PDB-9du6: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9du6

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ATP bound)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ATP bound)
著者: Mian, M.R. / Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9du6.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9du6.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9du6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9du6_validation.pdf.gz	829.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9du6_full_validation.pdf.gz	831.5 KB	表示
XML形式データ	9du6_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	9du6_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/9du6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/9du6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.934, 80.392, 92.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM ATP, Puck: PSL-1504, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM ATP, Puck: PSL-1504, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4.

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.72 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M Tris 8.4, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. plate Liu-S-107 CD/34. 5 hour soak in 2mM ATP, Puck: PSL-1504, Cryo: 30% (v/v) PEG 3350, 0.2 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→49.16 Å / Num. obs: 63707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 853652
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 1.296 / Num. measured all: 42533 / Num. unique obs: 3113 / CC_1/2: 0.813 / R_pim(I) all: 0.362 / R_rim(I) all: 1.347 / Χ²: 1.11 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5295: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→49.16 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	3117	4.9 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1737	63593	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3079	0	31	260	3370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.026	4389
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.075	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	485
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	570

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3314	118	0.3143	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.3655	165	0.2937	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2787	162	0.2567	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2744	125	0.2193	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2046	140	0.1964	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2232	143	0.183	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.76	0.1993	140	0.1748	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.2088	147	0.1829	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.2065	144	0.1885	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2084	140	0.1967	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.2595	159	0.2095	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.2221	151	0.1878	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1953	137	0.1784	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.2361	139	0.162	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.1903	112	0.166	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.195	129	0.172	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2087	136	0.1674	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1978	148	0.1687	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.01	0.2069	123	0.177	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.45	0.195	146	0.177	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.34	0.181	161	0.1473	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-49.16	0.191	152	0.163	2967	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.159	3.8011	-3.915	8.5235	-3.9916	5.2249	-0.2433	-0.0621	-0.3638	-0.2742	0.1611	0.2507	0.2401	-0.135	-0.0242	0.2263	-0.0053	-0.0138	0.3405	-0.0449	0.2381	-23.6431	-1.8838	-19.9446
2	7.858	4.4349	-4.5006	4.6097	-3.3382	5.9274	-0.318	0.1981	0.1499	-0.4916	0.2071	0.2093	0.1423	-0.326	0.0399	0.2492	0.0298	-0.0365	0.2298	-0.0126	0.1772	-20.9126	4.9645	-20.8459
3	5.6895	-2.8978	0.9765	2.6266	-0.5029	1.2056	0.0389	0.2668	0.1803	-0.1411	-0.0607	-0.2538	-0.0075	0.0883	0.0061	0.2161	-0.0246	0.0252	0.1722	-0.0208	0.1798	-3.5091	1.3413	-19.6559
4	3.3981	-4.3817	1.1985	6.9397	-1.8932	1.0089	0.0322	0.0316	0.1868	-0.0981	0.0691	-0.3627	-0.0378	0.1805	-0.0903	0.1858	-0.0264	0.0241	0.2424	-0.0213	0.2988	11.9723	7.7036	-16.139
5	4.449	3.956	4.2167	3.6793	3.7849	4.1164	-0.0347	0.8496	0.1632	-0.3843	0.2266	0.0649	0.0688	0.2002	-0.1754	0.3661	-0.0097	0.0203	0.4203	-0.0527	0.3094	2.937	-4.3945	-25.0035
6	2.8962	2.9656	0.9321	4.2535	1.979	7.7576	0.194	0.9493	-0.3043	-0.1974	-0.0489	-0.187	-0.1256	-0.0323	-0.1146	0.373	-0.0012	0.0742	0.2497	-0.0061	0.3079	9.4512	-6.8865	-25.6674
7	6.7253	-2.972	-0.0558	3.1896	0.3623	1.0557	-0.0706	0.035	-0.3433	0.0138	0.1844	-0.0688	0.0854	0.0443	-0.1227	0.1998	-0.0088	0.0174	0.1733	-0.0392	0.2161	2.5149	-5.7539	-16.5184
8	2.6008	-2.2503	1.6807	6.7165	-1.3694	3.3095	0.3576	0.9525	-0.0915	-0.9373	-0.5541	-0.6242	-0.4235	1.3063	0.2448	0.4533	-0.0482	0.1175	0.5757	-0.0839	0.4862	20.6189	-1.5416	-23.2179
9	3.4991	-0.5485	-0.2762	3.4774	-0.0577	2.7083	0.0118	-0.1443	-0.0095	0.2577	0.0429	-0.2447	0.0209	0.266	-0.0561	0.1669	0.0052	-0.0276	0.208	-0.0291	0.2328	12.4584	-2.4054	-7.0764
10	7.3526	-2.0255	2.3974	4.6123	-1.6883	2.9041	-0.3695	0.1219	0.8207	0.2186	-0.0627	-0.9388	-0.428	0.4926	0.4765	0.3777	-0.0624	0.0453	0.3033	0.0432	0.4723	9.3939	20.5519	-22.4851
11	2.4593	-0.5831	0.5763	2.1964	-0.7871	1.9734	-0.1382	-0.0574	0.4143	-0.282	-0.0148	-0.0436	-0.0182	0.1598	0.1217	0.3313	-0.0135	0.0336	0.2021	0.0494	0.2846	-4.1041	18.3838	-26.1178
12	1.517	-0.503	-0.8316	1.8589	2.1067	2.4372	-0.2011	0.9154	0.4592	-0.4827	-0.543	-1.1649	-0.2858	1.2688	-0.1332	0.4617	0.0437	0.2508	0.697	0.2436	0.7282	17.1797	16.5692	-29.1061
13	1.0009	0.3847	-0.1144	2.7001	-2.2286	3.547	-0.0164	-0.0157	0.1509	-0.1005	0.0772	-0.0949	-0.0052	-0.2067	-0.0486	0.2002	0.0227	0.0236	0.1835	-0.0121	0.2052	-4.6302	11.8518	-13.1787
14	1.6328	0.0149	1.7309	0.9649	0.0468	7.8847	0.0314	-0.281	-0.1295	0.145	0.0287	0.0573	-0.0731	-0.1685	-0.0478	0.1512	-0.0187	0.0107	0.2019	0.0253	0.1513	-13.9624	-1.3094	-5.1493
15	7.8739	2.4105	0.7356	8.8857	-0.7343	8.5373	-0.2543	0.2927	0.8658	-0.1708	0.1914	0.4461	-1.0746	-0.3698	0.0254	0.3386	0.0541	-0.0185	0.2781	-0.0597	0.2985	-9.8714	16.9168	-5.2957
16	3.1218	3.3502	-3.5228	3.8031	-3.976	4.2644	0.1621	0.1335	0.5609	0.1312	-0.0791	0.7545	-0.5875	-1.1572	-0.0911	0.4717	0.139	0.0033	0.4668	-0.1108	0.408	-12.787	14.7412	1.4816
17	2.1397	0.3792	-0.973	2.288	-0.7893	5.9422	-0.0109	-0.2212	0.1963	0.3011	-0.05	-0.0103	-0.2341	0.0556	0.0336	0.2002	0.0091	0.0032	0.1513	-0.0451	0.1831	-3.0778	10.5043	-3.0055
18	7.1044	1.972	5.6574	3.6425	-0.5777	5.9996	0.2204	-0.7608	0.2166	0.1549	-0.0572	1.1834	-1.0973	-1.5905	-0.0851	0.3395	0.1891	0.011	0.7248	-0.021	0.4094	-18.0489	4.1624	6.7215
19	1.2437	-0.9365	0.3862	3.0024	0.4746	5.5392	0.0782	-0.2088	-0.3554	0.2413	-0.0989	0.1048	0.426	-0.3644	0.0355	0.2198	-0.0599	-0.0035	0.2343	0.0297	0.2024	-8.5931	-6.5927	-1.0058
20	2.9144	-0.2428	0.2717	3.9702	2.1602	7.8629	-0.0338	-0.5766	0.0381	0.6291	0.175	-0.3185	0.1956	0.3378	-0.1328	0.2653	0.0055	-0.0394	0.2964	-0.0127	0.1835	0.9946	1.5348	5.4526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 155 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 156 through 174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 175 through 218 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 15 through 31 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 32 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 56 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 57 through 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 75 through 101 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 102 through 112 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 113 through 125 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 126 through 155 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 156 through 174 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 175 through 195 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 196 through 217 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)