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万見
- PDB-9dz8: Catalytic domain of Dihydrolipoamide Succinytransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dz8
タイトルCatalytic domain of Dihydrolipoamide Succinytransferase
要素Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
キーワードTRANSFERASE / E2 / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / catalytic domain / tricarboxylic acid cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dihydrolipoamide succinyltransferase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) ...: / Dihydrolipoamide succinyltransferase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Carr, K.D. / Borst, A.J. / Weidle, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: Protein identification using Cryo-EM and artificial intelligence guides improved sample purification.
著者: Kenneth D Carr / Dane Evan D Zambrano / Connor Weidle / Alex Goodson / Helen E Eisenach / Harley Pyles / Alexis Courbet / Neil P King / Andrew J Borst /
要旨: Protein purification is essential in protein biochemistry, structural biology, and protein design, enabling the determination of protein structures, the study of biological mechanisms, and the ...Protein purification is essential in protein biochemistry, structural biology, and protein design, enabling the determination of protein structures, the study of biological mechanisms, and the characterization of both natural and de novo designed proteins. However, standard purification strategies often encounter challenges, such as unintended co-purification of contaminants alongside the target protein. This issue is particularly problematic for self-assembling protein nanomaterials, where unexpected geometries may reflect novel assembly states, cross-contamination, or native proteins originating from the expression host. Here, we used an automated structure-to-sequence pipeline to first identify an unknown co-purifying protein found in several purified designed protein samples. By integrating cryo-electron microscopy (Cryo-EM), ModelAngelo's sequence-agnostic model-building, and Protein BLAST, we identified the contaminant as dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST). This identification was validated through comparisons with DLST structures in the Protein Data Bank, AlphaFold 3 predictions based on the DLST sequence from our E. coli expression vector, and traditional biochemical methods. The identification informed subsequent modifications to our purification protocol, which successfully excluded DLST from future preparations. To explore the potential broader utility of this approach, we benchmarked four computational methods for DLST identification across varying resolution ranges. This study demonstrates the successful application of a structure-to-sequence protein identification workflow, integrating Cryo-EM, ModelAngelo, Protein BLAST, and AlphaFold 3 predictions, to identify and ultimately help guide the removal of DLST from sample purification efforts. It highlights the potential of combining Cryo-EM with AI-driven tools for accurate protein identification and addressing purification challenges across diverse contexts in protein science.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
B: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
C: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
D: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
E: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
F: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
G: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
H: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
I: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
J: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
K: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
L: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
M: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
N: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
O: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
P: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
Q: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
R: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
S: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
T: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
U: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
V: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
W: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
X: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)626,57824
ポリマ－626,57824
非ポリマー00
水37,6152088
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E2


分子量: 26107.420 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140NDX4, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dihydrolipoamide Succinyltransferase / タイプ: COMPLEX
詳細: This protein was observed as contaminant in a sample of a two component nanoparticle assembly.
Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.056 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample was heterogeneous and contamined both DLST and the designed nanoparticle assembly.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K
詳細: Wait time: 7.5 seconds Blot time: 0.5 seconds Blot force: 0 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4264
詳細: 6211 movies were collected, the best 4264 were used for particle picking and further processing.
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.1分類
12cryoSPARC4.4.1３次元再構成
13ISOLDEモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
15Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19033 / クラス平均像の数: 76 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 69.9 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: The final model was built to density using the UniProt sequence in ModelAngelo. Further refinement of the model to the density was performed using ISOLDE in ChimeraX, Coot, Phenix. Waters ...詳細: The final model was built to density using the UniProt sequence in ModelAngelo. Further refinement of the model to the density was performed using ISOLDE in ChimeraX, Coot, Phenix. Waters were built to one chain and then that chain and water network were rebuilt in ChimeraX using symmetry.
原子モデル構築詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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