[日本語] English
万見
- PDB-9dvb: Thermus thermophilus MreC-MreD complex with an internal MreD BRIL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dvb
タイトルThermus thermophilus MreC-MreD complex with an internal MreD BRIL fusion and an anti-BRIL Fab
要素
  • BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain
  • BAG2 anti-BRIL Fab light chain
  • Cell shape-determining protein MreC
  • Rod shape-determining protein MreD
  • Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Peptidoglycan synthesis regulator / S-component fold / Rod complex / SEDS activator
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / regulation of cell shape / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell shape-determining protein MreD / rod shape-determining protein MreD / : / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 1 / Rod shape-determining protein MreC / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 2 / Rod shape-determining protein MreC, barrel core / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell shape-determining protein MreC / Soluble cytochrome b562 / Rod shape-determining protein MreD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Gilman, M.S.A. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Investigator Funds 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna H. Gray Fellows program 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI158028 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM114065 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI083365 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00 GM135519 米国
National Science Foundation (NSF, United States)Graduate Research Fellowship Award 米国
Other privateVan Maanen Fellowship from the Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology at Harvard Medical School 米国
Other privateInnovation Research Fund of the Dana-Farber Cancer Institute 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Conformational regulation of two essential activators of bacterial cell elongation.
著者: Morgan S A Gilman / Irina Shlosman / Daniel D Samé Guerra / Masy Domecillo / Elayne M Fivenson / Claire Bourett / Thomas G Bernhardt / Nicholas F Polizzi / Joseph J Loparo / Andrew C Kruse /
要旨: The peptidoglycan (PG) cell wall is critical for bacterial growth and survival and is a primary antibiotic target. MreD is an essential accessory factor of the Rod complex, which carries out PG ...The peptidoglycan (PG) cell wall is critical for bacterial growth and survival and is a primary antibiotic target. MreD is an essential accessory factor of the Rod complex, which carries out PG synthesis during elongation, yet little is known about how MreD facilitates this process. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of MreD in complex with another essential Rod complex component, MreC. The structure reveals that a periplasmic-facing pocket of MreD interacts with multiple membrane-proximal regions of MreC. We use single-molecule FRET to show that MreD controls the conformation of MreC through these contacts, inducing a state primed for Rod complex activation. Using as a model, we demonstrate that disrupting these interactions abolishes Rod complex activity in vivo. Our findings reveal the role of MreD in bacterial cell shape determination and highlight its potential as an antibiotic target.
履歴
登録2024年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Soluble cytochrome b562
C: Cell shape-determining protein MreC
D: Rod shape-determining protein MreD
H: BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain
L: BAG2 anti-BRIL Fab light chain
N: Soluble cytochrome b562
O: Cell shape-determining protein MreC
P: Rod shape-determining protein MreD
W: BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain
X: BAG2 anti-BRIL Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,09710
ポリマ－210,09710
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 12760.479 Da / 分子数: 2 / 断片: BRIL domain, residues 30-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: タンパク質 Cell shape-determining protein MreC / Cell shape protein MreC


分子量: 27798.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TthHB5018_12720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7R7YII3
#3: タンパク質 Rod shape-determining protein MreD


分子量: 16668.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TTHA1190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJ24
#4: 抗体 BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain


分子量: 24279.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 BAG2 anti-BRIL Fab light chain


分子量: 23541.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two BAG2 anti-BRIL Fabs bound.
タイプ: COMPLEX
詳細: Complex formed by two copies of Thermus thermophilus MreC and two copies of Thermus thermophilus MreD fused internally with a BRIL domain. Two copies of the BAG2 anti-BRIL Fab with hinge- ...詳細: Complex formed by two copies of Thermus thermophilus MreC and two copies of Thermus thermophilus MreD fused internally with a BRIL domain. Two copies of the BAG2 anti-BRIL Fab with hinge-stabilizing mutations in the heavy chain.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166346 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る