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- PDB-9dtv: Structure of D141A mutant of M.tuberculosis MenD (SEPHCHC Synthase) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dtv
タイトルStructure of D141A mutant of M.tuberculosis MenD (SEPHCHC Synthase)
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / M.tuberculosis / Menaquinone biosynthesis / allostery / DHNA / MenD mutant D141A / SEPHCHC Synthase mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Ho, N.A.T. / Given, F.M. / Allison, T.M. / Bulloch, E.M.M. / Jiao, W.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandM1208 ニュージーランド
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Apparent Reversal of Allosteric Response in Mycobacterium tuberculosis MenD Reveals Links to Half-of-Sites Reactivity.
著者: Ho, N.A.T. / Given, F.M. / Stanborough, T. / Klein, M. / Allison, T.M. / Bulloch, E.M.M. / Jiao, W. / Johnston, J.M.
履歴
登録2024年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,83118
ポリマ－240,1004
非ポリマー1,73114
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, We have variously done gel filtration, AUC, SAXS and mass photometry on these enzymes.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23650 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area72060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.425, 140.443, 184.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 60024.930 Da / 分子数: 4 / 変異: D141A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal His-tag (0 to -19), start site at start of wild type natural sequence (position 1 in PDB file) and an engineered mutation D141A.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: menD, Rv0555 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: P9WK11, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase

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非ポリマー , 7種, 157分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DNA / 1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid / 1,4-dihydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトエ酸


分子量: 204.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6% w/v PEG8K, 12% ethylene glycol, halide mix (NaI, NaBr, NaF) 0.03M each, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→49.19 Å / Num. obs: 100844 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.269 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.275 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 2724267
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.7 % / Rmerge(I) obs: 5.234 / Num. measured all: 136321 / Num. unique obs: 4917 / CC1/2: 0.302 / Rpim(I) all: 1.007 / Rrim(I) all: 5.331 / Χ2: 0.69 / Net I/σ(I) obs: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→44.42 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 5082 5.05 %
Rwork0.1933 --
obs0.1953 100732 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→44.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15694 0 105 143 15942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59922282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6815886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.450.41152000.35293086X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.480.36621770.35183167X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.510.34371390.32833164X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.540.34351600.28943153X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.570.35511640.2833120X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.610.35541800.27873195X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.640.34661490.27343132X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.680.32291750.27283170X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.730.35671790.26473155X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.770.33371710.27043145X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.820.28821710.25743171X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.870.33511900.26113149X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.920.26791410.26033192X-RAY DIFFRACTION100
2.92-2.980.32271730.26173169X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.050.32471820.26033167X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.120.33621650.25983152X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.20.29421600.23973173X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.280.28641490.23183217X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.380.27211750.2283188X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.490.26751340.22093195X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.610.2211820.20463196X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.760.22921690.17993183X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.930.22421730.16983182X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.140.1971630.1583223X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.40.16531810.14823197X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.740.1841830.14213203X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.210.17151950.15143199X-RAY DIFFRACTION100
5.21-5.960.23081480.17513302X-RAY DIFFRACTION100
5.96-7.510.21561720.17283288X-RAY DIFFRACTION100
7.51-44.420.17341820.14783417X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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