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万見
- PDB-9dxv: Crystal structure of cobalt-incorporated human 2-aminoethanethiol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dxv
タイトルCrystal structure of cobalt-incorporated human 2-aminoethanethiol (aka cysteamine) dioxygenase (ADO) variant C18S/C239S in complex with CP6-L8K-Ser
要素
  • 2-aminoethanethiol dioxygenase
  • CP6-L8K-Ser
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxygen-sensor / thiol dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteamine dioxygenase / cysteamine dioxygenase activity / Degradation of cysteine and homocysteine / cellular response to hypoxia / iron ion binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine oxygenase/2-aminoethanethiol dioxygenase / PCO_ADO / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / 2-aminoethanethiol dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jiramongkol, Y. / Patel, K. / White, M.D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008546 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: An mRNA-display derived cyclic peptide scaffold reveals the substrate binding interactions of an N-terminal cysteine oxidase.
著者: Jiramongkol, Y. / Patel, K. / Johansen-Leete, J. / Maxwell, J.W.C. / Chang, Y. / Du, J.J. / Passioura, T. / Cook, K.M. / Payne, R.J. / White, M.D.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminoethanethiol dioxygenase
B: CP6-L8K-Ser
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,77216
ポリマ－31,7092
非ポリマー1,06314
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.939, 71.588, 108.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-aminoethanethiol dioxygenase / Cysteamine dioxygenase


分子量: 29841.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADO, C10orf22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SZ5, cysteamine dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド CP6-L8K-Ser


分子量: 1867.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 235分子

#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium nitrate, 20% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.24 Å / Num. obs: 37903 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 25.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / Num. unique obs: 1616 / CC1/2: 0.666

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→43.24 Å / SU ML: 0.1537 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 1896 5.02 %
Rwork0.1706 35905 -
obs0.1716 37801 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1939 0 62 221 2222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04022918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0638312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0612316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.28371270.24912287X-RAY DIFFRACTION89.11
1.64-1.680.21141320.20492510X-RAY DIFFRACTION99.89
1.68-1.730.20421380.19532557X-RAY DIFFRACTION99.96
1.73-1.790.24771470.20652536X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.850.2421260.20132532X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.920.21141230.17492560X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.010.17411360.16182591X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.120.18281490.16282556X-RAY DIFFRACTION99.96
2.12-2.250.19151250.17972584X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.420.22491230.1782567X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.670.23441530.18742577X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.050.19771350.18032610X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.850.17851270.15792656X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-43.240.16671550.15672782X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3861759861360.07743014045930.1820779470060.2805660333770.04326593750910.2114620520480.0784494274401-0.4975063983560.2348065544760.129396568199-0.0184184602206-0.261533971818-0.2574006602310.5013483622930.002023030490230.260661998813-0.0625740643764-0.01237062337410.330867333416-0.0495065956720.32428349521-1.97919254634-9.8319911238329.5543383533
21.45784244591-0.238346688218-0.0465864953420.8588354351080.04468370912671.351510545990.02140971241960.0222880589175-0.09063970356960.0162555710841-0.000246429687930.00710596827315-0.0834424035693-0.0333885541044-3.69391522152E-50.182441185384-0.006869961502250.006155716417960.160543762698-0.002517874497510.199745913388-16.2723034852-19.868668150420.7869530456
30.184470074291-0.2172264126320.05693810973320.221242799682-0.005145465643260.3187525164720.100298409679-0.192682586982-0.0426037989914-0.1711778035180.02019215838810.0256690293340.0920190536940.3254083015421.21233315913E-50.360319792454-0.0192812004766-0.01865577157430.4018748594670.005956153266440.215873558489-14.1840365762-19.2716721579-10.7940413598
41.211802475990.091390819172-0.09139662013980.5653883239170.04164889138372.219614046430.01465344082740.217963293432-0.0387033497893-0.06846541151490.00267157407386-0.00692399751086-0.118094126624-0.02290409503481.46962178283E-50.1980989878570.008113361252430.01305713053990.193490235914-0.009839580467350.208774534259-12.8913121306-17.664731720612.5499309473
50.0958587486615-0.0111238981738-0.05881632629460.05345835332360.009043434586180.026425003018-0.0713051950.05813724760920.0928946331163-0.1002273739970.05498647482960.313224915034-0.200802858919-0.21462445912-0.000210842227810.3613417395150.0421198914673-0.003496278167510.348968573998-0.007776933114320.382031645835-23.7863394269-10.202081010714.8494247999
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 60 )AA5 - 601 - 35
22chain 'A' and (resid 61 through 135 )AA61 - 13536 - 110
33chain 'A' and (resid 136 through 165 )AA136 - 165111 - 134
44chain 'A' and (resid 166 through 270 )AA166 - 270135 - 229
55chain 'B' and (resid 2 through 15 )BC - F2 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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