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- PDB-9dxl: RhoBAST RNA aptamer in complex with the SpyRho555 analogue, MaP555 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dxl
タイトルRhoBAST RNA aptamer in complex with the SpyRho555 analogue, MaP555
要素RhoBAST aptamer
キーワードRNA / aptamer / fluorophore / dye / MaP555
機能・相同性: / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Siwik, S.H. / Batey, R.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2404117 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM152029 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for ring-opening fluorescence by the RhoBAST RNA aptamer.
著者: Siwik, S.H. / Wierzba, A.J. / Lennon, S.R. / Olenginski, L.T. / Palmer, A.E. / Batey, R.T.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RhoBAST aptamer
B: RhoBAST aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,94612
ポリマ－31,1732
非ポリマー1,77410
水61334
1
A: RhoBAST aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9488
ポリマ－15,5861
非ポリマー1,3627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RhoBAST aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9984
ポリマ－15,5861
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.529, 54.818, 83.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.263, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: RNA鎖 RhoBAST aptamer


分子量: 15586.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: T7 RNA polymerase transcript of an in vitro selected aptamer
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-A1BC9 / 3-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)xanthen-9-yl]-4-(dimethylsulfamoylcarbamoyl)benzoic acid


分子量: 537.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: elongated prisms
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40 mM MES, 10 mM barium chloride, 80 mM potassium chloride, 25% MPD, 12 mM spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月7日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 8812 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.7 % / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.541 / Net I/av σ(I): 11.56 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 839 / CC1/2: 0.815 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.127 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.27 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 21.83 / 位相誤差: 40.8904
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2706 848 10.21 %Random
Rwork0.2539 7455 --
obs0.2629 8303 98.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2072 47 34 2153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00152363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49543682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0336480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.80341150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.970.36921320.34851225X-RAY DIFFRACTION87.5
2.97-3.20.31921430.33721251X-RAY DIFFRACTION87.97
3.2-3.520.31221390.29391216X-RAY DIFFRACTION88.37
3.52-4.030.2891390.27491236X-RAY DIFFRACTION88.98
4.03-5.060.23191390.23831282X-RAY DIFFRACTION89.53
5.06-19.270.24211430.19911258X-RAY DIFFRACTION86.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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