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- PDB-9duq: HURP(65-174) bound to GMPCPP-stabilized microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9duq
タイトルHURP(65-174) bound to GMPCPP-stabilized microtubule
要素
  • Disks large-associated protein 5
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / microtubule / nucleation / spindle / oncogene
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic chromosome movement towards spindle pole / signaling / kinetochore assembly / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / spindle pole centrosome / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport ...mitotic chromosome movement towards spindle pole / signaling / kinetochore assembly / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / spindle pole centrosome / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / centrosome localization / regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / chromosome segregation / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAPAP family / Guanylate-kinase-associated protein (GKAP) protein / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site ...SAPAP family / Guanylate-kinase-associated protein (GKAP) protein / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Disks large-associated protein 5 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ma, M. / Valdez, V. / Petry, S. / Zhang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM138854 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: HURP facilitates spindle assembly by stabilizing microtubules and working synergistically with TPX2.
著者: Venecia Alexandria Valdez / Meisheng Ma / Bernardo Gouveia / Rui Zhang / Sabine Petry /
要旨: In vertebrate spindles, most microtubules are formed via branching microtubule nucleation, whereby microtubules nucleate along the side of pre-existing microtubules. Hepatoma up-regulated protein ...In vertebrate spindles, most microtubules are formed via branching microtubule nucleation, whereby microtubules nucleate along the side of pre-existing microtubules. Hepatoma up-regulated protein (HURP) is a microtubule-associated protein that has been implicated in spindle assembly, but its mode of action is yet to be defined. In this study, we show that HURP is necessary for RanGTP-induced branching microtubule nucleation in Xenopus egg extract. Specifically, HURP stabilizes the microtubule lattice to promote microtubule formation from γ-TuRC. This function is shifted to promote branching microtubule nucleation through enhanced localization to TPX2 condensates, which form the core of the branch site on microtubules. Lastly, we provide a high-resolution cryo-EM structure of HURP on the microtubule, revealing how HURP binding stabilizes the microtubule lattice. We propose a model in which HURP stabilizes microtubules during their formation, and TPX2 preferentially enriches HURP to microtubules to promote branching microtubule nucleation and thus spindle assembly.
履歴
登録2024年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
r: Disks large-associated protein 5
B: Tubulin beta chain
A: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
F: Tubulin beta chain
E: Tubulin alpha chain
H: Tubulin beta chain
G: Tubulin alpha chain
J: Tubulin beta chain
I: Tubulin alpha chain
L: Tubulin beta chain
K: Tubulin alpha chain
N: Tubulin beta chain
M: Tubulin alpha chain
P: Tubulin beta chain
O: Tubulin alpha chain
R: Tubulin beta chain
Q: Tubulin alpha chain
s: Disks large-associated protein 5
t: Disks large-associated protein 5
u: Disks large-associated protein 5
v: Disks large-associated protein 5
w: Disks large-associated protein 5
x: Disks large-associated protein 5
y: Disks large-associated protein 5
z: Disks large-associated protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)932,25563
ポリマ－922,41827
非ポリマー9,83736
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 9分子 rstuvwxyz

#1: タンパク質・ペプチド
Disks large-associated protein 5 / DAP-5 / Discs large homolog 7 / Disks large-associated protein DLG7 / Hepatoma up-regulated protein / HURP


分子量: 5682.775 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 87-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLGAP5, DLG7, KIAA0008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15398

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タンパク質 , 2種, 18分子 BDFHJLNPRACEGIKMOQ

#2: タンパク質
Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 47940.945 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質
Tubulin alpha chain


分子量: 48867.195 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4

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非ポリマー , 3種, 36分子

#4: 化合物
ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP


分子量: 521.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HURP(65-174) bound to GMPCPP-stabilized microtubule / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.8
詳細: BRB80 (1X): 80 mM PIPES, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, pH 6.8 with KOH
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 39.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1728
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.4粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC3.4初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.4最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.4分類
12cryoSPARC3.4３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 348514
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2936725 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: RECIPROCAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00465970
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63689469
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.4029000
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0489711
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00511637

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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