PDB-9dws: X-ray crystal structure of Francisella hispaniensis apo ribonucle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dws

タイトル

X-ray crystal structure of Francisella hispaniensis apo ribonucleotide reductase beta subunit

要素

ribonucleoside-diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / diiron / tyrosyl radical / ferritin / four-helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / cell redox homeostasis
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella hispaniensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Peduzzi, O.M. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: A Structurally Divergent Class Ia Ribonucleotide Reductase from a Tick-Borne Pathogen.
著者: Peduzzi, O.M. / Palowitch, G.M. / Gajewski, J.P. / Hu, K. / Wheeler, A. / Laremore, T.N. / Silletti, S. / Komives, E.A. / Allen, B.D. / Silakov, A. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M. / Lin, C.Y. / Boal, A.K.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dws.cif.gz	256.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dws.ent.gz	207.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dws_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dws_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	9dws_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	9dws_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/9dws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/9dws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ribonucleoside-diphosphate reductase

B: ribonucleoside-diphosphate reductase

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.670, 98.030, 100.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ribonucleoside-diphosphate reductase 分子量: 38011.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella hispaniensis (バクテリア) 遺伝子: FN3523_1088 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: F4BFZ7, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8.5% (w/v) PEG 4000, 0.8 M lithium chloride, and 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→44.05 Å / Num. obs: 36537 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.43 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1496 / R_pim(I) all: 0.04012 / R_rim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 13.78
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 1.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 3612 / CC_1/2: 0.705 / R_pim(I) all: 0.4561 / R_rim(I) all: 0.155 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→44.05 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	1822	4.99 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1729	36527	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4756	0	1	195	4952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	6603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.238	634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.2812	133	0.2464	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.43	0.2781	143	0.2239	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.51	0.2753	141	0.2199	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2498	138	0.2053	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.7	0.2356	140	0.194	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.83	0.2433	144	0.1966	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.2436	141	0.2041	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.16	0.2613	135	0.2077	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.41	0.2327	136	0.1867	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.75	0.2035	136	0.1659	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.29	0.1916	140	0.1373	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-5.4	0.1659	145	0.1371	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-44.05	0.1699	150	0.1538	2825	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0601	0.4318	0.0722	4.3259	1.1586	3.4425	0.6947	0.414	-1.0019	0.2275	0.1275	-0.8104	1.2308	0.6373	-0.5864	0.6735	0.1192	-0.2489	0.4513	-0.0906	0.7691	-4.704	3.704	-20.585
2	2.4503	-0.9558	0.5682	4.8982	1.2097	2.8035	0.2461	-0.0466	-0.3485	-0.1062	-0.0228	0.763	0.1273	-0.458	-0.158	0.3112	-0.0011	0.0156	0.3555	0.0326	0.4151	-20.255	20.812	-20.277
3	3.2234	-0.0836	1.2468	5.1183	1.4356	4.501	-0.0514	-0.1528	0.7714	0.0625	-0.0285	0.6651	-0.7946	-0.5775	0.1393	0.5269	0.0671	0.1061	0.4284	0.0497	0.531	-22.723	46.372	-13.782
4	3.5317	-1.2571	0.1957	3.377	-0.5344	3.0817	0.1619	-0.07	0.0854	0.1477	0.1217	-0.3008	-0.0972	0.1137	-0.3023	0.3245	-0.018	0.0009	0.3052	-0.0407	0.2846	-8.593	24.65	-20.483
5	2.8953	-0.8622	0.6905	2.9395	1.1682	0.919	-0.0297	0.1834	0.7034	0.0802	-0.0346	-0.9409	-0.0731	0.0941	0.15	0.485	-0.0614	0.1384	0.4065	0.0523	0.5356	-2.399	38.695	-11.157
6	4.7975	-0.6856	1.1872	2.5628	-0.4718	4.6728	0.6265	0.1701	0.0232	-0.521	-0.269	-0.3409	0.2056	0.2059	-0.1788	0.3822	-0.0602	-0.0275	0.3213	0.022	0.2957	-0.955	21.484	-7.944
7	2.5136	-1.1366	0.5705	1.8148	-0.4759	2.775	0.2642	-0.1273	-0.0379	0.1594	-0.0383	0.1158	0.0215	-0.2867	-0.2332	0.3272	-0.0401	0.0483	0.335	0.0366	0.3564	-17.32	27.292	-9.732
8	3.3563	-2.1174	0.2088	5.8886	-0.0144	2.4137	-0.0959	-0.7033	0.141	0.708	0.3501	-0.1325	-0.1359	-0.1749	-0.2657	0.4559	-0.076	-0.0073	0.4499	-0.011	0.2916	-8.316	29.889	0.977
9	3.998	-2.2668	0.791	2.2955	-0.0007	0.7597	0.0589	-1.0151	-0.5634	0.5256	0.3446	0.5813	-0.1254	-0.4268	-0.5695	0.5296	-0.0411	0.0684	0.6559	0.1802	0.4968	-19.137	25.94	2.72
10	1.9205	-0.0428	-0.3233	4.1552	1.6679	2.8701	0.2256	0.09	-0.2044	-0.0294	-0.2208	0.4147	0.0718	-0.2417	-0.0764	0.2876	0.0611	-0.0637	0.3784	0.0209	0.3484	-17.164	14.359	-34.701
11	2.7538	0.8939	0.057	3.9749	0.8106	2.8777	0.2394	0.1256	-0.2597	-0.1413	0.0742	-0.1554	0.067	0.1883	-0.3035	0.298	0.0416	-0.0307	0.3485	-0.051	0.3354	-8.128	16.309	-30.397
12	2.6799	-0.1322	0.7762	1.8772	1.4115	1.4363	0.1488	-0.1451	-0.7343	-0.1257	0.0089	-0.5998	0.1105	0.4205	-0.1553	0.5513	0.1203	-0.0795	0.5521	-0.0959	0.7123	-1.625	2.491	-39.018
13	3.1375	1.1027	-0.2018	3.8321	0.6817	3.033	0.0977	0.5212	-0.2952	-0.7522	0.0784	-0.0852	-0.0624	0.1198	-0.185	0.4376	0.0851	-0.0399	0.4681	-0.0812	0.3278	-8.631	13.912	-46.808
14	3.1394	1.1485	0.5832	1.4697	1.2774	1.7746	0.2785	0.7977	0.253	-0.7882	0.1913	0.3844	-0.357	-0.4334	-0.3247	0.7516	0.0781	-0.1291	0.8446	0.0422	0.5053	-15.152	17.139	-54.616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:22 )	A	9 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 23:44 )	A	23 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 45:73 )	A	45 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 74:119 )	A	74 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 120:150 )	A	120 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 151:166 )	A	151 - 166
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 167:216 )	A	167 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 217:276 )	A	217 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 277:297 )	A	277 - 297
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 8:72 )	B	8 - 72
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 73:119 )	B	73 - 119
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 120:150 )	B	120 - 150
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 151:275 )	B	151 - 275
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 276:297 )	B	276 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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