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Yorodumi- PDB-9dtx: Crystal structure of PRT3789 in complex with the bromodomain of h... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9dtx | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of PRT3789 in complex with the bromodomain of human BRG1 (SMARCA4) and pVHL:ElonginC:ElonginB | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / SMARCA2 / Bromodomain / Protein-ligand complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / neural retina development / npBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / nBAF complex / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / nucleosome array spacer activity ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / neural retina development / npBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / nBAF complex / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / nucleosome array spacer activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription elongation factor activity / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / host-mediated activation of viral transcription / regulation of nucleotide-excision repair / nucleosome disassembly / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of T cell differentiation / intracellular membraneless organelle / nuclear androgen receptor binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of double-strand break repair / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Chromatin modifying enzymes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / DNA polymerase binding / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Interleukin-7 signaling / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / helicase activity / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / negative regulation of cell growth / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / kinetochore / Evasion by RSV of host interferon responses / positive regulation of miRNA transcription / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nuclear matrix / RMTs methylate histone arginines / fibrillar center / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Wang, M. / Dou, Y. / Xu, C. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cancer Res. / Year: 2025Title: PRT3789 is a First-in-Human SMARCA2-Selective Degrader that Induces Synthetic Lethality in SMARCA4-Mutated Cancers. Authors: Hulse, M. / Wang, M. / Xu, C. / Carter, J. / Agarwal, A. / Lu, L. / Pitis, P. / Bhagwat, N. / Rager, J. / Kurian, J. / Basch, C. / Sivakumar, M. / Burtell, J. / Mondal, A. / Grego, A. / ...Authors: Hulse, M. / Wang, M. / Xu, C. / Carter, J. / Agarwal, A. / Lu, L. / Pitis, P. / Bhagwat, N. / Rager, J. / Kurian, J. / Basch, C. / Sivakumar, M. / Burtell, J. / Mondal, A. / Grego, A. / Moore, A. / Bachner, C. / Vykuntam, K. / Reichelderfer, A. / Park, J. / Cote, J. / Cowart, M. / Osinubi, O.P. / Bigot, L. / Da Silva, A. / Nobre, C. / Meteau, M. / Soares, M. / Tang, H.Y. / Bersch, K. / Dai, C. / Cao, G. / Shen, B. / Emm, T. / Ruepp, S. / Xavier, J. / Tankersley, C. / Heiser, D. / Lee, S.H. / Geeganage, S. / Ruggeri, B. / Lin, H. / Novotny, W. / Huang, J. / Vaddi, K. / Combs, A. / Scherle, P. / Ito, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 9dtx.cif.gz | 219.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9dtx.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9dtx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9dtx_validation.pdf.gz | 704.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9dtx_full_validation.pdf.gz | 705.9 KB | Display | |
| Data in XML | 9dtx_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 9dtx_validation.cif.gz | 36.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dtx | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9dtyC ![]() 9du0C ![]() 9mr9C C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 11748.406 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOB, TCEB2Production host: ![]() References: UniProt: Q15370 |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 10843.420 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOC, TCEB1Production host: ![]() References: UniProt: Q15369 |
| #3: Protein | Mass: 18615.215 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 54-213 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VHLProduction host: ![]() References: UniProt: P40337 |
| #4: Protein | Mass: 16211.580 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1448-1569 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4Production host: ![]() References: UniProt: P51532, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement |
-Non-polymers , 5 types, 330 molecules 






| #5: Chemical | ChemComp-A1BB4 / ( Mass: 891.092 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C47H58N10O6S |
|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-GOL / |
| #7: Chemical | ChemComp-EDO / |
| #8: Chemical | ChemComp-CL / |
| #9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.32 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 23, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.11→46.4 Å / Num. obs: 32922 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 16.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.11→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2502 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.238 / Rrim(I) all: 0.477 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11→46.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 10.705 / SU ML: 0.149 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.182 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOODDetails: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 107.37 Å2 / Biso mean: 44.12 Å2 / Biso min: 26.86 Å2
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| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.11→46.4 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.11→2.165 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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