PDB-9dxa: LRRC8A:D Conformation 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dxa

タイトル

LRRC8A:D Conformation 2

要素

Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ION CHANNEL / VOLUME-REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / taurine transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / protein hexamerization / cell volume homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Lurie, A. / Brohawn, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of a LRRC8A:D volume-regulated anion channel.
著者: Lurie, A. / Brohawn, S.G.

履歴

登録	2024年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年11月27日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年11月27日	Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年11月27日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年11月27日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年11月27日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年11月27日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年6月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dxa.cif.gz	469.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dxa.ent.gz	346.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/9dxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/9dxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	47283MC 47282C 9dx7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (3) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (3) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (3)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (3)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
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#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
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#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562

B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562

C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562

D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562

E: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D

F: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D

ヘテロ分子

634 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A,Soluble cytochrome b562 / Leucine-rich repeat-containing protein 8A / Protein ebouriffe / ebo / Cytochrome b-562 分子量: 105530.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LRRC8A(BRIL),LRRC8A(BRIL),LRRC8A(BRIL) / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8, cybC, Z5846, ECs5213 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q80WG5, UniProt: P0ABE8
#2: タンパク質	Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D / Leucine-rich repeat-containing protein 5 / Leucine-rich repeat-containing protein 8D 分子量: 99317.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8d, Lrrc5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8BGR2
#3: 化合物	ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE 分子量: 744.034 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈NO₈P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: LRRC8A:D channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.620 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 18000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 6000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46893 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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