PDB-9dtc: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dtc

タイトル

Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ADP Ribose bound, orthrhombic form2)

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / ADP-ribose diphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribose diphosphatase / ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ADP-ribose diphosphatase from Klebsiella pneumoniae (ADP Ribose bound, orthrhombic form2)
著者: Mian, M.R. / Liu, L. / Lovell, S. / Buchko, G.W. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dtc.cif.gz	188.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dtc.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dtc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dtc_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dtc_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	9dtc_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	9dtc_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dtc	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (6)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (4)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.426, 79.749, 91.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose phosphohydrolase / Adenosine diphosphoribose pyrophosphatase 分子量: 24742.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPHS_45750 / プラスミド: KlpnC.20447.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GVQ7, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 23% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. 3 minutue soak in 15 mM AMP and 15 mM ADP-ribose. Electron density consistent with the alpha-D- ...詳細: 23% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. 3 minutue soak in 15 mM AMP and 15 mM ADP-ribose. Electron density consistent with the alpha-D-ribose form. Subunit B contains AMP and ADP-ribose in the active site and were refined with grouped occupancies. plate Liu-S-102, F8. Puck: PSL-1006, Cryo: 10% extra PEG 4000 added to the drop.

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, KlpnC.20447.a.B1.PB00133 at 26 mg/mL. 3 minutue soak in 15 mM AMP and 15 mM ADP-ribose. Electron density consistent with the alpha-D- ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月10日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→48.71 Å / Num. obs: 83201 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 848621
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 1.407 / Num. measured all: 38864 / Num. unique obs: 4068 / CC_1/2: 0.594 / R_pim(I) all: 0.474 / R_rim(I) all: 1.488 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5295: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→48.71 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	4157	5.01 %
R_work	0.1623	-	-
obs	0.1636	83046	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3197	0	122	369	3688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	4770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.287	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	533
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	607

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3202	122	0.3125	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.43	0.279	140	0.2634	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2849	136	0.2589	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2267	152	0.2292	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2392	130	0.2169	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2113	139	0.2092	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2499	133	0.1906	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2256	135	0.1976	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2151	135	0.1876	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2004	130	0.1789	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.196	123	0.1769	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2219	155	0.1706	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2033	159	0.174	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2047	152	0.1716	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2149	121	0.1745	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1976	124	0.1706	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.19	142	0.1652	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.9	0.2164	150	0.1566	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.96	0.1749	136	0.1498	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1845	142	0.1575	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1941	144	0.1536	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.18	0.1644	141	0.1522	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.27	0.1691	151	0.148	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.39	0.1979	119	0.151	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.54	0.1488	151	0.1477	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.74	0.1691	146	0.1526	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-3.02	0.188	123	0.1584	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
3.02-3.45	0.1727	142	0.1603	2619	X-RAY DIFFRACTION	97
3.45-4.35	0.174	129	0.1423	2629	X-RAY DIFFRACTION	96
4.35-48.71	0.1891	155	0.1583	2639	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7207	0.8457	-0.9377	0.4315	-0.5387	0.872	-0.3818	0.0319	-0.3486	-0.0527	0.1109	-0.2158	0.3257	0.0441	-0.2032	0.1704	0.0344	0.0118	0.1362	0.0616	0.2711	9.5151	-18.7135	23.8104
2	0.3868	0.2778	-0.2861	0.6909	-0.0299	0.3301	-0.0997	-0.1611	-0.0666	0.0843	-0.1181	-0.0564	0.1757	0.1574	-0.253	0.172	0.0287	-0.0068	0.206	0.1044	0.1834	2.4158	-15.9956	27.8523
3	0.3743	0.1345	-0.2022	0.1309	0.0388	0.1935	-0.0219	0.0941	-0.0299	-0.034	0.0082	0.0438	0.0083	-0.1085	-0.0003	0.1325	-0.0027	0.004	0.1343	0.0008	0.1136	-9.7927	-3.4839	6.8204
4	0.0957	-0.0116	0.0398	0.0488	0.06	0.0992	-0.0577	0.1021	-0.2035	-0.155	0.0922	0.0148	0.1607	-0.2503	0.0004	0.2237	-0.0508	0.0111	0.1679	-0.0212	0.2559	-8.9476	-16.6457	4.5454
5	0.2331	-0.1335	-0.0666	0.3639	-0.3176	0.4516	-0.0244	0.0638	-0.134	-0.0981	-0.0059	-0.016	0.1548	0.0488	-0.0382	0.1759	-0.0151	0.0124	0.1287	-0.0258	0.1359	-5.3756	-11.7507	1.3672
6	0.4929	0.1594	-0.4288	0.855	-0.0893	1.1246	-0.052	0.1975	-0.0157	-0.1057	0.0346	0.0334	-0.0207	-0.1235	-0.0001	0.1484	0.0019	0.0021	0.1831	-0.0002	0.1198	-6.8018	0.1008	-3.3748
7	0.6665	-0.3686	-0.0595	0.3268	0.2566	0.4061	-0.0392	0.0463	0.0598	0.0537	-0.047	0.0781	-0.0741	-0.0464	-0.0013	0.1362	0.0042	0.0012	0.165	0.019	0.1487	-22.1426	-1.5996	17.4991
8	0.3498	0.0523	0.0578	0.2776	0.0915	0.0677	-0.011	-0.0753	-0.0915	0.0205	0.0076	-0.0712	0.0135	0.0305	0	0.1289	0.0069	0.0041	0.1227	0.015	0.1403	5.8454	-4.2641	17.4975
9	0.1065	0.1545	0.0166	0.2157	0.0155	0.0144	0.124	-0.3036	0.061	0.0893	0.0366	0.0983	0.0041	0.0026	0.0002	0.1796	-0.0042	0.0405	0.209	-0.0107	0.1934	1.599	5.8595	25.3744
10	0.577	-0.002	-0.1617	0.2451	-0.0153	0.0329	0.0052	-0.0624	0.1365	-0.003	0.0206	0.0278	-0.0111	-0.0178	-0	0.1299	0.0012	0.0101	0.1263	-0.01	0.1365	4.6285	7.1807	19.0792
11	0.8829	0.2535	-0.0956	0.7953	0.147	0.5368	-0.0112	0.0078	-0.0078	-0.0175	0.0228	-0.0386	0.0155	0.0842	0	0.122	0.0032	0.007	0.1336	0.0022	0.1281	13.9316	2.034	11.9118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 105 through 147 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 148 through 210 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 48 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 49 through 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 94 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 147 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 148 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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