PDB-9du7: KEAP1 BTB domain in complex with the covalent activator VVD-065

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9du7

タイトル

KEAP1 BTB domain in complex with the covalent activator VVD-065

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / KEAP1 / E3 ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.867 Å

データ登録者

Bernard, S.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Suppression of NRF2-dependent cancer growth by a covalent allosteric molecular glue
著者: Roy, N. / Wyseure, T. / Lo, I.C. / Metzger, J. / Eissler, C.L. / Bernard, S.M. / Bok, I. / Snead, A.N. / Parker, A. / Green, J.C. / Inloes, J. / Jacinto, S.R. / Kuenzi, B. / Horning, B.D. / ...

履歴

登録	2024年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9du7.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9du7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9du7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9du7_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9du7_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9du7_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	9du7_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/9du7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/9du7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.737, 72.737, 64.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 15293.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物	ChemComp-A1BCT / 1-{(3S)-3-[3-(4-amino-1,3,5-triazin-2-yl)-5-chlorophenyl]morpholin-4-yl}propan-1-one 分子量: 347.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈ClN₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2 / 詳細: 24% PEG 3350, 100 mM CHES pH 9.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.867→48.183 Å / Num. obs: 27387 / % possible obs: 98.21 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.64 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0625 / R_pim(I) all: 0.02625 / R_rim(I) all: 0.06795 / Net I/σ(I): 15.21
反射シェル	解像度: 1.87→1.937 Å / Num. unique obs: 2674 / CC_1/2: 0.525

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.867→48.183 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.601 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	1336	4.878 %
R_work	0.1915	26051	-
all	0.194	-	-
obs	-	27387	98.144 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.499 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.466 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.466 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.933 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.867→48.183 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1974	0	48	116	2138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.675	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.532	1.591	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.918	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.458	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.21	10	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.115	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.158	4.344	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.158	4.344	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.464	7.771	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.461	7.771	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.497	5.015	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.495	5.016	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.957	8.952	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.954	8.953	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.482	45.809	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.437	45.591	2417

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.867-1.916	0.328	91	0.363	1869	0.362	2039	0.92	0.925	96.1255	0.355
1.916-1.968	0.352	85	0.307	1853	0.309	1989	0.918	0.946	97.4359	0.287
1.968-2.025	0.274	85	0.268	1811	0.268	1948	0.962	0.957	97.3306	0.24
2.025-2.087	0.323	68	0.243	1776	0.246	1888	0.94	0.963	97.6695	0.212
2.087-2.155	0.313	102	0.222	1691	0.227	1838	0.941	0.969	97.5517	0.196
2.155-2.231	0.208	98	0.212	1626	0.212	1762	0.972	0.973	97.8434	0.188
2.231-2.315	0.28	81	0.208	1581	0.212	1695	0.954	0.973	98.0531	0.189
2.315-2.409	0.322	85	0.213	1552	0.219	1666	0.929	0.972	98.2593	0.197
2.409-2.516	0.277	68	0.193	1490	0.197	1582	0.958	0.978	98.4829	0.18
2.516-2.639	0.25	85	0.196	1403	0.199	1507	0.963	0.977	98.7392	0.188
2.639-2.781	0.235	67	0.194	1372	0.197	1466	0.964	0.978	98.1582	0.192
2.781-2.949	0.213	54	0.179	1290	0.181	1363	0.968	0.981	98.606	0.183
2.949-3.152	0.243	62	0.199	1188	0.201	1259	0.971	0.978	99.2851	0.209
3.152-3.403	0.264	61	0.2	1120	0.203	1198	0.955	0.976	98.581	0.214
3.403-3.726	0.25	60	0.204	1042	0.206	1108	0.971	0.979	99.4585	0.225
3.726-4.163	0.191	47	0.164	955	0.165	1009	0.977	0.984	99.3062	0.194
4.163-4.801	0.195	52	0.142	827	0.145	885	0.982	0.989	99.322	0.181
4.801-5.865	0.201	43	0.171	714	0.173	761	0.979	0.986	99.4744	0.207
5.865-8.233	0.212	30	0.174	564	0.176	595	0.981	0.984	99.8319	0.216
8.233-48.183	0.128	12	0.2	327	0.197	343	0.993	0.978	98.8338	0.246

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)