	0.041	0.361	-0.0336	0.3547	19.0275	36.9014	-22.5292
11	0.5055	-0.0713	0.0345	1.3248	0.376	1.695	-0.0486	0.0325	-0.0581	-0.0363	-0.0192	0.0587	0.1852	-0.0165	0.0678	0.1691	0.0282	0.1018	0.0475	0.0179	0.0705	-11.0191	48.4274	-33.4085
12	3.5035	-0.5029	-0.5823	1.8897	0.6682	0.9904	-0.0577	0.0269	-0.1918	-0.1071	0.0558	-0.1287	0.1525	0.0643	0.002	0.1799	-0.0121	0.0533	0.0763	0.0374	0.0825	8.5561	61.403	-42.4119
13	2.7611	1.2046	-0.0062	7.6784	-1.4217	0.5449	0.3504	-0.2797	-0.1285	0.5613	-0.2116	0.293	-0.2135	-0.1554	-0.1388	0.2021	0.0314	-0.0549	0.2888	0.0443	0.1692	-18.6366	58.3389	-39.6646
14	2.3784	0.0492	-2.3789	0.7762	0.3325	8.3661	-0.2333	-0.3787	-0.2134	0.4214	-0.1159	0.2561	0.7994	-0.7249	0.3492	0.4738	-0.0545	0.0415	0.3475	-0.0256	0.3784	-26.1394	31.4952	-26.3634
15	0.9279	-0.062	0.0146	1.253	-0.0296	1.0553	-0.0331	-0.0826	-0.0758	-0.0295	-0.0096	-0.1173	0.2215	0.1561	0.0427	0.1907	0.082	0.0963	0.0916	0.028	0.0769	0.1197	41.4252	-7.9805
16	4.5791	0.0593	0.5157	1.5083	-0.9907	1.1435	0.1804	0.0219	-0.4777	-0.1886	-0.0898	0.2061	0.3331	-0.0129	-0.0906	0.2701	0.049	0.0683	0.1836	0.0136	0.1646	-23.261	36.6723	3.7247
17	2.3614	0.6729	-1.1185	2.2701	-1.1375	4.6817	-0.0014	-0.1359	-0.0768	0.0607	-0.0822	-0.1288	-0.0693	0.3559	0.0837	0.1667	0.1196	-0.0109	0.169	0.0142	0.196	4.2637	46.5127	4.0239
18	1.8714	-0.236	0.6667	0.3052	-0.4113	0.6673	-0.0476	0.6399	-0.4843	-0.2163	0.2392	0.1949	0.0602	-0.1606	-0.1916	1.096	0.1204	-0.285	0.6587	-0.0414	0.6875	-19.789	63.0709	49.7733
19	1.0463	0.3528	-0.3297	1.5911	-0.098	1.7137	-0.1199	0.1024	0.0411	-0.3355	0.0914	-0.0045	-0.1329	0.0728	0.0285	0.2237	-0.0416	0.0259	0.0728	0.0236	0.1259	5.5857	40.9118	50.0993
20	2.8377	0.0586	-0.2149	1.4847	0.1326	1.0136	-0.1735	0.6079	0.1473	-0.4711	0.0449	0.2644	-0.1056	-0.2384	0.1285	0.4375	-0.0762	-0.0336	0.2058	0.0556	0.1856	-10.4585	32.2375	41.5946
21	1.03	0.8352	-0.6125	1.4844	0.2728	3.47	-0.03	-0.1525	0.124	-0.1455	-0.0241	-0.136	-0.216	0.3468	0.0541	0.2153	0.0338	0.0217	0.0629	-0.0091	0.1835	8.2078	46.1054	69.195
22	0.826	-0.0882	-0.1276	2.0927	0.2702	1.9297	-0.1304	0.0464	0.3303	-0.3197	-0.0604	0.2575	-0.488	-0.2668	0.1908	0.3456	0.0983	-0.1022	0.1039	-0.0136	0.2606	-7.685	65.3517	66.598
23	3.5975	0.6279	0.6324	1.9771	-0.1711	1.2559	-0.0797	0.3017	0.2196	-0.0807	0.0137	-0.0658	-0.2395	0.1776	0.0661	0.2491	0.0351	-0.0054	0.104	-0.0251	0.136	13.4987	61.0964	84.8117
24	2.8101	-0.3395	0.4383	1.4466	-0.8919	4.4574	0.0795	0.2241	0.1437	-0.2428	-0.086	0.2521	0.1542	-0.4907	0.0065	0.2667	0.1747	0.0405	0.2759	-0.0516	0.3448	-13.0904	60.1714	81.853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	68 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	156 - 396
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	397 - 532
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	533 - 546
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	69 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B	92 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	B	256 - 380
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	B	381 - 508
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	B	509 - 548
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	C	69 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	C	92 - 381
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	C	382 - 506
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	C	513 - 548
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	D	69 - 93
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	D	94 - 389
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	D	390 - 506
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	D	507 - 548
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	E	69 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	E	94 - 390
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	E	391 - 548
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	F	69 - 156
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	F	157 - 381
23	X-RAY DIFFRACTION	23	ALL	F	382 - 508
24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	F	509 - 546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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