PDB-9dtb: Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3460

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dtb

タイトル

Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3460

要素

WD repeat-containing protein 91

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / WDR91 / SGC / Structural Genomics / PSI-Biology / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / early endosome to late endosome transport / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Zeng, H. / Ahmad, H. / Dong, A. / Seitova, A. / Counago, R.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3460
著者: Zeng, H. / Ahmad, H. / Dong, A. / Seitova, A. / Counago, R.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dtb.cif.gz	150.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dtb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dtb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dtb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.834, 132.976, 119.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 91 / WDR91 分子量: 41064.477 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 392-747 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物	ChemComp-A1BBW / N-[(1R)-4-cyano-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-4-[(quinazolin-4-yl)amino]benzamide 分子量: 405.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₉N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12.5%(w/v) PEG 4K, 20%(v/v) 1,2,6-hexanetriol 0.02 M of each Monosaccharide II 0.1 M MOPSO/bis-tris pH 6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2024年7月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 27927 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.781 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 222747

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.31-2.35	7.9	0.981	1374	0.773	0.934	0.369	1.049	0.834	100
2.35-2.39	8	0.87	1377	0.839	0.955	0.325	0.929	0.871	100
2.39-2.44	8	0.703	1365	0.856	0.96	0.262	0.751	0.869	100
2.44-2.49	8	0.595	1391	0.9	0.973	0.222	0.636	0.885	100
2.49-2.54	8	0.52	1388	0.918	0.978	0.193	0.556	0.903	100
2.54-2.6	8	0.398	1367	0.944	0.986	0.148	0.425	0.89	100
2.6-2.67	8	0.333	1394	0.958	0.989	0.125	0.356	0.915	100
2.67-2.74	8.1	0.264	1384	0.976	0.994	0.098	0.282	0.907	100
2.74-2.82	8	0.216	1362	0.984	0.996	0.081	0.231	0.874	100
2.82-2.91	8.1	0.172	1403	0.989	0.997	0.064	0.184	0.907	100
2.91-3.01	8	0.144	1385	0.992	0.998	0.054	0.154	0.886	100
3.01-3.13	8.1	0.106	1375	0.995	0.999	0.04	0.113	0.878	100
3.13-3.28	8.1	0.079	1401	0.997	0.999	0.029	0.084	0.825	100
3.28-3.45	8.1	0.058	1392	0.998	1	0.022	0.062	0.763	100
3.45-3.67	8.1	0.047	1414	0.999	1	0.017	0.05	0.74	100
3.67-3.95	8	0.04	1406	0.999	1	0.015	0.043	0.689	100
3.95-4.35	8	0.03	1408	1	1	0.011	0.033	0.55	99.9
4.35-4.98	8	0.025	1416	1	1	0.009	0.027	0.465	99.9
4.98-6.27	7.9	0.027	1432	0.999	1	0.01	0.029	0.499	100
6.27-50	7.3	0.023	1493	1	1	0.009	0.025	0.471	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→25.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 10.986 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24249	1412	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19768	-	-	-
obs	0.19993	26469	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→25.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2542	0	1	80	2623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	1.793	3616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.429	1.744	5561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.171	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.525	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.01	10	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.438	2.955	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.435	2.955	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.703	5.285	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.703	5.287	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.18	3.226	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.178	3.227	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.859	5.817	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.229	27.53	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.227	27.49	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.369 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	99	-
R_work	0.304	1905	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -32.2914 Å / Origin y: -21.1996 Å / Origin z: -7.6809 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1564 Å²	0.0048 Å²	0.0009 Å²	-	0.0209 Å²	0.0387 Å²	-	-	0.0833 Å²
L	3.3435 °²	0.2311 °²	0.7301 °²	-	2.1576 °²	0.5929 °²	-	-	3.4045 °²
S	-0.0483 Å °	0.1072 Å °	0.0642 Å °	0.3087 Å °	-0.0612 Å °	-0.2257 Å °	0.0447 Å °	0.0629 Å °	0.1095 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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