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- PDB-9dx6: Crystal structure of Plasmodium vivax (Palo Alto) PvAMA1 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dx6
タイトルCrystal structure of Plasmodium vivax (Palo Alto) PvAMA1 in complex with human Fab 826827
要素
  • 826827 Fab Heavy chain
  • 826827 Fab Light chain
  • Apical merozoite protein 1
キーワードCELL INVASION / inhibitory antibody / complex / Plasmodium vivax
機能・相同性Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / membrane / Apical merozoite protein 1
機能・相同性情報
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Jung, N.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI143694 米国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)BX001350 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Potent AMA1-specific human monoclonal antibody against Plasmodium vivax Pre-erythrocytic and Blood Stages.
著者: Winnicki, A.C. / Dietrich, M.H. / Yeoh, L.M. / Carias, L.L. / Roobsoong, W. / Drago, C.L. / Malachin, A.N. / Redinger, K.R. / Feufack-Donfack, L.B. / Baldor, L. / Jung, N.C. / McLaine, O.S. / ...著者: Winnicki, A.C. / Dietrich, M.H. / Yeoh, L.M. / Carias, L.L. / Roobsoong, W. / Drago, C.L. / Malachin, A.N. / Redinger, K.R. / Feufack-Donfack, L.B. / Baldor, L. / Jung, N.C. / McLaine, O.S. / Skomorovska-Prokvolit, Y. / Orban, A. / Opi, D.H. / Kirtley, P. / Nielson, K. / Aleshnick, M. / Zanghi, G. / Rezakhani, N. / Vaughan, A.M. / Wilder, B.K. / Sattabongkot, J. / Tham, W.H. / Popovici, J. / Beeson, J.G. / Bosch, J. / King, C.L.
履歴
登録2024年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical merozoite protein 1
B: 826827 Fab Heavy chain
C: 826827 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8993
ポリマ－102,8993
非ポリマー00
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.237, 54.461, 104.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Apical merozoite protein 1


分子量: 54376.090 Da / 分子数: 1 / 変異: S178N, N226D, N441Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: ama1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B9TXF7
#2: 抗体 826827 Fab Heavy chain


分子量: 24953.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 826827 Fab Light chain


分子量: 23569.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% PEG Smear Broad, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.3 M Glycyl-glycyl-glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953724563122 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953724563122 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.76 Å / Num. obs: 41378 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.4-2.541.08666140.6421.1761
2.54-2.720.74362290.7920.81
2.72-2.930.49357850.90.5311
2.93-3.210.30653770.9540.3311
3.21-3.590.1748810.9850.1841
3.59-4.140.10742840.9940.1151
4.14-5.060.07436520.9970.0791
5.06-7.120.07928770.9960.0861

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.76 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2060 5 %
Rwork0.1915 --
obs0.1936 41218 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 0 0 259 6654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6688894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.854901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.3551360.29732579X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.520.31171370.27682589X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.590.30431360.25252598X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.660.28711350.23552564X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.750.3211370.2272609X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.850.28571360.22512592X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.960.24081370.20672597X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.090.25871360.19462594X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.260.23591370.18762607X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.460.2221370.17892601X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.730.21471370.17532600X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.10.19791380.16452612X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.70.19351390.15972641X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.920.22161390.18272644X-RAY DIFFRACTION100
5.92-47.760.23341430.1952731X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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