[日本語] English
万見
- PDB-9dun: Human LAS1L-NOL9 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dun
タイトルHuman LAS1L-NOL9 complex
要素
  • (Ribosomal biogenesis protein LAS1L) x 2
  • Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / Las1 complex / intermediate filament cytoskeleton / maturation of 5.8S rRNA / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / MLL1 complex / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol ...ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / Las1 complex / intermediate filament cytoskeleton / maturation of 5.8S rRNA / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / MLL1 complex / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / maturation of LSU-rRNA / rRNA processing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9, N-terminal domain / Las1 / Las1-like / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9 / Ribosomal biogenesis protein LAS1L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Huang, J. / Tong, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular insights into the overall architecture of human rixosome.
著者: Ji Huang / Liang Tong /
要旨: Rixosome is a conserved, multi-subunit protein complex that has critical roles in ribosome biogenesis and silencing of Polycomb target genes. The subunits of human rixosome include PELP1, WDR18, ...Rixosome is a conserved, multi-subunit protein complex that has critical roles in ribosome biogenesis and silencing of Polycomb target genes. The subunits of human rixosome include PELP1, WDR18, TEX10, LAS1L and NOL9, with LAS1L providing the endoribonuclease activity and NOL9 the RNA 5' kinase activity. We report here cryo-EM structures of the human PELP1-WDR18-TEX10 and LAS1L-NOL9 complexes and a lower-resolution model of the human PELP1-WDR18-LAS1L complex. The structures reveal the overall organization of the human rixosome core scaffold of PELP1-WDR18-TEX10-LAS1L and indicate how the LAS1L-NOL9 endonuclease/kinase catalytic module is recruited to this core scaffold. Each TEX10 molecule has two regions of contact with WDR18, while the helix at the C terminus of WDR18 interacts with the helical domain of LAS1L. The structural observations are supported by our mutagenesis studies. Mutations in both WDR18-TEX10 contact regions can block the binding of TEX10, while truncation of the C-terminal helix of WDR18 can abolish the binding of LAS1L. The structures also reveal substantial conformational differences for TEX10 between the PELP1-WDR18-TEX10 complex alone and that in complex with pre-ribosome.
履歴
登録2024年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9
B: Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9
C: Ribosomal biogenesis protein LAS1L
D: Ribosomal biogenesis protein LAS1L
E: Ribosomal biogenesis protein LAS1L
F: Ribosomal biogenesis protein LAS1L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,3026
ポリマ－198,3026
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase NOL9 / Nucleolar protein 9


分子量: 68021.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOL9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5SY16, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase
#2: タンパク質 Ribosomal biogenesis protein LAS1L / Endoribonuclease LAS1L / Protein LAS1 homolog


分子量: 23170.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAS1L, MSTP060 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9Y4W2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 Ribosomal biogenesis protein LAS1L / Endoribonuclease LAS1L / Protein LAS1 homolog


分子量: 7958.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAS1L, MSTP060 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9Y4W2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human LAS1L-NOL9 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 590896 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036826
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5589285
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.987943
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051149

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る